Publications
The following publications were published exclusively under the affiliation of the Max Planck Society. For publications by the principal investigator outside of the Max Planck Society, see the links on the lower left.
Publications by the Yaspo Lab
Preprints
If preprints are available, they will be listed here.
No matching publications found.
Published
2025
Demir, S.; Kessler, T.; Hotes, A.; Häberle, B.; Hiyama, E.; Hishiki, T.; Indersie, E.; Branchereau, S.; Vokuhl, C.; Dorel, M. et al.; Lehrach, H.; Lange, B.; Cairo, S.; Kappler, R.: Mechanistic models position ceritinib as a nuclear integrity disrupting therapy in pediatric liver tumors. Journal of Experimental & Clinical Cancer Research
44, 268 (2025)
Hetzel, S.; Hodis , E.; Torlai Triglia, E.; Kovacsovics, A.; Steinmann , K.; Gnirke, A.; Cui, M.; McQuaid, D.; Weigert, R.; Pohl, G. et al.; Muzumdar, M. D.; Leyvraz, S.; Keilholz, U.; Yaspo, M.-L.; Regev, A.; Kretzmer, H.; Smith, Z.; Meissner, A.: Direct genetic transformation bypasses tumor-associated DNA methylation alterations. Genome Biology (26) (2025)
Otas, H. O.: Investigation of BAP1’s role in gene regulatory networks and epigenetic patterning in Uveal Melanoma. Dissertation, XXV, 225 Seiten pp. (2025)
Lazaro-Navarro, J.; Alcon, C.; Dorel, M.; Alasfar, L.; Bastian, L.; Baldus, C.; Astrahantseff, K.; Yaspo, M.-L.; Montero, J.; Eckert, C.: Inhibiting H3K27 Demethylases Downregulates CREB-CREBBP, Overcoming Resistance in Relapsed Acute Lymphoblastic Leukemia. Cancer Medicine
14 (1), pp. 1 - 7 (2025)
2024
Bortolini Silveira, A.; Houy, A.; Ganier, O.; Özemek, B.; Vanhuele, S.; Vincent-Salomon, A.; Cassoux, N.; Mariani , P.; Pierron, G.; Leyvraz, S. et al.; Rieke, D.; Picca, A.; Bielle, F.; Yaspo, M.-L.; Rodrigues, M.; Stern, M.-H.: Base-excision repair pathway shapes 5-methylcytosine deamination signatures in pan-cancer genomes. Nature Communications
15 (1), Article 9864 (2024)
Künzel, S. E.; Frentzel, D. P.; Flesch, L. T. M.; Knecht, V. A.; Rübsam, A.; Dreher, F.; Schütte, M.; Dubrac, A.; Lange, B.; Yaspo, M.-L. et al.; Lehrach, H.; Joussen, A. M.; Zeitz, O.: AI-driven discovery of blood xenobiotic biomarkers in neovascular age-related macular degeneration using iterative random forests. Graefe's Archive for Clinical and Experimental Ophthalmology
262 (11), pp. 3567 - 3575 (2024)
Künzel, S. E.; Pompös, I.-M.; Flesch, L. T. M.; Frentzel, D. P.; Knecht, V. A.; Skosyrski, S.; Rübsam, A.; Dreher, F.; Kociok, N.; Dubrac, A. et al.; Yaspo, M.-L.; Lehrach, H.; Strauss, O.; Joussen, A. M.; Zeitz, O.: From the Human Blood Metabolome to an Interventional Murine CNV Model: Unveiling Saccharin's Protective Effect on Neovascular AMD. 2024 ARVO Annual Meeting, Seattle, WA, May 05, 2024 - May 09, 2024. Investigative Ophthalmology and Visual Science
65 (7), Article 213, (2024)
Dorel, M.; Balzereit, D.; Kovacsovics, A.; Eckert, C.; Yaspo, M.-L.: Reverse engineering BCP-ALL signaling with large knock-out screens. 35. Jahrestagung der Kind-Philipp-Stiftung für pädiatrisch onkologische Forschung, Wilsede, June 05, 2024 - June 08, 2024. Klinische Pädiatrie
236 (03), Article 203, (2024)
Pesic, M.; Narayanareddy, G. C.; Rettig, A.; Pfau, M.; Kovacsovics, A.; Eckert, C.; Yaspo, M. L.: The testicular niche – heterogeneity in leukemic cell adaptation to the new immunemicroenvironment. 35. Jahrestagung der Kind-Philipp-Stiftung für pädiatrisch onkologische Forschung, Wilsede, June 05, 2024 - June 08, 2024. Klinische Pädiatrie
236 (03), Article 211, (2024)
Künzel, S. E.; Pompös, I.-M.; Flesch, L. T. M.; Frentzel, D. P.; Knecht, V. A.; Winkler, S.; Skosyrski, S.; Rübsam, A.; Dreher, F.; Kociok, N. et al.; Schütte, M.; Dubrac, A.; Lange, B.; Yaspo, M.-L.; Lehrach, H.; Strauß, O.; Joussen, A. M.; Zeitz, O.: Exploring the Impact of Saccharin on Neovascular Age-Related Macular Degeneration: A Comprehensive Study in Patients and Mice. Investigative Ophthalmology and Visual Science
65 (4), Article 5 (2024)
2023
Sultana, Z.; Dorel, M.; Klinger, B.; Sieber, A.; Dunkel, I.; Blüthgen, N.; Schulz, E. G.: Modeling unveils sex differences of signaling networks in mouse embryonic stem cells. Molecular Systems Biology
19 (11), e11510 (2023)
Ng, M.; Verboon, L.; Issa, H.; Bhayadia, R.; Vermunt, M. W.; Winkler, R.; Schüler, L.; Alejo, O.; Schuschel, K.; Regenyi, E. et al.; Borchert, D.; Heuser, M.; Reinhardt, D.; Yaspo, M.-L.; Heckl, D.; Klusmann, J.-H.: Myeloid leukemia vulnerabilities embedded in long noncoding RNA locus MYNRL15. iScience
26 (10), 107844 (2023)
2022
