Journal Article (39)

21.
Journal Article
Fischer, U.; Forster, M.; Rinaldi, A.; Risch, T.; Sungalee, S.; Warnatz, H. J.; Bornhauser, B.; Gombert, M.; Kratsch, C.; Stutz, A. M. et al.; Sultan, M.; Tchinda, J.; Worth, C. L.; Amstislavskiy, V.; Badarinarayan, N.; Baruchel, A.; Bartram, T.; Basso, G.; Canpolat, C.; Cario, G.; Cave, H.; Dakaj, D.; Delorenzi, M.; Dobay, M. P.; Eckert, C.; Ellinghaus, E.; Eugster, S.; Frismantas, V.; Ginzel, S.; Haas, O. A.; Heidenreich, O.; Hemmrich-Stanisak, G.; Hezaveh, K.; Holl, J. I.; Hornhardt, S.; Husemann, P.; Kachroo, P.; Kratz, C. P.; Kronnie, G. T.; Marovca, B.; Niggli, F.; McHardy, A. C.; Moorman, A. V.; Panzer-Grumayer, R.; Petersen, B. S.; Raeder, B.; Ralser, M.; Rosenstiel, P.; Schäfer, D.; Schrappe, M.; Schreiber, S.; Schutte, M.; Stade, B.; Thiele, R.; Weid, N.; Vora, A.; Zaliova, M.; Zhang, L.; Zichner, T.; Zimmermann, M.; Lehrach, H.; Borkhardt, A.; Bourquin, J. P.; Franke, A.; Korbel, J. O.; Stanulla, M.; Yaspo, M. L.: Genomics and drug profiling of fatal TCF3-HLF-positive acute lymphoblastic leukemia identifies recurrent mutation patterns and therapeutic options. Nature Genetics 47 (9), pp. 1020 - 1029 (2015)
22.
Journal Article
Wierling, C. K.; Kessler, T.; Ogilvie, L. A.; Lange, B.; Yaspo, M.-L.; Lehrach, H.: Network and systems biology: essential steps in virtualising drug discovery and development. Drug Discovery Today: Technology 15, pp. 33 - 40 (2015)
23.
Journal Article
Pajtler, K. W.; Witt, H.; Sill, M.; Jones, D. T.; Hovestadt, V.; Kratochwil, F.; Wani, K.; Tatevossian, R.; Punchihewa, C.; Johann, P. et al.; Reimand, J.; Warnatz, H.-J.; Ryzhova, M.; Mack, S.; Ramaswamy, V.; Capper, D.; Schweizer, L.; Sieber, L.; Wittmann, A.; Huang, Z.; van Sluis, P.; Volckmann, R.; Koster, J.; Versteeg, R.; Fults, D.; Toledano, H.; Avigad, S.; Hoffman, L. M.; Donson, A. M.; Foreman, N.; Hewer, E.; Zitterbart, K.; Gilbert, M.; Armstrong, T. S.; Gupta, N.; Allen, J. C.; Karajannis, M. A.; Zagzag, D.; Hasselblatt, M.; Kulozik, A. E.; Witt, O.; Collins, V. P.; von Hoff, K.; Rutkowski, S.; Pietsch, T.; Bader, G.; Yaspo, M. L.; von Deimling, A.; Lichter, P.; Taylor, M. D.; Gilbertson, R.; Ellison, D. W.; Aldape, K.; Korshunov, A.; Kool, M.; Pfister, S. M.: Molecular Classification of Ependymal Tumors across All CNS Compartments, Histopathological Grades, and Age Groups. Cancer Cell 27 (5), pp. 728 - 743 (2015)
24.
Journal Article
Redmer, T.; Welte, Y.; Behrens, D.; Fichtner, I.; Przybilla, D.; Wruck, W.; Yaspo, M. L.; Lehrach, H.; Schäfer, R.; Regenbrecht, C. R.: The nerve growth factor receptor CD271 is crucial to maintain tumorigenicity and stem-like properties of melanoma cells. PLoS One 9 (5), e92596 (2015)
25.
