Publications of H. Lehrach

Kacprzyk, L. A.; Laible, M.; Andrasiuk, T.; Brase, J. C.; Börno, S.; Falth, M.; Kuner, R.; Lehrach, H.; Schweiger, M. R.; Sultmann, H.: ERG Induces Epigenetic Activation of Tudor Domain-Containing Protein 1 (TDRD1) in ERG Rearrangement-Positive Prostate Cancer. PLoS One 8 (3), p. e59976 - e59976 (2013)

Zerck, A.; Nordhoff, E.; Lehrach, H.; Reinert, K.: Optimal precursor ion selection for LC-MALDI MS/MS. BMC Bioinformatics 14, p. 14:56 - 14:56 (2013)

Grimm, C.; Chavez, L.; Vilardell, M.; Farrall, A.; Tierling, S.; Böhm, J. W.; Grote, P.; Lienhard, M.; Dietrich, J.; Timmermann, B. et al.; Walter, J.; Schweiger, M. R.; Lehrach, H.; Herwig, R.; Herrmann, B. G.; Morkel, M.: DNA–Methylome Analysis of Mouse Intestinal Adenoma Identifies a Tumour-Specific Signature That Is Partly Conserved in Human Colon Cancer. PLoS Genetics 9 (2), p. e1003250 - e1003250 (2013)

Barann, M.; Esser, D.; Klostermeier, U. C.; Lappalainen, T.; Luzius, A.; Kuiper, J. W. P.; Ammerpohl, O.; Vater, I.; Siebert, R.; Amstislavskiy, V. et al.; Sudbrak, R.; Lehrach, H.; Schreiber, S.; Rosenstiel, P.: Janus-a comprehensive tool investigating the two faces of transcription. Bioinformatics 29 (13), pp. 1600 - 1606 (2013)

Fogeron, M.-L.; Müller, H.; Schade, S.; Dreher, F.; Lehmann, V.; Kühnel, A.; Scholz, A. K.; Kashofer, K.; Zerck, A.; Fauler, B. et al.; Lurz, R.; Herwig, R.; Zatloukal, K.; Lehrach, H.; Gobom, J.; Nordhoff, E.; Lange, B.: LGALS3BP regulates centriole biogenesis and centrosome hypertrophy in cancer cells. Nature Communications 4, p. 4:1531 - 4:1531 (2013)

Jager, N.; Schlesner, M.; Jones, D. T.; Raffel, S.; Mallm, J. P.; Junge, K. M.; Weichenhan, D.; Bauer, T.; Ishaque, N.; Kool, M. et al.; Northcott, P. A.; Korshunov, A.; Drews, R. M.; Koster, J.; Versteeg, R.; Richter, J.; Hummel, M.; Mack, S. C.; Taylor, M. D.; Witt, H.; Swartman, B.; Schulte-Bockholt, D.; Sultan, M.; Yaspo, M. L.; Lehrach, H.; Hutter, B.; Brors, B.; Wolf, S.; Plass, C.; Siebert, R.; Trumpp, A.; Rippe, K.; Lehmann, I.; Lichter, P.; Pfister, S. M.; Eils, R.: Hypermutation of the inactive X chromosome is a frequent event in cancer. Cell 155 (3), pp. 567 - 81 (2013)

Jones, D. T.; Hutter, B.; Jager, N.; Korshunov, A.; Kool, M.; Warnatz, H. J.; Zichner, T.; Lambert, S. R.; Ryzhova, M.; Quang, D. A. et al.; Fontebasso, A. M.; Stutz, A. M.; Hutter, S.; Zuckermann, M.; Sturm, D.; Gronych, J.; Lasitschka, B.; Schmidt, S.; Seker-Cin, H.; Witt, H.; Sultan, M.; Ralser, M.; Northcott, P. A.; Hovestadt, V.; Bender, S.; Pfaff, E.; Stark, S.; Faury, D.; Schwartzentruber, J.; Majewski, J.; Weber, U. D.; Zapatka, M.; Raeder, B.; Schlesner, M.; Worth, C. L.; Bartholomae, C. C.; von Kalle, C.; Imbusch, C. D.; Radomski, S.; Lawerenz, C.; van Sluis, P.; Koster, J.; Volckmann, R.; Versteeg, R.; Lehrach, H.; Monoranu, C.; Winkler, B.; Unterberg, A.; Herold-Mende, C.; Milde, T.; Kulozik, A. E.; Ebinger, M.; Schuhmann, M. U.; Cho, Y. J.; Pomeroy, S. L.; von Deimling, A.; Witt, O.; Taylor, M. D.; Wolf, S.; Karajannis, M. A.; Eberhart, C. G.; Scheurlen, W.; Hasselblatt, M.; Ligon, K. L.; Kieran, M. W.; Korbel, J. O.; Yaspo, M. L.; Brors, B.; Felsberg, J.; Reifenberger, G.; Collins, V. P.; Jabado, N.; Eils, R.; Lichter, P.; Pfister, S. M.: Recurrent somatic alterations of FGFR1 and NTRK2 in pilocytic astrocytoma. Nature Genetics 45 (8), pp. 927 - 32 (2013)