Gialesaki , S.; Bräuer-Hartmann , D.; Issa, H.; Bhayadia, R.; Alejo-Valle, O.; Verboon, L.; Schmell, A.-L.; Laszig, S.; Regenyi, E.; Schuschel, K. et al.; Labuhn , M.; Ng, M.; Winkler , R.; Ihling, C.; Sinz, A.; Glaß, M.; Hüttelmaier, S.; Matzk, S.; Schmid, L.; Strüwe, F.; Kadel, S.-K.; Reinhardt, D.; Yaspo, M.-L.; Heckl, D.; Klusmann, J.-H.: RUNX1 isoform disequilibrium promotes the development of trisomy 21 associated myeloid leukemia. Blood
141 (10), pp. 1105 - 1118 (2022)
Leyvraz, S.; Konietschke, F.; Peuker, C.; Schütte, M.; Kessler, T.; Ochsenreither, S.; Ditzhaus, M.; Sprünken, E. D.; Dörpholz, G.; Lamping, M. et al.; Rieke, D. T.; Klinghammer, K.; Burock, S.; Ulrich, C.; Poch, G.; Schäfer, R.; Klauschen, F.; Joussen, A.; Yaspo, M.-L.; Keilholz, U.: Biomarker-driven therapies for metastatic uveal melanoma: A prospective precision oncology feasibility study. European Journal of Cancer
169, pp. 146 - 155 (2022)
Berlak, M.; Tucker, E.; Dorel, M.; Winkler, A.; McGearey, A.; Rodriguez-Fos, E.; Martins da Costa, B.; Barker, K.; Fyle, E.; Calton, E. et al.; Eising, S.; Ober, K.; Hughes, D.; Koutroumanidou, E.; Carter, P.; Stankunaite, R.; Proszek, P.; Jain, N.; Rosswog, C.; Dorado-Garcia, H.; Molenaar, J. J.; Hubank, M.; Barone, G.; Anderson, J.; Lang, P.; Deubzer, H. E.; Künkele, A.; Fischer, M.; Eggert, A.; Kloft, C.; Henssen, A. G.; Boettcher, M.; Hertwig, F.; Blüthgen, N.; Chesler, L.; Schulte, J. H.: Mutations in ALK signaling pathways conferring resistance to ALK inhibitor treatment lead to collateral vulnerabilities in neuroblastoma cells. Molecular Cancer
21, 126 (2022)
Risch, T.: Computational analysis of cancer transcriptomes: drug response prediction in colorectal cancer and gene regulatory networks and long non-coding genes in medulloblastoma. Dissertation, XIV, 230 Seiten pp. (2022)
Vuaroqueaux, V.; Musch, A.; Kobelt, D.; Risch, T.; Herrmann, P.; Burock, S.; Peille, A.-L.; Yaspo, M.-L.; Fiebig, H.-H.; Stein, U.: Elevated MACC1 Expression in Colorectal Cancer Is Driven by Chromosomal Instability and Is Associated with Molecular Subtype and Worse Patient Survival. Cancers / Molecular Diversity Preservation International (MDPI)
14 (7), 1749 (2022)
Alejo-Valle, O.; Weigert, K.; Bhayadia, R.; Ng, M.; Issa, H.; Beyer, C.; Emmrich, S.; Schuschel, K.; Ihling, C.; Sinz, A. et al.; Zimmermann, M.; Wickenhauser, C.; Flasinski, M.; Regenyi, E.; Labuhn, M.; Reinhardt, D.; Yaspo, M.-L.; Heckl, D.; Klusmann, J.-H.: The megakaryocytic transcription factor ARID3A suppresses leukemia pathogenesis. Blood
139 (5), pp. 651 - 665 (2022)
2021
Keil, M.; Conrad, T.; Becker, M.; Keilholz, U.; Yaspo, M.-L.; Lehrach, H.; Schütte, M.; Haybaeck, J.; Hoffmann, J.: Modeling of Personalized Treatments in Colon Cancer Based on Preclinical Genomic and Drug Sensitivity Data. Cancers
13 (23), 6018 (2021)
2020
Xiao, Y.; Rabien, A.; Buschow, R.; Amstislavskiy, V.; Busch, J.; Kilic, E.; Villegas, S. L.; Timmermann, B.; Schütte, M.; Mielke, T. et al.; Yaspo, M.-L.; Jung, K.; Meierhofer, D.: Endocytosis-mediated replenishment of amino acids favors cancer cell proliferation and survival in chromophobe renal cell carcinoma. Cancer research: an official organ of the American Association for Cancer Research
80, pp. 5491 - 5501 (2020)
Bornhauser, B.; Cario, G.; Rinaldi, A.; Risch, T.; Rodriguez Martinez, V.; Schütte, M.; Warnatz, H.-J.; Scheidegger, N.; Mirkowska, P.; Temperli, M. et al.; Möller, C.; Schumich, A.; Dworzak, M.; Attarbaschi, A.; Brüggemann, M.; Ritgen, M.; Mejstrikova, E.; Hofmann, A.; Buldini, B.; Scarparo, P.; Basso, G.; Maglia, O.; Gaipa, G.; Skoblyn, T.-L.; Te Kronnie, G.; Vendramini, E.; Panzer-Grümayer, R.; Barz, M. J.; Marovca, B.; Hauri-Hohl, M.; Niggli, F.; Eckert, C.; Schrappe, M.; Stanulla, M.; Zimmermann, M.; Wollscheid, B.; Yaspo, M.-L.; Bourquin, J.-P.: The hematopoietic stem cell marker VNN2 is associated with chemoresistance in pediatric B-cell precursor ALL. Blood Advances
4 (17), pp. 4052 - 4064 (2020)
Burns, M.; Schulz, A. R.; Kunkel, D.; Hönig, M.; Warth, S.; Bengsch, B.; Burns, T.; Reinhardt, J.; Grützkau, A.; Yaspo, M.-L. et al.; Sodenkamp, J.; Hoffmann, U.; Mei, H. E.: Mass Cytometry-A Tool for the Curious: Networking in Berlin. Cytometry Part A
97 (8), pp. 764 - 767 (2020)
Lampignano , R.; Neumann, M. H.D.; Weber, S.; Kloten, V.; Herdean, A.; Voss, T.; Groelz, D.; Babayan, A.; Tibbesma, M.; Schlumpberger, M. et al.; Chemi, F.; Rothwell, D. G.; Wikman, H.; Galizzi, J.-P.; Bergheim, I. R.; Russnes, H.; Mussolin, B.; Bonin, S.; Voigt, C.; Musa, H.; Pinzani, P.; Lianidou, E.; Brady, G.; Speicher, M. R.; Pantel, K.; Betsou, F.; Schuuring, E.; Kubista, M.; Ammerlaan, W.; Sprenger-Haussels, M.; Schlange, T.; Heitzer, E.; Lehrach, H.; Yaspo, M.-L.: Multicenter Evaluation of Circulating Cell-Free DNA Extraction and Downstream Analyses for the Development of Standardized (Pre)analytical Work Flows. Clinical Chemistry: International Journal of Molecular Diagnostics and Laboratory Medicine
