Sekretariat des OWL

Karolina Matros
Telefon: (030) 8413 1691
Raum: 1.011

Forschungsgruppenleiter/innen

Dr. Ho-Ryun Chung
Dr. Ho-Ryun Chung
Epigenomics
Telefon:+49 30 8413-1122Fax:+49 30 8413-1960
Dr. Annalisa Marsico
Dr. Annalisa Marsico
RNA Bioinformatik
Telefon:+49 30 8413-1843Fax:+49 30 8413-1960
Dr.  Andreas Mayer
Dr. Andreas Mayer
Principal Investigator
Telefon:+49 30 8413-1264
E-Mail:mayer@...

CV Andreas Mayer

Dr. Ulf Ørom
Dr. Ulf Ørom
Long non-coding RNA

new affiliation of Ulf Ørom

By the end of 2017, Ulf Ørom has left the MPIMG and moved to the University of Aarhus, Denmark.

Dr. Edda G. Schulz
Dr. Edda G. Schulz
Regulatory Networks
in Stem Cells
Telefon:+49 30 8413-1226Fax:+49 30 8413-1960

Tower 4, Room 2.210/2.212

Dr. Marie-Laure  Yaspo
Dr. Marie-Laure Yaspo
Gene Regulation and Systems Biology of Cancer
Telefon:+49 30 8413-1356Fax:+49 30 8413-1380
E-Mail:yaspo@...
Dr. Zhike Zi
Dr. Zhike Zi
Principle Investigator
Telefon:+49 30 8413-1660Fax:+49 30 8413-1960
E-Mail:zi@...

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Otto-Warburg-Laboratorium
- unabhängige Forschungsgruppen am MPIMG

Im „Otto-Warburg-Laboratorium“ des MPIMG sind Forschungsgruppen zusammengefasst, die außerhalb der Abteilungen eigenständig forschen. Die Gruppenleiterinnen und Gruppenleiter erhalten ihre Grundfinanzierung aus verschiedenen Quellen (MPG, BMBF, DFG, AvH-Stiftung u.a.) und können zusätzliche Drittmittel einwerben. Die Gruppenleiter/innen sind für ihre Forschung und Veröffentlichungen eigenverantwortlich und bewirtschaften ihre Forschungsmittel selbständig. Ihre Berufung an das Institut erfolgt in der Regel auf Zeit.

Das "Otto-Warburg Laboratorium" wurde benannt nach dem Biochemiker und Nobelpreisträger für Medizin von 1931, Otto Heinrich Warburg (1883-1970).

Die genomische DNA eukaryotischer Organismen ist in eine makromolekulare Struktur verpackt, die Chromatin genannt wird. Die fundamentale Einheit des Chromatins ist das Nukleosom, welches durch die Binding von jeweils zwei Kopien der Histone H2A, H2B, H3 und H4 an 147 Basenpaaren DNA gebildet wird. Die nukleosomale Organisation eukaryotischer Genome führt zu einer beschränkten Zugänglichkeit des Genoms abhängig von der Position der Nukleosomen. Darüberhinaus können Histone kovalent modifiziert werden und der Modifikationsstatus einer Region korreliert mit ihrer Funktion. Wir erforschen die Auswirkungen der nukleosomalen Organisation eukaryotischer Genome auf Prozesse, die auf die Information in der DNA zugreifen und die dynamischen Änderungen von Histonmodifikationen während der Transkription und des Zellzyklus. Die Gruppe verbindet experimentelle sowie computergestützte Ansätze, um die funktionellen Auswirkungen von Chromatin und seiner Modifikationen zu untersuchen.

Epigenomics (H.-R. Chung)

Die genomische DNA eukaryotischer Organismen ist in eine makromolekulare Struktur verpackt, die Chromatin genannt wird. Die fundamentale Einheit des Chromatins ist das Nukleosom, welches durch die Binding von jeweils zwei Kopien der Histone H2A, H2B, H3 und H4 an 147 Basenpaaren DNA gebildet wird. Die nukleosomale Organisation eukaryotischer Genome führt zu einer beschränkten Zugänglichkeit des Genoms abhängig von der Position der Nukleosomen. Darüberhinaus können Histone kovalent modifiziert werden und der Modifikationsstatus einer Region korreliert mit ihrer Funktion. Wir erforschen die Auswirkungen der nukleosomalen Organisation eukaryotischer Genome auf Prozesse, die auf die Information in der DNA zugreifen und die dynamischen Änderungen von Histonmodifikationen während der Transkription und des Zellzyklus. Die Gruppe verbindet experimentelle sowie computergestützte Ansätze, um die funktionellen Auswirkungen von Chromatin und seiner Modifikationen zu untersuchen.

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RNA Bioinformatik (A. Marsico)

In jüngster Zeit haben viele Hochdurchsatz-Sequenzierungen gezeigt, dass es Tausende lange nicht-kodierende Transkripte gibt, die aktiv im menschlichen und anderen Genomen transkribiert werden. Unser Ziel ist es, neue nicht-kodierende RNA(ncRNA)-Gene zu identifizieren und ihre Rolle in den Regulationsnetzwerken von Eukaryoten und Bakterien zu untersuchen. Obwohl über die Funktion von z.B. miRNAs schon viel bekannt ist, gibt es viele andere Arten von RNA deren Funktion noch weitgehend unbekannt ist.