Kamburov, A.; Stelzl, U.; Lehrach, H.; Herwig, R.: The ConsensusPathDB interaction database: 2013 update. Nucleic Acids Research (London) 41 (Database issue), pp. D793 - 800 (2013)

Lappalainen, T.; Sammeth, M.; Friedlander, M. R.; 't Hoen, P. A. C.; Monlong, J.; Rivas, M. A.; Gonzalez-Porta, M.; Kurbatova, N.; Griebel, T.; Ferreira, P. G. et al.; Barann, M.; Wieland, T.; Greger, L.; van Iterson, M.; Almlof, J.; Ribeca, P.; Pulyakhina, I.; Esser, D.; Giger, T.; Tikhonov, A.; Sultan, M.; Bertier, G.; MacArthur, D. G.; Lek, M.; Lizano, E.; Buermans, H. P. J.; Padioleau, I.; Schwarzmayr, T.; Karlberg, O.; Ongen, H.; Kilpinen, H.; Beltran, S.; Gut, M.; Kahlem, K.; Amstislavskiy, V.; Stegle, O.; Pirinen, M.; Montgomery, S. B.; Donnelly, P.; McCarthy, M. I.; Flicek, P.; Strom, T. M.; Lehrach, H.; Schreiber, S.; Sudbrak, R.; Carracedo, A.; Antonarakis, S. E.; Haesler, R.; Syvaenen, A. C.; Van Ommen, G. J.; Brazma, A.; Meitinger, T.; Rosenstiel, P.; Guigo, R.; Gut, I. G.; Estivill, X.; Dermitzakis, E. T.; Consortium, G.: Transcriptome and genome sequencing uncovers functional variation in humans. Nature 501 (7468), pp. 506 - 511 (2013)

Lichtner, B.; Knaus, P.; Lehrach, H.; Adjaye, J.: BMP10 as a potent inducer of trophoblast differentiation in human embryonic and induced pluripotent stem cells. Biomaterials 34 (38), pp. 9789 - 9802 (2013)

Linke, C.; Klipp, E.; Lehrach, H.; Barberis, M.; Krobitsch, S.: Fkh1 and Fkh2 associate with Sir2 to control CLB2 transcription under normal and oxidative stress conditions. Frontiers in Physiology 4, p. 4:173 - 4:173 (2013)

Schweiger, M.-R.; Hussong, M.; Roehr, C.; Lehrach, H.: Genomics and epigenomics of colorectal cancer. Wiley Interdisciplinary Reviews: Cognitive Science 5 (2), pp. 205 - 219 (2013)

Weischenfeldt, J.; Simon, R.; Feuerbach, L.; Schlangen, K.; Weichenhan, D.; Minner, S.; Wuttig, D.; Warnatz, H. J.; Stehr, H.; Rausch, T. et al.; Jager, N.; Gu, L.; Bogatyrova, O.; Stutz, A. M.; Claus, R.; Eils, J.; Eils, R.; Gerhauser, C.; Huang, P. H.; Hutter, B.; Kabbe, R.; Lawerenz, C.; Radomski, S.; Bartholomae, C. C.; Falth, M.; Gade, S.; Schmidt, M.; Amschler, N.; Hass, T.; Galal, R.; Gjoni, J.; Kuner, R.; Baer, C.; Masser, S.; von Kalle, C.; Zichner, T.; Benes, V.; Raeder, B.; Mader, M.; Amstislavskiy, V.; Avci, M.; Lehrach, H.; Parkhomchuk, D.; Sultan, M.; Burkhardt, L.; Graefen, M.; Huland, H.; Kluth, M.; Krohn, A.; Sirma, H.; Stumm, L.; Steurer, S.; Grupp, K.; Sultmann, H.; Sauter, G.; Plass, C.; Brors, B.; Yaspo Lehrach, M. L.; Korbel, J. O.; Schlomm, T.: Integrative genomic analyses reveal an androgen-driven somatic alteration landscape in early-onset prostate cancer. Cancer Cell 23 (2), pp. 159 - 70 (2013)