66 (1), pp. 149 - 160 (2020)
2019
Huang, Y.; Mouttet , B.; Warnatz, H.-J.; Risch, T.; Rietmann, F.; Frommelt, F.; Ngo, Q. A.; Dobay, M. P.; Marovca, B.; Jenni, S. et al.; Tsai, Y.-C.; Matzk, S.; Amstislavskiy, V.; Schrappe, M.; Stanulla, M.; Gstaiger, M.; Bornhauser, B.; Yaspo, M.-L.; Bourquin , J.-P.: The Leukemogenic TCF3-HLF Complex Rewires Enhancers Driving Cellular Identity and Self-Renewal Conferring EP300 Vulnerability. Cancer Cell
36 (6), pp. 630 - 644 (2019)
Christensen, S.; Van der Roest, B.; Besselink, N.; Janssen, R.; Boymans, S.; Martens, J.; Yaspo, M.-L.; Priestley, P.; Kuijk, E.; Cuppen, E. et al.; Van Hoeck, A.: 5-Fluorouracil treatment induces characteristic T>G mutations in human cancer. Nature Communications
10, Article 4571, p. 1 (2019)
Schade, S.; Ogilvie, L. A.; Kessler, T.; Schütte, M.; Wierling, C.; Lange, B. M.; Lehrach, H.; Yaspo, M.-L.: A data- and model-driven approach for cancer treatment. Der Onkologe
25 (Suppl. 2), pp. S132 - S137 (2019)
Labuhn, M.; Perkins, K.; Matzk, S.; Varghese, L.; Garnett, C.; Papaemmanuil, E.; Metzner, M.; Kennedy, A.; Amstislavskiy, V.; Risch, T. et al.; Bhayadia, R.; Samulowski, D.; Hernandez, D. C.; Stoilova, B. ....; Yaspo, M.-L.; Campbell, P. J.; Roberts, I.; Constantinescu, S. N.; Vyas, P.; Heckl, D.; Klusmann, J.-H.: Mechanisms of Progression of Myeloid Preleukemia to Transformed Myeloid Leukemia in Children with Down Syndrome. Cancer Cell
36 (2), pp. 123 - 138 (2019)
Schade, S.; Ogilvie, L. A.; Kessler, T.; Schütte, M.; Wierling, C.; Lange, B. M.; Lehrach, H.; Yaspo, M.-L.: Ein daten- und modellgesteuerter Ansatz zur Behandlung maligner Tumoren. Der Onkologe
25 (Suppl. 1), pp. S109 - S115 (2019)
Yi, G.; Wierenga, A. T. J.; Petraglia, F.; Narang, P.; Janssen-Megens, E. M.; Mandoli, A.; Merkel, A.; Berentsen, K.; Kim, B.; Matarese, F. et al.; Singh, A. A.; Habibi, E.; Prange, K. H. M.; Mulder, A. B.; Jansen, J. H.; Clarke, L.; Heath, S.; van der Reijden, B. A.; Flicek, P.; Yaspo, M.-L.; Gut, I.; Bock, C.; Schuringa, J. J.; Altucci, L.; Vellenga, E.; Stunnenberg, H. G.; Martens, J. H. A.: Chromatin-Based Classification of Genetically Heterogeneous AMLs into Two Distinct Subtypes with Diverse Stemness Phenotypes. Cell Reports
26 (4), pp. 1059 - 1069 (2019)
2018
Gerhauser, C.; Favero, F.; Risch, T.; Simon, R.; Feuerbach, L.; Assenov, Y.; Heckmann, D.; Sidiropoulos, N.; Waszak, S. M.; Hübschmann, D. et al.; Urbanucci, A.; Girma, E. G.; Kuryshev, V.; Klimczak, L. J.; Saini, N.; Stütz, A. M.; Weichenhan, D.; Böttcher, L.-M.; Toth, R.; Hendriksen, J. D.; Koop, C.; Lutsik, P.; Matzk, S.; Warnatz, H.-J.; Amstislavskiy, V.; Feuerstein, C.; Raeder, B.; Bogatyrova, O.; Schmitz, E.-M.; Hube-Magg, C.; Kluth, M.; Huland, H.; Graefen, M.; Lawerenz, C.; Henry, G. H.; Yamaguchi, T. N.; Malewska, A.; Meiners, J.; Schilling, D.; Reisinger, E.; Eils, R.; Schlesner, M.; Strand, D. W.; Bristow, R. G.; Boutros, P. C.; von Kalle, C.; Gordenin, D.; Sültmann, H.; Brors, B.; Sauter, G.; Plass, C.; Yaspo, M.-L.; Korbel, J. O.; Schlomm, T.; Weischenfeldt, J.: Molecular Evolution of Early-Onset Prostate Cancer Identifies Molecular Risk Markers and Clinical Trajectories. Cancer Cell
34 (6), pp. 996 - 1011 (2018)
Grassi, L.; Pourfarzad, F.; Ullrich, S.; Merkel, A.; Were, F.; Carrillo-de-Santa-Pau, E.; Yi, G.; Hiemstra, I. H.; Tool, A. T. J.; Mul, E. et al.; Perner, J.; Janssen-Megens, E.; Berentsen, K.; Kerstens, H.; Habibi, E.; Gut, M.; Yaspo, M. L.; Linser, M.; Lowy, E.; Datta, A.; Clarke, L.; Flicek, P.; Vingron, M.; Roos, D.; van den Berg, T. K.; Heath, S.; Rico, D.; Frontini, M.; Kostadima, M.; Gut, I.; Valencia, A.; Ouwehand, W. H.; Stunnenberg, H. G.; Martens, J. H. A.; Kuijpers, T. W.: Dynamics of Transcription Regulation in Human Bone Marrow Myeloid Differentiation to Mature Blood Neutrophils. Cell Reports
24 (10), pp. 2784 - 2794 (2018)
2017
Marneth, A. E.; Prange, K. H. M.; Al Hinai, A. S. A.; Bergevoet, S. M.; Tesi, N.; Janssen-Megens, E. M.; Kim, B.; Sharifi, N.; Yaspo, M. L.; Kuster, J. et al.; Sanders, M. A.; Stoetman, E. C. G.; Knijnenburg, J.; Arentsen-Peters, T.; Zwaan, C. M.; Stunnenberg, H. G.; van den Heuvel-Eibrink, M. M.; Haferlach, T.; Fornerod, M.; Jansen, J. H.; Valk, P. J. M.; van der Reijden, B. A.; Martens, J. H. A.: C-terminal BRE overexpression in 11q23-rearranged and t(8;16) acute myeloid leukemia is caused by intragenic transcription initiation. Leukemia: the Journal of Normal and Malignant Hemopoiese ; Official Journal of the Leukemia Research Fund U.K.
