Publications of M. L. Yaspo

Grassi, L.; Pourfarzad, F.; Ullrich, S.; Merkel, A.; Were, F.; Carrillo-de-Santa-Pau, E.; Yi, G.; Hiemstra, I. H.; Tool, A. T. J.; Mul, E. et al.; Perner, J.; Janssen-Megens, E.; Berentsen, K.; Kerstens, H.; Habibi, E.; Gut, M.; Yaspo, M. L.; Linser, M.; Lowy, E.; Datta, A.; Clarke, L.; Flicek, P.; Vingron, M.; Roos, D.; van den Berg, T. K.; Heath, S.; Rico, D.; Frontini, M.; Kostadima, M.; Gut, I.; Valencia, A.; Ouwehand, W. H.; Stunnenberg, H. G.; Martens, J. H. A.; Kuijpers, T. W.: Dynamics of Transcription Regulation in Human Bone Marrow Myeloid Differentiation to Mature Blood Neutrophils. Cell Reports 24 (10), pp. 2784 - 2794 (2018)

Reddy Devullapally, P.; Bürger, J.; Mielke, T.; Konthur, Z.; Lehrach, H.; Yaspo, M.-L.; Glökler, J.; Warnatz, H.-J.: Simple paired heavy- and light-chain antibody repertoire sequencing using endoplasmic reticulum microsomes. Genome Medicine 10, 10:34 (2018)

Marneth, A. E.; Prange, K. H. M.; Al Hinai, A. S. A.; Bergevoet, S. M.; Tesi, N.; Janssen-Megens, E. M.; Kim, B.; Sharifi, N.; Yaspo, M. L.; Kuster, J. et al.; Sanders, M. A.; Stoetman, E. C. G.; Knijnenburg, J.; Arentsen-Peters, T.; Zwaan, C. M.; Stunnenberg, H. G.; van den Heuvel-Eibrink, M. M.; Haferlach, T.; Fornerod, M.; Jansen, J. H.; Valk, P. J. M.; van der Reijden, B. A.; Martens, J. H. A.: C-terminal BRE overexpression in 11q23-rearranged and t(8;16) acute myeloid leukemia is caused by intragenic transcription initiation. Leukemia: the Journal of Normal and Malignant Hemopoiese ; Official Journal of the Leukemia Research Fund U.K. 2017, pp. 1 - 9 (2017)

Northcott, P. A.; Buchhalter, I.; Morrissy, A. S.; Hovestadt, V.; Weischenfeldt, J.; Ehrenberger, T.; Gröbner, S.; Segura-Wang, M.; Zichner, T.; Rudneva, V. A. et al.; Warnatz, H. J.; Sidiropoulos, N.; Phillips, A. H.; Schumacher, S.; Kleinheinz, K.; Waszak, S. M.; Erkek, S.; Jones, D. T. W.; Worst, B. C.; Kool, M.; Zapatka, M.; Jager, N.; Chavez, L.; Hutter, B.; Bieg, M.; Paramasivam, N.; Heinold, M.; Gu, Z.; Ishaque, N.; Jager-Schmidt, C.; Imbusch, C. D.; Jugold, A.; Hubschmann, D.; Risch, T.; Amstislavskiy, V.; Gonzalez, F. G. R.; Weber, U. D.; Wolf, S.; Robinson, G. W.; Zhou, X.; Wu, G.; Finkelstein, D.; Liu, Y.; Cavalli, F. M. G.; Luu, B.; Ramaswamy, V.; Wu, X.; Koster, J.; Ryzhova, M.; Cho, Y. J.; Pomeroy, S. L.; Herold-Mende, C.; Schuhmann, M.; Ebinger, M.; Liau, L. M.; Mora, J.; McLendon, R. E.; Jabado, N.; Kumabe, T.; Chuah, E.; Ma, Y.; Moore, R. A.; Mungall, A. J.; Mungall, K. L.; Thiessen, N.; Tse, K.; Wong, T.; Jones, S. J. M.; Witt, O.; Milde, T.; Von Deimling, A.; Capper, D.; Korshunov, A.; Yaspo, M. L.; Kriwacki, R.; Gajjar, A.; Zhang, J.; Beroukhim, R.; Fraenkel, E.; Korbel, J. O.; Brors, B.; Schlesner, M.; Eils, R.; Marra, M. A.; Pfister, S. M.; Taylor, M. D.; Lichter, P.: The whole-genome landscape of medulloblastoma subtypes. Nature 547 (7663), pp. 311 - 317 (2017)