Journal Article
Laurent, A.; Calabrese, M.; Warnatz, H. J.; Yaspo-Lehrach, M.-L.; Tkachuk, V.; Torres, M.; Blasi, F.; Penkov, D.: ChIP-Seq and RNA-Seq Analyses Identify Components of the Wnt and Fgf Signaling Pathways as Prep1 Target Genes in Mouse Embryonic Stem Cells. PLoS One (2015)
26.
Journal Article
Laurent, A.; Calabrese, M.; Warnatz, H. J.; Yaspo, M. L.; Tkachuk, V.; Torres, M.; Blasi, F.; Penkov, D.: ChIP-Seq and RNA-Seq analyses identify components of the Wnt and Fgf signaling pathways as Prep1 target genes in mouse embryonic stem cells. PLoS One 10 (4), e0122518 (2015)
27.
Journal Article
Gu, L.; Frommel, S. C.; Oakes, C. C.; Simon, R.; Grupp, K.; Gerig, C. Y.; Bar, D.; Robinson, M. D.; Baer, C.; Weiss, M. et al.; Gu, Z.; Schapira, M.; Kuner, R.; Sultmann, H.; Provenzano, M.; Cancer, I. P. o. E. O. P.; Yaspo, M. L.; Brors, B.; Korbel, J.; Schlomm, T.; Sauter, G.; Eils, R.; Plass, C.; Santoro, R.: BAZ2A (TIP5) is involved in epigenetic alterations in prostate cancer and its overexpression predicts disease recurrence. Nature Genetics 47 (1), pp. 22 - 30 (2015)
28.
Journal Article
Kärst, S.; Arends, D.; Heise, S.; Trost, J.; Yaspo, M. L.; Amstislavskiy, V.; Risch, T.; Lehrach, H.; Brockmann, G. A.: Erratum to: 'The direction of cross affects obesity after puberty in male but not female offspring'. BMC Genomics 16 (1), 16:1018 (2015)
29.
Journal Article
Pandey, V.; Sultan, M.; Kashofer, K.; Ralser, M.; Amstislavskiy, V.; Starmann, J.; Osprian, I.; Grimm, C.; Hache, H.; Yaspo, M. L. et al.; Sultmann, H.; Trauner, M.; Denk, H.; Zatloukal, K.; Lehrach, H.; Wierling, C.: Comparative analysis and modeling of the severity of steatohepatitis in DDC-treated mouse strains. PLoS One 9 (10), e111006 (2014)
30.
Journal Article
Henderson, D.; Ogilvie, L. A.; Hoyle, N.; Keilholz, U.; Lange, B.; Lehrach, H.; OncoTrack, C.; Yaspo, M. L.: Personalized medicine approaches for colon cancer driven by genomics and systems biology: OncoTrack. Biotechnology Journal 9 (9), pp. 1104 - 1114 (2014)
31.
Journal Article
Sultan, M.; Amstislavskiy, V.; Risch, T.; Schütte, M.; Dökel, S.; Ralser, M.; Balzereit, D.; Lehrach, H.; Yaspo, M. L.: Influence of RNA extraction methods and library selection schemes on RNA-seq data. BMC Genomics 15, 15:675 (2014)
32.