Wir entwickeln computer-basierte Methoden, um verschiedene ncRNA-Klassen zu entdecken und ihre Funktionen zu analysieren, von kleinen bakteriellen RNAS, über menschliche miRNAs bis hin zu langen ncRNAs. Dies beinhaltet sowohl die Konstruktion von Algorithmen für die Vorhersage von kleinen RNA Promotoren, als auch das Erstellen von Pipelines, die Hochdurchsatzdaten gemeinsam mit bereits existierender Genomannotation und RNA Interaktionsvorhersagedaten prozessieren können.

Wir arbeiten eng mit experimentellen Gruppen innerhalb und außerhalb des MPIMG zusammen, die versuchen unsere Hypothesen zu validieren und Experimente als Teil der funktionalen ncRNA Analyse durchführen. Der Fokus liegt dabei auf der Rolle der ncRNAs in Entzündungskrankheiten. [mehr]

Nascent transcription & Cell differentiation (A. Mayer)

In der Forschungsgruppe “Nascent Transcription & Cell Differentiation” beschäftigen wir uns mit den regulatorischen Mechanismen, die der RNA-Synthese durch das Schlüsselenzym RNA Polymerase II - in reifen menschlichen Zellen und während ihrer Differenzierung - zugrunde liegen. Des Weiteren versuchen wir zu verstehen, wie eine Fehlregulation dieser Vorgänge zur Entstehung von menschlichen Krankheiten, wie etwa bestimmter Krebsformen, führt.

Um neue Einblicke in diese ungeklärten Zusammenhänge zu bekommen und um unbekannte genregulatorische Mechanismen aufzudecken, kombinieren wir quantitative und genomweite experimentelle Verfahren mit Methoden der Bioinformatik. [mehr]
Die Entdeckung von langen nicht-kodierenden RNAs (long ncRNAs) hat das moderne Verständnis von den Mechanismen der  Genregulation tiefgreifend verändert. Die Existenz tausender long ncRNAs stellt als neue Ebene der menschlichen Genomregulation einen  beispiellosen Zuwachs an Komplexität dar,  und verspricht zugleich Antworten auf viele ungelöste Fragen der Molekularbiologie.  Ein aktueller Übersichtsartikel über die Rolle von long ncRNAs für die Funktion von enhancern ist hier zu finden.
Das Hauptinteresse unserer Arbeitsgruppe liegt in der Erforschung der zugrundeliegenden  molekularen Mechanismen von Transkriptionsregulation durch long ncRNAs. Hierfür verwenden wir Hochdurchsatz-Verfahren wie RNA-Sequenzierung und Chromosome Confromation Capture-Sequenzierung, sowie traditionelle molekularbiologische Techniken und spezielle Verfahren zur RNA-Analyse. Wir verwenden hauptsächlich menschliche Zellkultursysteme für  Genexpressionsanalysen, Chromosomeninteraktionsstudien und verschiedene funktionelle Reporterassays.

Long non-coding RNA (U. Ørom)

Die Entdeckung von langen nicht-kodierenden RNAs (long ncRNAs) hat das moderne Verständnis von den Mechanismen der  Genregulation tiefgreifend verändert. Die Existenz tausender long ncRNAs stellt als neue Ebene der menschlichen Genomregulation einen  beispiellosen Zuwachs an Komplexität dar,  und verspricht zugleich Antworten auf viele ungelöste Fragen der Molekularbiologie.  Ein aktueller Übersichtsartikel über die Rolle von long ncRNAs für die Funktion von enhancern ist hier zu finden.

Das Hauptinteresse unserer Arbeitsgruppe liegt in der Erforschung der zugrundeliegenden  molekularen Mechanismen von Transkriptionsregulation durch long ncRNAs. Hierfür verwenden wir Hochdurchsatz-Verfahren wie RNA-Sequenzierung und Chromosome Confromation Capture-Sequenzierung, sowie traditionelle molekularbiologische Techniken und spezielle Verfahren zur RNA-Analyse. Wir verwenden hauptsächlich menschliche Zellkultursysteme für  Genexpressionsanalysen, Chromosomeninteraktionsstudien und verschiedene funktionelle Reporterassays.

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In der Gruppe "Regulatorische Netzwerke in Stammzellen" untersuchen wir, wie Gen-regulatorische Netzwerke X-Chromosomen-Inaktivierung und Stammzelldifferenzierung steuern. Wir verwenden eine Reihe quantitativer Techniken, die dann mit Hilfe mathematischer Modelle interpretiert werden.Bitte lesen Sie die englische Seite für detaillierte Informationen...

Regulatorische Netzwerke in Stammzellen (E. Schulz)

In der Gruppe "Regulatorische Netzwerke in Stammzellen" untersuchen wir, wie Gen-regulatorische Netzwerke X-Chromosomen-Inaktivierung und Stammzelldifferenzierung steuern. Wir verwenden eine Reihe quantitativer Techniken, die dann mit Hilfe mathematischer Modelle interpretiert werden.
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Gene Regulation and Systems Biology of Cancer (M.-L. Yaspo)

Bitte lesen Sie für detaillierte Informationen die englischen Seiten

Cell Signaling Dynamics (Z. Zhike)

Biologische Netzwerke sind komplexe und dynamische Systeme, die es Zellen ermöglichen, Veränderungen in ihrer unmittelbaren Umgebung wahrzunehmen und darauf zu reagieren. Die Hauptkomponenten solcher Netzwerke sind bekannt, aber es ist noch nicht klar, wie Zellen die empfangenen Signale in Entscheidungen umwandeln, die die weitere Entwicklung der Zelle beeinflussen. Die Cell Signaling Dynamics Gruppe bedient sich mathematischer Modellierung und experimenteller Ansätze, um die Mechanismen zu erforschen, durch die äußerliche und innerliche Signale Zellproliferation und -differenzierung kontrollieren. [mehr]
 
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