Schütte, M.; Ogilvie, L. A.; Rieke, D. T.; Lange, B. M. H.; Yaspo, M. L.; Lehrach, H.: Cancer Precision Medicine: Why More Is More and DNA Is Not Enough. Public Health Genomics 20 (2), pp. 70 - 80 (2017)

Schütte, M.; Risch, T.; Abdavi Azar, N.; Boehnke, K.; Schumacher, D.; Keil, M.; Yildiriman, R.; Jandrasits, C.; Borodina, T.; Amstislavskiy, V. et al.; Worth, C. L.; Schweiger, C.; Liebs, S.; Lange, M.; Warnatz, H. J.; Butcher, L. M.; Barrett, J. E.; Sultan, M.; Wierling, C.; Golob-Schwarzl, N.; Lax, S.; Uranitsch, S.; Becker, M.; Welte, Y.; Regan, J. L.; Silvestrov, M.; Kehler, I.; Fusi, A.; Kessler, T.; Herwig, R.; Landegren, U.; Wienke, D.; Nilsson, M.; Velasco, J. A.; Garin-Chesa, P.; Reinhard, C.; Beck, S.; Schafer, R.; Regenbrecht, C. R.; Henderson, D.; Lange, B.; Haybaeck, J.; Keilholz, U.; Hoffmann, J.; Lehrach, H.; Yaspo, M. L.: Molecular dissection of colorectal cancer in pre-clinical models identifies biomarkers predicting sensitivity to EGFR inhibitors. Nature Communications 8, 8:14262 (2017)

Li, H.; Frappart, L.; Moll, J.; Winkler, A.; Kroll, T.; Hamann, J.; Kufferath, I.; Groth, M.; Taudien, S.; Schütte, M. et al.; Yaspo, M. L.; Heuer, H.; Lange, B. M.; Platzer, M.; Zatloukal, K.; Herrlich, P.; Ploubidou, A.: Impaired Planar Germ Cell Division in the Testis, Caused by Dissociation of RHAMM from the Spindle, Results in Hypofertility and Seminoma. Cancer research: an official organ of the American Association for Cancer Research 76 (21), pp. 6382 - 6395 (2016)

Poznik, G. D.; Xue, Y.; Mendez, F. L.; Willems, T. F.; Massaia, A.; Wilson Sayres, M. A.; The 1000 Genomes Projekt, C.; Lehrach, H.; Sudbrak, R.; Albrecht, M. W. et al.; Amstislavskiy, V.; Borodina, T. A.; Lienhard, M.; Mertes, F.; Sultan, M.; Timmermann, B.; Yaspo, M.-L.: Punctuated bursts in human male demography inferred from 1,244 worldwide Y-chromosome sequences. Nature Genetics 48 (6), pp. 593 - 599 (2016)

Oh, S.; Flynn, R. A.; Floor, S. N.; Purzner, J.; Martin, L.; Do, B. T.; Schubert, S.; Vaka, D.; Morrissy, S.; Li, Y. et al.; Kool, M.; Hovestadt, V.; Jones, D. T.; Northcott, P. A.; Risch, T.; Warnatz, H. J.; Yaspo, M. L.; Adams, C. M.; Leib, R. D.; Breese, M.; Marra, M. A.; Malkin, D.; Lichter, P.; Doudna, J. A.; Pfister, S. M.; Taylor, M. D.; Chang, H. Y.; Cho, Y. J.: Medulloblastoma-associated DDX3 variant selectively alters the translational response to stress. Oncotarget 7 (19), pp. 28169 - 28182 (2016)