2017, pp. 1 - 9 (2017)
Northcott, P. A.; Buchhalter, I.; Morrissy, A. S.; Hovestadt, V.; Weischenfeldt, J.; Ehrenberger, T.; Gröbner, S.; Segura-Wang, M.; Zichner, T.; Rudneva, V. A. et al.; Warnatz, H. J.; Sidiropoulos, N.; Phillips, A. H.; Schumacher, S.; Kleinheinz, K.; Waszak, S. M.; Erkek, S.; Jones, D. T. W.; Worst, B. C.; Kool, M.; Zapatka, M.; Jager, N.; Chavez, L.; Hutter, B.; Bieg, M.; Paramasivam, N.; Heinold, M.; Gu, Z.; Ishaque, N.; Jager-Schmidt, C.; Imbusch, C. D.; Jugold, A.; Hubschmann, D.; Risch, T.; Amstislavskiy, V.; Gonzalez, F. G. R.; Weber, U. D.; Wolf, S.; Robinson, G. W.; Zhou, X.; Wu, G.; Finkelstein, D.; Liu, Y.; Cavalli, F. M. G.; Luu, B.; Ramaswamy, V.; Wu, X.; Koster, J.; Ryzhova, M.; Cho, Y. J.; Pomeroy, S. L.; Herold-Mende, C.; Schuhmann, M.; Ebinger, M.; Liau, L. M.; Mora, J.; McLendon, R. E.; Jabado, N.; Kumabe, T.; Chuah, E.; Ma, Y.; Moore, R. A.; Mungall, A. J.; Mungall, K. L.; Thiessen, N.; Tse, K.; Wong, T.; Jones, S. J. M.; Witt, O.; Milde, T.; Von Deimling, A.; Capper, D.; Korshunov, A.; Yaspo, M. L.; Kriwacki, R.; Gajjar, A.; Zhang, J.; Beroukhim, R.; Fraenkel, E.; Korbel, J. O.; Brors, B.; Schlesner, M.; Eils, R.; Marra, M. A.; Pfister, S. M.; Taylor, M. D.; Lichter, P.: The whole-genome landscape of medulloblastoma subtypes. Nature
547 (7663), pp. 311 - 317 (2017)
Schütte, M.; Ogilvie, L. A.; Rieke, D. T.; Lange, B. M. H.; Yaspo, M. L.; Lehrach, H.: Cancer Precision Medicine: Why More Is More and DNA Is Not Enough. Public Health Genomics
20 (2), pp. 70 - 80 (2017)
Schütte, M.; Risch, T.; Abdavi Azar, N.; Boehnke, K.; Schumacher, D.; Keil, M.; Yildiriman, R.; Jandrasits, C.; Borodina, T.; Amstislavskiy, V. et al.; Worth, C. L.; Schweiger, C.; Liebs, S.; Lange, M.; Warnatz, H. J.; Butcher, L. M.; Barrett, J. E.; Sultan, M.; Wierling, C.; Golob-Schwarzl, N.; Lax, S.; Uranitsch, S.; Becker, M.; Welte, Y.; Regan, J. L.; Silvestrov, M.; Kehler, I.; Fusi, A.; Kessler, T.; Herwig, R.; Landegren, U.; Wienke, D.; Nilsson, M.; Velasco, J. A.; Garin-Chesa, P.; Reinhard, C.; Beck, S.; Schafer, R.; Regenbrecht, C. R.; Henderson, D.; Lange, B.; Haybaeck, J.; Keilholz, U.; Hoffmann, J.; Lehrach, H.; Yaspo, M. L.: Molecular dissection of colorectal cancer in pre-clinical models identifies biomarkers predicting sensitivity to EGFR inhibitors. Nature Communications
8, 8:14262 (2017)
2016
Li, H.; Frappart, L.; Moll, J.; Winkler, A.; Kroll, T.; Hamann, J.; Kufferath, I.; Groth, M.; Taudien, S.; Schütte, M. et al.; Yaspo, M. L.; Heuer, H.; Lange, B. M.; Platzer, M.; Zatloukal, K.; Herrlich, P.; Ploubidou, A.: Impaired Planar Germ Cell Division in the Testis, Caused by Dissociation of RHAMM from the Spindle, Results in Hypofertility and Seminoma. Cancer research: an official organ of the American Association for Cancer Research
76 (21), pp. 6382 - 6395 (2016)
Poznik, G. D.; Xue, Y.; Mendez, F. L.; Willems, T. F.; Massaia, A.; Wilson Sayres, M. A.; The 1000 Genomes Projekt, C.; Lehrach, H.; Sudbrak, R.; Albrecht, M. W. et al.; Amstislavskiy, V.; Borodina, T. A.; Lienhard, M.; Mertes, F.; Sultan, M.; Timmermann, B.; Yaspo, M.-L.: Punctuated bursts in human male demography inferred from 1,244 worldwide Y-chromosome sequences. Nature Genetics
48 (6), pp. 593 - 599 (2016)
Oh, S.; Flynn, R. A.; Floor, S. N.; Purzner, J.; Martin, L.; Do, B. T.; Schubert, S.; Vaka, D.; Morrissy, S.; Li, Y. et al.; Kool, M.; Hovestadt, V.; Jones, D. T.; Northcott, P. A.; Risch, T.; Warnatz, H. J.; Yaspo, M. L.; Adams, C. M.; Leib, R. D.; Breese, M.; Marra, M. A.; Malkin, D.; Lichter, P.; Doudna, J. A.; Pfister, S. M.; Taylor, M. D.; Chang, H. Y.; Cho, Y. J.: Medulloblastoma-associated DDX3 variant selectively alters the translational response to stress. Oncotarget
7 (19), pp. 28169 - 28182 (2016)
Lin, C. Y.; Erkek, S.; Tong, Y.; Yin, L.; Federation, A. J.; Zapatka, M.; Haldipur, P.; Kawauchi, D.; Risch, T.; Warnatz, H. J. et al.; Worst, B. C.; Ju, B.; Orr, B. A.; Zeid, R.; Polaski, D. R.; Segura-Wang, M.; Waszak, S. M.; Jones, D. T.; Kool, M.; Hovestadt, V.; Buchhalter, I.; Sieber, L.; Johann, P.; Chavez, L.; Groschel, S.; Ryzhova, M.; Korshunov, A.; Chen, W.; Chizhikov, V. V.; Millen, K. J.; Amstislavskiy, V.; Lehrach, H.; Yaspo, M. L.; Eils, R.; Lichter, P.; Korbel, J. O.; Pfister, S. M.; Bradner, J. E.; Northcott, P. A.: Active medulloblastoma enhancers reveal subgroup-specific cellular origins. Nature
530 (7588), pp. 57 - 62 (2016)