Journal Article
Northcott, P. A.; Lee, C.; Zichner, T.; Stütz, A. M.; Erkek, S.; Kawauchi, D.; Shih, D. J.; Hovestadt, V.; Zapatka, M.; Sturm, D. et al.; Jones, D. T.; Kool, M.; Remke, M.; Cavalli, F. M.; Zuyderduyn, S.; Bader, G. D.; VandenBerg, S.; Esparza, L. A.; Ryzhova, M.; Wang, W.; Wittmann, A.; Stark, S.; Sieber, L.; Seker-Cin, H.; Linke, L.; Kratochwil, F.; Jager, N.; Buchhalter, I.; Imbusch, C. D.; Zipprich, G.; Raeder, B.; Schmidt, S.; Diessl, N.; Wolf, S.; Wiemann, S.; Brors, B.; Lawerenz, C.; Eils, J.; Warnatz, H.-J.; Risch, T.; Yaspo, M. L.; Weber, U. D.; Bartholomae, C. C.; von Kalle, C.; Turanyi, E.; Hauser, P.; Sanden, E.; Darabi, A.; Siesjo, P.; Sterba, J.; Zitterbart, K.; Sumerauer, D.; van Sluis, P.; Versteeg, R.; Volckmann, R.; Koster, J.; Schuhmann, M. U.; Ebinger, M.; Grimes, H. L.; Robinson, G. W.; Gajjar, A.; Mynarek, M.; von Hoff, K.; Rutkowski, S.; Pietsch, T.; Scheurlen, W.; Felsberg, J.; Reifenberger, G.; Kulozik, A. E.; von Deimling, A.; Witt, O.; Eils, R.; Gilbertson, R. J.; Korshunov, A.; Taylor, M. D.; Lichter, P.; Korbel, J. O.; Wechsler-Reya, R. J.; Pfister, S. M.: Enhancer hijacking activates GFI1 family oncogenes in medulloblastoma. Nature 511 (7510), pp. 428 - 434 (2014)
33.
Journal Article
Colonna, V.; Ayub, Q.; Chen, Y.; Pagani, L.; Luisi, P.; Pybus, M.; Garrison, E.; Xue, Y.; Tyler-Smith, C.; 1000 Genomes Project, C. et al.; Sudbrak, R.; Albrecht, M.; Amstislavskiy, V.; Borodina, T. A.; Dahl, A.; Davydov, A.; Herwig, R.; Marquardt, P.; Mertes, F.; Nietfeld, W.; Parkhomchuk, D.; Soldatov, A. V.; Timmermann, B.; Tolzmann, M.; Lehrach, H.; Yaspo, M. L.: Human genomic regions with exceptionally high levels of population differentiation identified from 911 whole-genome sequences. Genome Biology: Biology for the Post-Genomic Era 15 (6), R88 (2014)
34.
Journal Article
Hovestadt, V.; Jones, D. T.; Picelli, S.; Wang, W.; Kool, M.; Northcott, P. A.; Sultan, M.; Stachurski, K.; Ryzhova, M.; Warnatz, H.-J. et al.; Ralser, M.; Brun, S.; Bunt, J.; Jager, N.; Kleinheinz, K.; Erkek, S.; Weber, U. D.; Bartholomae, C. C.; von Kalle, C.; Lawerenz, C.; Eils, J.; Koster, J.; Versteeg, R.; Milde, T.; Witt, O.; Schmidt, S.; Wolf, S.; Pietsch, T.; Rutkowski, S.; Scheurlen, W.; Taylor, M. D.; Brors, B.; Felsberg, J.; Reifenberger, G.; Borkhardt, A.; Lehrach, H.; Wechsler-Reya, R. J.; Eils, R.; Yaspo, M. L.; Landgraf, P.; Korshunov, A.; Zapatka, M.; Radlwimmer, B.; Pfister, S. M.; Lichter, P.: Decoding the regulatory landscape of medulloblastoma using DNA methylation sequencing. Nature 510 (7506), pp. 537 - 541 (2014)
35.
Journal Article
Delaneau, O.; Marchini, J.; 1000 Genomes Project, C.; Lehrach, H.; Sudbrak, R.; Amstislavskiy, V. S.; Lienhard, M.; Mertes, F.; Sultan, M.; Timmermann, B. et al.; Yaspo, M. L.; Herwig, R.: Integrating sequence and array data to create an improved 1000 Genomes Project haplotype reference panel. Nature Communications 5, 5:3934 (2014)
36.