Lin, C. Y.; Erkek, S.; Tong, Y.; Yin, L.; Federation, A. J.; Zapatka, M.; Haldipur, P.; Kawauchi, D.; Risch, T.; Warnatz, H. J. et al.; Worst, B. C.; Ju, B.; Orr, B. A.; Zeid, R.; Polaski, D. R.; Segura-Wang, M.; Waszak, S. M.; Jones, D. T.; Kool, M.; Hovestadt, V.; Buchhalter, I.; Sieber, L.; Johann, P.; Chavez, L.; Groschel, S.; Ryzhova, M.; Korshunov, A.; Chen, W.; Chizhikov, V. V.; Millen, K. J.; Amstislavskiy, V.; Lehrach, H.; Yaspo, M. L.; Eils, R.; Lichter, P.; Korbel, J. O.; Pfister, S. M.; Bradner, J. E.; Northcott, P. A.: Active medulloblastoma enhancers reveal subgroup-specific cellular origins. Nature 530 (7588), pp. 57 - 62 (2016)

Chen, L.; Ge, B.; Casale, F. P.; Vasquez, L.; Kwan, T.; Garrido-Martin, D.; Watt, S.; Yan, Y.; Kundu, K.; Ecker, S. et al.; Datta, A.; Richardson, D.; Burden, F.; Mead, D.; Mann, A. L.; Fernandez, J. M.; Rowlston, S.; Wilder, S. P.; Farrow, S.; Shao, X.; Lambourne, J. J.; Redensek, A.; Albers, C. A.; Amstislavskiy, V.; Ashford, S.; Berentsen, K.; Bomba, L.; Bourque, G.; Bujold, D.; Busche, S.; Caron, M.; Chen, S. H.; Cheung, W.; Delaneau, O.; Dermitzakis, E. T.; Elding, H.; Colgiu, I.; Bagger, F. O.; Flicek, P.; Habibi, E.; Iotchkova, V.; Janssen-Megens, E.; Kim, B.; Lehrach, H.; Lowy, E.; Mandoli, A.; Matarese, F.; Maurano, M. T.; Morris, J. A.; Pancaldi, V.; Pourfarzad, F.; Rehnstrom, K.; Rendon, A.; Risch, T.; Sharifi, N.; Simon, M. M.; Sultan, M.; Valencia, A.; Walter, K.; Wang, S. Y.; Frontini, M.; Antonarakis, S. E.; Clarke, L.; Yaspo, M. L.; Beck, S.; Guigo, R.; Rico, D.; Martens, J. H. A.; Ouwehand, W. H.; Kuijpers, T. W.; Paul, D. S.; Stunnenberg, H. G.; Stegle, O.; Downes, K.; Pastinen, T.; Soranzo, N.: Genetic Drivers of Epigenetic and Transcriptional Variation in Human Immune Cells. Cell 167 (5), e24, pp. 1398 - 1414 (2016)

Perdomo-Sabogal, A.; Nowick, K.; Piccini, I.; Sudbrak, R.; Lehrach, H.; Yaspo, M. L.; Warnatz, H. J.; Querfurth, R.: Human Lineage-Specific Transcriptional Regulation through GA-Binding Protein Transcription Factor Alpha (GABPa). Molecular Biology and Evolution 33 (5), pp. 1231 - 1244 (2016)

Kärst, S.; Arends, D.; Heise, S.; Trost, J.; Yaspo-Lehrach, M.-L.; Amstislavskiy, V.; Risch, T.; Lehrach, H.; Brockmann, G.: Erratum. BMC Genomics 16, p. 1018 - 1018 (2015)

Kärst, S.; Arends, D.; Heise, S.; Trost, J.; Yaspo-Lehrach, M.-L.; Amstislavskiy, V.; Risch, T.; Lehrach, H.: The direction of cross affects [corrected] obesity after puberty in male but not female offspring. BMC Genomics 16, p. 904 (2015)

The 1000 Genome Project Consortium; Lehrach, H.; Amstislavskiy, V.; Lienhard, M.; Mertes, F.; Sultan, M.; Timmermann, B.; Yaspo, M.-L.; Herwig, R.: A global reference for human genetic variation. Nature 526 (7571), pp. 68 - 74 (2015)