Chen, L.; Ge, B.; Casale, F. P.; Vasquez, L.; Kwan, T.; Garrido-Martin, D.; Watt, S.; Yan, Y.; Kundu, K.; Ecker, S. et al.; Datta, A.; Richardson, D.; Burden, F.; Mead, D.; Mann, A. L.; Fernandez, J. M.; Rowlston, S.; Wilder, S. P.; Farrow, S.; Shao, X.; Lambourne, J. J.; Redensek, A.; Albers, C. A.; Amstislavskiy, V.; Ashford, S.; Berentsen, K.; Bomba, L.; Bourque, G.; Bujold, D.; Busche, S.; Caron, M.; Chen, S. H.; Cheung, W.; Delaneau, O.; Dermitzakis, E. T.; Elding, H.; Colgiu, I.; Bagger, F. O.; Flicek, P.; Habibi, E.; Iotchkova, V.; Janssen-Megens, E.; Kim, B.; Lehrach, H.; Lowy, E.; Mandoli, A.; Matarese, F.; Maurano, M. T.; Morris, J. A.; Pancaldi, V.; Pourfarzad, F.; Rehnstrom, K.; Rendon, A.; Risch, T.; Sharifi, N.; Simon, M. M.; Sultan, M.; Valencia, A.; Walter, K.; Wang, S. Y.; Frontini, M.; Antonarakis, S. E.; Clarke, L.; Yaspo, M. L.; Beck, S.; Guigo, R.; Rico, D.; Martens, J. H. A.; Ouwehand, W. H.; Kuijpers, T. W.; Paul, D. S.; Stunnenberg, H. G.; Stegle, O.; Downes, K.; Pastinen, T.; Soranzo, N.: Genetic Drivers of Epigenetic and Transcriptional Variation in Human Immune Cells. Cell
167 (5), e24, pp. 1398 - 1414 (2016)
Perdomo-Sabogal, A.; Nowick, K.; Piccini, I.; Sudbrak, R.; Lehrach, H.; Yaspo, M. L.; Warnatz, H. J.; Querfurth, R.: Human Lineage-Specific Transcriptional Regulation through GA-Binding Protein Transcription Factor Alpha (GABPa). Molecular Biology and Evolution
33 (5), pp. 1231 - 1244 (2016)
2015
Kärst, S.; Arends, D.; Heise, S.; Trost, J.; Yaspo-Lehrach, M.-L.; Amstislavskiy, V.; Risch, T.; Lehrach, H.; Brockmann, G.: Erratum. BMC Genomics
16, p. 1018 - 1018 (2015)
Fischer, U.; Forster, M.; Rinaldi, A.; Risch, T.; Sungalee, S.; Warnatz, H. J.; Bornhauser, B.; Gombert, M.; Kratsch, C.; Stutz, A. M. et al.; Sultan, M.; Tchinda, J.; Worth, C. L.; Amstislavskiy, V.; Badarinarayan, N.; Baruchel, A.; Bartram, T.; Basso, G.; Canpolat, C.; Cario, G.; Cave, H.; Dakaj, D.; Delorenzi, M.; Dobay, M. P.; Eckert, C.; Ellinghaus, E.; Eugster, S.; Frismantas, V.; Ginzel, S.; Haas, O. A.; Heidenreich, O.; Hemmrich-Stanisak, G.; Hezaveh, K.; Holl, J. I.; Hornhardt, S.; Husemann, P.; Kachroo, P.; Kratz, C. P.; Kronnie, G. T.; Marovca, B.; Niggli, F.; McHardy, A. C.; Moorman, A. V.; Panzer-Grumayer, R.; Petersen, B. S.; Raeder, B.; Ralser, M.; Rosenstiel, P.; Schäfer, D.; Schrappe, M.; Schreiber, S.; Schutte, M.; Stade, B.; Thiele, R.; Weid, N.; Vora, A.; Zaliova, M.; Zhang, L.; Zichner, T.; Zimmermann, M.; Lehrach, H.; Borkhardt, A.; Bourquin, J. P.; Franke, A.; Korbel, J. O.; Stanulla, M.; Yaspo, M. L.: Genomics and drug profiling of fatal TCF3-HLF-positive acute lymphoblastic leukemia identifies recurrent mutation patterns and therapeutic options. Nature Genetics
47 (9), pp. 1020 - 1029 (2015)
Pajtler, K. W.; Witt, H.; Sill, M.; Jones, D. T.; Hovestadt, V.; Kratochwil, F.; Wani, K.; Tatevossian, R.; Punchihewa, C.; Johann, P. et al.; Reimand, J.; Warnatz, H.-J.; Ryzhova, M.; Mack, S.; Ramaswamy, V.; Capper, D.; Schweizer, L.; Sieber, L.; Wittmann, A.; Huang, Z.; van Sluis, P.; Volckmann, R.; Koster, J.; Versteeg, R.; Fults, D.; Toledano, H.; Avigad, S.; Hoffman, L. M.; Donson, A. M.; Foreman, N.; Hewer, E.; Zitterbart, K.; Gilbert, M.; Armstrong, T. S.; Gupta, N.; Allen, J. C.; Karajannis, M. A.; Zagzag, D.; Hasselblatt, M.; Kulozik, A. E.; Witt, O.; Collins, V. P.; von Hoff, K.; Rutkowski, S.; Pietsch, T.; Bader, G.; Yaspo, M. L.; von Deimling, A.; Lichter, P.; Taylor, M. D.; Gilbertson, R.; Ellison, D. W.; Aldape, K.; Korshunov, A.; Kool, M.; Pfister, S. M.: Molecular Classification of Ependymal Tumors across All CNS Compartments, Histopathological Grades, and Age Groups. Cancer Cell
27 (5), pp. 728 - 743 (2015)
Redmer, T.; Welte, Y.; Behrens, D.; Fichtner, I.; Przybilla, D.; Wruck, W.; Yaspo, M. L.; Lehrach, H.; Schäfer, R.; Regenbrecht, C. R.: The nerve growth factor receptor CD271 is crucial to maintain tumorigenicity and stem-like properties of melanoma cells. PLoS One
9 (5), e92596 (2015)
Laurent, A.; Calabrese, M.; Warnatz, H. J.; Yaspo, M. L.; Tkachuk, V.; Torres, M.; Blasi, F.; Penkov, D.: ChIP-Seq and RNA-Seq analyses identify components of the Wnt and Fgf signaling pathways as Prep1 target genes in mouse embryonic stem cells. PLoS One
10 (4), e0122518 (2015)
Laurent, A.; Calabrese, M.; Warnatz, H. J.; Yaspo-Lehrach, M.-L.; Tkachuk, V.; Torres, M.; Blasi, F.; Penkov, D.: ChIP-Seq and RNA-Seq Analyses Identify Components of the Wnt and Fgf Signaling Pathways as Prep1 Target Genes in Mouse Embryonic Stem Cells. PLoS One (2015)
Gu, L.; Frommel, S. C.; Oakes, C. C.; Simon, R.; Grupp, K.; Gerig, C. Y.; Bar, D.; Robinson, M. D.; Baer, C.; Weiss, M. et al.; Gu, Z.; Schapira, M.; Kuner, R.; Sultmann, H.; Provenzano, M.; Cancer, I. P. o. E. O. P.; Yaspo, M. L.; Brors, B.; Korbel, J.; Schlomm, T.; Sauter, G.; Eils, R.; Plass, C.; Santoro, R.: BAZ2A (TIP5) is involved in epigenetic alterations in prostate cancer and its overexpression predicts disease recurrence. Nature Genetics
47 (1), pp. 22 - 30 (2015)