Xue, Y.; Chen, Y.; Ayub, Q.; Huang, N.; Ball, E. V.; Mort, M.; Phillips, A. D.; Shaw, K.; Stenson, P. D.; Cooper, D. N. et al.; Tyler-Smith, C.; The 1000 Genomes Project Consortium; Timmermann, B.; Lehrach, H.; Herwig, R.: Deleterious- and Disease-Allele Prevalence in Healthy Individuals: Insights from Current Predictions, Mutation Databases, and Population-Scale Resequencing. The American Journal of Human Genetics 91 (6), pp. 1022 - 1031 (2012)

van Delft, J.; Gaj, S.; Lienhard, M.; Albrecht, M.; Kirpiy, A.; Brauers, K.; Claessen, S.; Lizarraga, D.; Lehrach, H.; Herwig, R. et al.; Kleinjans, J.: RNA-Seq provides new insights in the transcriptome responses induced by the carcinogen benzo[a]pyrene. Toxicological Sciences 130 (2), pp. 427 - 439 (2012)

Kähler, C.; Isensee, J.; Nonhoff, U.; Terrey, M.; Hucho, T.; Lehrach, H.; Krobitsch, S.: Ataxin-2-like is a regulator of stress granules and processing bodies. PLoS One 7 (11), p. e50134 - e50134 (2012)

Abecasis, G. R.; Auton, A.; Brooks, L. D.; DePristo, M. A.; Durbin, R. M.; Handsaker, R. E.; Kang, H. M.; Marth, G. T.; McVean, G. A.; The 1000 Genomes Project Consortium et al.; Sudbrak, R.; Albrecht, M.; Amstislavskiy, V.; Borodina, T. A.; Davydov, A.; Herwig, R.; Lienhard, M.; Mertes, F.; Sultan, M.; Timmermann, B.; Yaspo, M. L.; Lehrach, H.: An integrated map of genetic variation from 1,092 human genomes. Nature 491 (7422), pp. 56 - 65 (2012)

Bluemlein, K.; Glückmann, M.; Grüning, N.-M.; Feichtinger, R.; Krueger, A.; Wamelink6,, M.; Lehrach, H.; Tate, S.; Neureiter, D.; Kofler, B. et al.; Ralser, M.: Pyruvate kinase is a dosage-dependent regulator of cellular amino acid homeostasis. Oncotarget 3 (11), p. 1356 - 1356 (2012)

Bluemlein, K.; Glückmann, M.; Grüning, N.-M.; Feichtinger, R.; Krüger, A.; Wamelink, M.; Lehrach, H.; Tate, S.; Neureiter, D.; Kofler, B. et al.; Ralser, M.: Pyruvate kinase is a dosage-dependent regulator of cellular amino acid homeostasis. Oncotarget 3 (11), pp. 1356 - 1369 (2012)

Börno, S.; Fischer, A.; Kerick, M.; Falth, M.; Laible, M.; Brase, J. C.; Kuner, R.; Dahl, A.; Grimm, C.; Sayanjali, B. et al.; Isau, M.; Röhr, C.; Wunderlich, A.; Timmermann, B.; Claus, R.; Plass, C.; Graefen, M.; Simon, R.; Demichelis, F.; Rubin, M. A.; Sauter, G.; Schlomm, T.; Sültmann, H.; Lehrach, H.; Schweiger, M. R.: Genome-wide DNA methylation events in TMPRSS2-ERG fusion-negative prostate cancers implicate an EZH2-dependent mechanism with miR-26a hypermethylation. Cancer Discovery 2 (11), pp. 1024 - 1035 (2012)