Fischer, U.; Forster, M.; Rinaldi, A.; Risch, T.; Sungalee, S.; Warnatz, H. J.; Bornhauser, B.; Gombert, M.; Kratsch, C.; Stutz, A. M. et al.; Sultan, M.; Tchinda, J.; Worth, C. L.; Amstislavskiy, V.; Badarinarayan, N.; Baruchel, A.; Bartram, T.; Basso, G.; Canpolat, C.; Cario, G.; Cave, H.; Dakaj, D.; Delorenzi, M.; Dobay, M. P.; Eckert, C.; Ellinghaus, E.; Eugster, S.; Frismantas, V.; Ginzel, S.; Haas, O. A.; Heidenreich, O.; Hemmrich-Stanisak, G.; Hezaveh, K.; Holl, J. I.; Hornhardt, S.; Husemann, P.; Kachroo, P.; Kratz, C. P.; Kronnie, G. T.; Marovca, B.; Niggli, F.; McHardy, A. C.; Moorman, A. V.; Panzer-Grumayer, R.; Petersen, B. S.; Raeder, B.; Ralser, M.; Rosenstiel, P.; Schäfer, D.; Schrappe, M.; Schreiber, S.; Schutte, M.; Stade, B.; Thiele, R.; Weid, N.; Vora, A.; Zaliova, M.; Zhang, L.; Zichner, T.; Zimmermann, M.; Lehrach, H.; Borkhardt, A.; Bourquin, J. P.; Franke, A.; Korbel, J. O.; Stanulla, M.; Yaspo, M. L.: Genomics and drug profiling of fatal TCF3-HLF-positive acute lymphoblastic leukemia identifies recurrent mutation patterns and therapeutic options. Nature Genetics 47 (9), pp. 1020 - 1029 (2015)

Wierling, C. K.; Kessler, T.; Ogilvie, L. A.; Lange, B.; Yaspo, M.-L.; Lehrach, H.: Network and systems biology: essential steps in virtualising drug discovery and development. Drug Discovery Today: Technology 15, pp. 33 - 40 (2015)

Pajtler, K. W.; Witt, H.; Sill, M.; Jones, D. T.; Hovestadt, V.; Kratochwil, F.; Wani, K.; Tatevossian, R.; Punchihewa, C.; Johann, P. et al.; Reimand, J.; Warnatz, H.-J.; Ryzhova, M.; Mack, S.; Ramaswamy, V.; Capper, D.; Schweizer, L.; Sieber, L.; Wittmann, A.; Huang, Z.; van Sluis, P.; Volckmann, R.; Koster, J.; Versteeg, R.; Fults, D.; Toledano, H.; Avigad, S.; Hoffman, L. M.; Donson, A. M.; Foreman, N.; Hewer, E.; Zitterbart, K.; Gilbert, M.; Armstrong, T. S.; Gupta, N.; Allen, J. C.; Karajannis, M. A.; Zagzag, D.; Hasselblatt, M.; Kulozik, A. E.; Witt, O.; Collins, V. P.; von Hoff, K.; Rutkowski, S.; Pietsch, T.; Bader, G.; Yaspo, M. L.; von Deimling, A.; Lichter, P.; Taylor, M. D.; Gilbertson, R.; Ellison, D. W.; Aldape, K.; Korshunov, A.; Kool, M.; Pfister, S. M.: Molecular Classification of Ependymal Tumors across All CNS Compartments, Histopathological Grades, and Age Groups. Cancer Cell 27 (5), pp. 728 - 743 (2015)

Redmer, T.; Welte, Y.; Behrens, D.; Fichtner, I.; Przybilla, D.; Wruck, W.; Yaspo, M. L.; Lehrach, H.; Schäfer, R.; Regenbrecht, C. R.: The nerve growth factor receptor CD271 is crucial to maintain tumorigenicity and stem-like properties of melanoma cells. PLoS One 9 (5), e92596 (2015)

Laurent, A.; Calabrese, M.; Warnatz, H. J.; Yaspo, M. L.; Tkachuk, V.; Torres, M.; Blasi, F.; Penkov, D.: ChIP-Seq and RNA-Seq analyses identify components of the Wnt and Fgf signaling pathways as Prep1 target genes in mouse embryonic stem cells. PLoS One 10 (4), e0122518 (2015)