Kärst, S.; Arends, D.; Heise, S.; Trost, J.; Yaspo, M. L.; Amstislavskiy, V.; Risch, T.; Lehrach, H.; Brockmann, G. A.: Erratum to: 'The direction of cross affects obesity after puberty in male but not female offspring'. BMC Genomics
16 (1), 16:1018 (2015)
2014
Pandey, V.; Sultan, M.; Kashofer, K.; Ralser, M.; Amstislavskiy, V.; Starmann, J.; Osprian, I.; Grimm, C.; Hache, H.; Yaspo, M. L. et al.; Sultmann, H.; Trauner, M.; Denk, H.; Zatloukal, K.; Lehrach, H.; Wierling, C.: Comparative analysis and modeling of the severity of steatohepatitis in DDC-treated mouse strains. PLoS One
9 (10), e111006 (2014)
Henderson, D.; Ogilvie, L. A.; Hoyle, N.; Keilholz, U.; Lange, B.; Lehrach, H.; OncoTrack, C.; Yaspo, M. L.: Personalized medicine approaches for colon cancer driven by genomics and systems biology: OncoTrack. Biotechnology Journal
9 (9), pp. 1104 - 1114 (2014)
Sultan, M.; Amstislavskiy, V.; Risch, T.; Schütte, M.; Dökel, S.; Ralser, M.; Balzereit, D.; Lehrach, H.; Yaspo, M. L.: Influence of RNA extraction methods and library selection schemes on RNA-seq data. BMC Genomics
15, 15:675 (2014)
Northcott, P. A.; Lee, C.; Zichner, T.; Stütz, A. M.; Erkek, S.; Kawauchi, D.; Shih, D. J.; Hovestadt, V.; Zapatka, M.; Sturm, D. et al.; Jones, D. T.; Kool, M.; Remke, M.; Cavalli, F. M.; Zuyderduyn, S.; Bader, G. D.; VandenBerg, S.; Esparza, L. A.; Ryzhova, M.; Wang, W.; Wittmann, A.; Stark, S.; Sieber, L.; Seker-Cin, H.; Linke, L.; Kratochwil, F.; Jager, N.; Buchhalter, I.; Imbusch, C. D.; Zipprich, G.; Raeder, B.; Schmidt, S.; Diessl, N.; Wolf, S.; Wiemann, S.; Brors, B.; Lawerenz, C.; Eils, J.; Warnatz, H.-J.; Risch, T.; Yaspo, M. L.; Weber, U. D.; Bartholomae, C. C.; von Kalle, C.; Turanyi, E.; Hauser, P.; Sanden, E.; Darabi, A.; Siesjo, P.; Sterba, J.; Zitterbart, K.; Sumerauer, D.; van Sluis, P.; Versteeg, R.; Volckmann, R.; Koster, J.; Schuhmann, M. U.; Ebinger, M.; Grimes, H. L.; Robinson, G. W.; Gajjar, A.; Mynarek, M.; von Hoff, K.; Rutkowski, S.; Pietsch, T.; Scheurlen, W.; Felsberg, J.; Reifenberger, G.; Kulozik, A. E.; von Deimling, A.; Witt, O.; Eils, R.; Gilbertson, R. J.; Korshunov, A.; Taylor, M. D.; Lichter, P.; Korbel, J. O.; Wechsler-Reya, R. J.; Pfister, S. M.: Enhancer hijacking activates GFI1 family oncogenes in medulloblastoma. Nature
511 (7510), pp. 428 - 434 (2014)
Colonna, V.; Ayub, Q.; Chen, Y.; Pagani, L.; Luisi, P.; Pybus, M.; Garrison, E.; Xue, Y.; Tyler-Smith, C.; 1000 Genomes Project, C. et al.; Sudbrak, R.; Albrecht, M.; Amstislavskiy, V.; Borodina, T. A.; Dahl, A.; Davydov, A.; Herwig, R.; Marquardt, P.; Mertes, F.; Nietfeld, W.; Parkhomchuk, D.; Soldatov, A. V.; Timmermann, B.; Tolzmann, M.; Lehrach, H.; Yaspo, M. L.: Human genomic regions with exceptionally high levels of population differentiation identified from 911 whole-genome sequences. Genome Biology: Biology for the Post-Genomic Era
15 (6), R88 (2014)
Hovestadt, V.; Jones, D. T.; Picelli, S.; Wang, W.; Kool, M.; Northcott, P. A.; Sultan, M.; Stachurski, K.; Ryzhova, M.; Warnatz, H.-J. et al.; Ralser, M.; Brun, S.; Bunt, J.; Jager, N.; Kleinheinz, K.; Erkek, S.; Weber, U. D.; Bartholomae, C. C.; von Kalle, C.; Lawerenz, C.; Eils, J.; Koster, J.; Versteeg, R.; Milde, T.; Witt, O.; Schmidt, S.; Wolf, S.; Pietsch, T.; Rutkowski, S.; Scheurlen, W.; Taylor, M. D.; Brors, B.; Felsberg, J.; Reifenberger, G.; Borkhardt, A.; Lehrach, H.; Wechsler-Reya, R. J.; Eils, R.; Yaspo, M. L.; Landgraf, P.; Korshunov, A.; Zapatka, M.; Radlwimmer, B.; Pfister, S. M.; Lichter, P.: Decoding the regulatory landscape of medulloblastoma using DNA methylation sequencing. Nature
510 (7506), pp. 537 - 541 (2014)
Delaneau, O.; Marchini, J.; 1000 Genomes Project, C.; Lehrach, H.; Sudbrak, R.; Amstislavskiy, V. S.; Lienhard, M.; Mertes, F.; Sultan, M.; Timmermann, B. et al.; Yaspo, M. L.; Herwig, R.: Integrating sequence and array data to create an improved 1000 Genomes Project haplotype reference panel. Nature Communications
5, 5:3934 (2014)
Rashi-Elkeles, S.; Warnatz, H. J.; Elkon, R.; Kupershtein, A.; Chobod, Y.; Paz, A.; Amstislavskiy, V.; Sultan, M.; Safer, H.; Nietfeld, W. et al.; Lehrach, H.; Shamir, R.; Yaspo, M. L.; Shiloh, Y.: Parallel profiling of the transcriptome, cistrome, and epigenome in the cellular response to ionizing radiation. Science Signaling
7 (325), rs3 (2014)
2013
Jones, D. T. W.; Hovestadt, V.; Picelli, S.; Wang, W.; Northcott, P. A.; Kool, M.; Reifenberger, G.; Pietsch, T.; Sultan, M.; Lehrach, H. et al.; Yaspo-Lehrach, M. L.; Borkhardt, A.; Landgraf, P.; Eils, R.; Korshunov, A.; Zapatka, M.; Radlwimmer, B.; Pfister, S. M.; Lichter, P.: The Medulloblastoma Methylome Reveals New Epigenetic Regulatory Mechanisms. In: Neuro-Oncology, Vol.