Journal Article
Hovestadt , V.; Jones , D.; Picelli , S.; Wang , W.; Kool , M.; Northcott , P. A.; Sultan, M.; Stachurski , K.; Ryzhova , M.; Warnatz, H. J. et al.; Ralser, M.; Brun , S.; Bunt , J.; Jäger , N.; Kleinheinz , K.; Erkek , S.; Weber , U. D.; Bartholomae, C. C.; von Kalle , C.; Lawerenz , C.; Eils , J.; Koster , J.; Versteeg , R.; Milde , T.; Witt , O.; Schmidt , S.; Wolf , S.; Pietsch , T.; Rutkowski, S.; Scheurlen , W.; Taylor , M. B.; Brors , B.; Felsberg , J.; Reifenberger , G.; Borkhardt , A.; Lehrach, H.; Wechsler-Reya , R.; Eils , R.; Yaspo, M.-L.; Landgraf , P.; Korshunov , A.; Zapatka , M.; Radlwimmer , B.; Pfister , S. M.; Lichter , P.: Decoding the regulatory landscape of medulloblastoma using DNA methylation sequencing. Nature 26 (510), pp. 537 - 541 (2014)
37.
Journal Article
Rashi-Elkeles, S.; Warnatz, H. J.; Elkon, R.; Kupershtein, A.; Chobod, Y.; Paz, A.; Amstislavskiy, V.; Sultan, M.; Safer, H.; Nietfeld, W. et al.; Lehrach, H.; Shamir, R.; Yaspo, M. L.; Shiloh, Y.: Parallel profiling of the transcriptome, cistrome, and epigenome in the cellular response to ionizing radiation. Science Signaling 7 (325), rs3 (2014)
38.
Journal Article
Khurana, E.; Fu, Y.; Colonna, V.; Mu, X. J.; Kang, H. M.; Lappalainen, T.; Sboner, A.; Lochovsky, L.; Chen, J.; Harmanci, A. et al.; Das, J.; Abyzov, A.; Balasubramanian, S.; Beal, K.; Chakravarty, D.; Challis, D.; Chen, Y.; Clarke, D.; Clarke, L.; Cunningham, F.; Evani, U. S.; Flicek, P.; Fragoza, R.; Garrison, E.; Gibbs, R.; Gumus, Z. H.; Herrero, J.; Kitabayashi, N.; Kong, Y.; Lage, K.; Liluashvili, V.; Lipkin, S. M.; MacArthur, D. G.; Marth, G.; Muzny, D.; Pers, T. H.; Ritchie, G. R.; Rosenfeld, J. A.; Sisu, C.; Wei, X.; Wilson, M.; Xue, Y.; Yu, F.; 1000 Genomes Project, C.; Lehrach, H.; Sudbrak, R.; Albrecht, M. W.; Amstislavskiy, V.; Borodina, T. A.; Lienhard, M.; Mertes, F.; Sultan, M.; Timmermann, B.; Yaspo, M. L.; Dermitzakis, E. T.; Yu, H.; Rubin, M. A.; Tyler-Smith, C.; Gerstein, M.: Integrative annotation of variants from 1092 humans: application to cancer genomics. Science 342 (6154), p. 1235587 - 1235587 (2013)
39.
Journal Article
MacArthur, D. G.; Balasubramanian, S.; Frankish, A.; 1000 Genomes Project, C.; Sudbrak, R.; Albrecht , M. W.; Amstislavskiy, V.; Borodina, T. A.; Dahl, A.; Davydov, A. et al.; Herwig, R.; Marquardt, P.; Mertes, F.; Nietfeld, W.; Parkhomchuk, D.; Soldatov, A.; Timmermann, B.; Tolzmann, M.; Lehrach, H.: A Systematic Survey of Loss-of-Function Variants in Human Protein-Coding Genes. Science 335 (6070), pp. 823 - 828 (2012)
Go to Editor View