15, p. 144 - 144. 4th Quadrennial Meeting of the World Federation of Neuro-Oncology held in conjunction with the 18th Annual SNO Scientific Meeting and Eucation Day, San Francisco, November 21, 2013 - November 24, 2013. (2013)
Khurana, E.; Fu, Y.; Colonna, V.; Mu, X. J.; Kang, H. M.; Lappalainen, T.; Sboner, A.; Lochovsky, L.; Chen, J.; Harmanci, A. et al.; Das, J.; Abyzov, A.; Balasubramanian, S.; Beal, K.; Chakravarty, D.; Challis, D.; Chen, Y.; Clarke, D.; Clarke, L.; Cunningham, F.; Evani, U. S.; Flicek, P.; Fragoza, R.; Garrison, E.; Gibbs, R.; Gumus, Z. H.; Herrero, J.; Kitabayashi, N.; Kong, Y.; Lage, K.; Liluashvili, V.; Lipkin, S. M.; MacArthur, D. G.; Marth, G.; Muzny, D.; Pers, T. H.; Ritchie, G. R.; Rosenfeld, J. A.; Sisu, C.; Wei, X.; Wilson, M.; Xue, Y.; Yu, F.; 1000 Genomes Project, C.; Lehrach, H.; Sudbrak, R.; Albrecht, M. W.; Amstislavskiy, V.; Borodina, T. A.; Lienhard, M.; Mertes, F.; Sultan, M.; Timmermann, B.; Yaspo, M. L.; Dermitzakis, E. T.; Yu, H.; Rubin, M. A.; Tyler-Smith, C.; Gerstein, M.: Integrative annotation of variants from 1092 humans: application to cancer genomics. Science
342 (6154), p. 1235587 - 1235587 (2013)
Barann, M.; Esser, D.; Klostermeier, U. C.; Lappalainen, T.; Luzius, A.; Kuiper, J. W. P.; Ammerpohl, O.; Vater, I.; Siebert, R.; Amstislavskiy, V. et al.; Sudbrak, R.; Lehrach, H.; Schreiber, S.; Rosenstiel, P.: Janus-a comprehensive tool investigating the two faces of transcription. Bioinformatics
29 (13), pp. 1600 - 1606 (2013)
Jager, N.; Schlesner, M.; Jones, D. T.; Raffel, S.; Mallm, J. P.; Junge, K. M.; Weichenhan, D.; Bauer, T.; Ishaque, N.; Kool, M. et al.; Northcott, P. A.; Korshunov, A.; Drews, R. M.; Koster, J.; Versteeg, R.; Richter, J.; Hummel, M.; Mack, S. C.; Taylor, M. D.; Witt, H.; Swartman, B.; Schulte-Bockholt, D.; Sultan, M.; Yaspo, M. L.; Lehrach, H.; Hutter, B.; Brors, B.; Wolf, S.; Plass, C.; Siebert, R.; Trumpp, A.; Rippe, K.; Lehmann, I.; Lichter, P.; Pfister, S. M.; Eils, R.: Hypermutation of the inactive X chromosome is a frequent event in cancer. Cell
155 (3), pp. 567 - 81 (2013)
Jones, D. T.; Hutter, B.; Jager, N.; Korshunov, A.; Kool, M.; Warnatz, H. J.; Zichner, T.; Lambert, S. R.; Ryzhova, M.; Quang, D. A. et al.; Fontebasso, A. M.; Stutz, A. M.; Hutter, S.; Zuckermann, M.; Sturm, D.; Gronych, J.; Lasitschka, B.; Schmidt, S.; Seker-Cin, H.; Witt, H.; Sultan, M.; Ralser, M.; Northcott, P. A.; Hovestadt, V.; Bender, S.; Pfaff, E.; Stark, S.; Faury, D.; Schwartzentruber, J.; Majewski, J.; Weber, U. D.; Zapatka, M.; Raeder, B.; Schlesner, M.; Worth, C. L.; Bartholomae, C. C.; von Kalle, C.; Imbusch, C. D.; Radomski, S.; Lawerenz, C.; van Sluis, P.; Koster, J.; Volckmann, R.; Versteeg, R.; Lehrach, H.; Monoranu, C.; Winkler, B.; Unterberg, A.; Herold-Mende, C.; Milde, T.; Kulozik, A. E.; Ebinger, M.; Schuhmann, M. U.; Cho, Y. J.; Pomeroy, S. L.; von Deimling, A.; Witt, O.; Taylor, M. D.; Wolf, S.; Karajannis, M. A.; Eberhart, C. G.; Scheurlen, W.; Hasselblatt, M.; Ligon, K. L.; Kieran, M. W.; Korbel, J. O.; Yaspo, M. L.; Brors, B.; Felsberg, J.; Reifenberger, G.; Collins, V. P.; Jabado, N.; Eils, R.; Lichter, P.; Pfister, S. M.: Recurrent somatic alterations of FGFR1 and NTRK2 in pilocytic astrocytoma. Nature Genetics
45 (8), pp. 927 - 32 (2013)
Lappalainen, T.; Sammeth, M.; Friedlander, M. R.; 't Hoen, P. A. C.; Monlong, J.; Rivas, M. A.; Gonzalez-Porta, M.; Kurbatova, N.; Griebel, T.; Ferreira, P. G. et al.; Barann, M.; Wieland, T.; Greger, L.; van Iterson, M.; Almlof, J.; Ribeca, P.; Pulyakhina, I.; Esser, D.; Giger, T.; Tikhonov, A.; Sultan, M.; Bertier, G.; MacArthur, D. G.; Lek, M.; Lizano, E.; Buermans, H. P. J.; Padioleau, I.; Schwarzmayr, T.; Karlberg, O.; Ongen, H.; Kilpinen, H.; Beltran, S.; Gut, M.; Kahlem, K.; Amstislavskiy, V.; Stegle, O.; Pirinen, M.; Montgomery, S. B.; Donnelly, P.; McCarthy, M. I.; Flicek, P.; Strom, T. M.; Lehrach, H.; Schreiber, S.; Sudbrak, R.; Carracedo, A.; Antonarakis, S. E.; Haesler, R.; Syvaenen, A. C.; Van Ommen, G. J.; Brazma, A.; Meitinger, T.; Rosenstiel, P.; Guigo, R.; Gut, I. G.; Estivill, X.; Dermitzakis, E. T.; Consortium, G.: Transcriptome and genome sequencing uncovers functional variation in humans. Nature
501 (7468), pp. 506 - 511 (2013)
Penkov, D.; Mateos San Martin, D.; Fernandez-Diaz, L. C.; Rossello, C. A.; Torroja, C.; Sanchez-Cabo, F.; Warnatz, H.J.; Sultan, M.; Yaspo Lehrach, M. L.; Gabrieli, A. et al.; Tkachuk, V.; Brendolan, A.; Blasi, F.; Torres, M.: Analysis of the DNA-binding profile and function of TALE homeoproteins reveals their specialization and specific interactions with Hox genes/proteins. Cell Reports
3 (4), pp. 1321 - 33 (2013)
Weischenfeldt, J.; Simon, R.; Feuerbach, L.; Schlangen, K.; Weichenhan, D.; Minner, S.; Wuttig, D.; Warnatz, H. J.; Stehr, H.; Rausch, T. et al.; Jager, N.; Gu, L.; Bogatyrova, O.; Stutz, A. M.; Claus, R.; Eils, J.; Eils, R.; Gerhauser, C.; Huang, P. H.; Hutter, B.; Kabbe, R.; Lawerenz, C.; Radomski, S.; Bartholomae, C. C.; Falth, M.; Gade, S.; Schmidt, M.; Amschler, N.; Hass, T.; Galal, R.; Gjoni, J.; Kuner, R.; Baer, C.; Masser, S.; von Kalle, C.; Zichner, T.; Benes, V.; Raeder, B.; Mader, M.; Amstislavskiy, V.; Avci, M.; Lehrach, H.; Parkhomchuk, D.; Sultan, M.; Burkhardt, L.; Graefen, M.; Huland, H.; Kluth, M.; Krohn, A.; Sirma, H.; Stumm, L.; Steurer, S.; Grupp, K.; Sultmann, H.; Sauter, G.; Plass, C.; Brors, B.; Yaspo Lehrach, M. L.; Korbel, J. O.; Schlomm, T.: Integrative genomic analyses reveal an androgen-driven somatic alteration landscape in early-onset prostate cancer. Cancer Cell
23 (2), pp. 159 - 70 (2013)
2012
Abecasis, G. R.; Auton, A.; Brooks, L. D.; DePristo, M. A.; Durbin, R. M.; Handsaker, R. E.; Kang, H. M.; Marth, G. T.; McVean, G. A.; The 1000 Genomes Project Consortium et al.; Sudbrak, R.; Albrecht, M.; Amstislavskiy, V.; Borodina, T. A.; Davydov, A.; Herwig, R.; Lienhard, M.; Mertes, F.; Sultan, M.; Timmermann, B.; Yaspo, M. L.; Lehrach, H.: An integrated map of genetic variation from 1,092 human genomes. Nature
491 (7422), pp. 56 - 65 (2012)
Sultan, M.; Dokel, S.; Amstislavskiy, V.; Wuttig, D.; Sultmann, H.; Lehrach, H.; Yaspo, M. L.: A simple strand-specific RNA-Seq library preparation protocol combining the Illumina TruSeq RNA and the dUTP methods. Biochemical and Biophysical Research Communications
422 (4), pp. 643 - 646 (2012)
The 1000 Genomes Project Consortium; Sudbrak, R.; Albrecht, M.; Amstislavskiy, V.; Borodina, T. A.; Dahl, A.; Davydov, A.; Herwig, R.; Marquardt, P.; Mertes, F. et al.; Nietfeld, W.; Parkhomchuk, D.; Soldatov, A.; Timmermann, B.; Tolzmann, M.; Lehrach, H.: The 1000 Genomes Project: data management and community access. Nature methods
9 (5), pp. 459 - 462 (2012)
Jones, D. T.; Kool, M.; Jäger, N.; Zichner, T.; Hutter, B.; Sultan, M.; Cho, Y. J.; Pugh, T. J.; Hovestadt, V.; Stütz, A. M. et al.; Rausch, T.; Warnatz, H. J.; Ryzhova, M.; Bender, S.; Sturm, D.; Pleier, S.; Cin, H.; Pfaff, E.; Sieber, L.; Wittmann, A.; Remke, M.; Witt, H.; Hutter, S.; Tzaridis, T.; Weischenfeldt, J.; Raeder, B.; Avci, M.; Amstislavskiy, V.; Zapatka, M.; Weber, U. D.; Wang, Q.; Lasitschka, B.; Bartholomae, C. C.; Schmidt, M.; von Kalle, C.; Ast, V.; Lawerenz, C.; Eils, J.; Kabbe, R.; Benes, V.; van Sluis, P.; Koster, J.; Volckmann, R.; Shih, D.; Betts, M. J.; Russell, R. B.; Coco, S.; Tonini, G. P.; Schuller, U.; Hans, V.; Graf, N.; Kim, Y. J.; Monoranu, C.; Roggendorf, W.; Unterberg, A.; Herold-Mende, C.; Milde, T.; Kulozik, A. E.; von Deimling, A.; Witt, O.; Maass, E.; Rossler, J.; Ebinger, M.; Schuhmann, M. U.; Fruhwald, M. C.; Hasselblatt, M.; Jabado, N.; Rutkowski, S.; von Bueren; Williamson, D.; Clifford, S. C.; McCabe, M. G.; Collins, V. P.; Wolf, S.; Wiemann, S.; Lehrach, H.; Brors, B.; Scheurlen, W.; Felsberg, J.; Reifenberger, G.; Northcott, P. A.; Taylor, M. D.; Meyerson, M.; Pomeroy, S. L.; Yaspo, M. L.; Korbel, J. O.; Korshunov, A.; Eils, R.; Pfister, S. M.; Lichter, P.: Dissecting the genomic complexity underlying medulloblastoma. Nature
488 (7409), pp. 100 - 105 (2012)
Diez-Roux, G.; Banfi, S.; Sultan, M.; Geffers, L.; Anand, S.; Rozado, D.; Magen, A.; Canidio, E.; Pagani, M.; Peluso, I. et al.; Lin-Marq, N.; Koch, M.; Bilio, M.; Cantiello, I.; Verde, R.; De Masi, C.; Bianchi, S. A.; Cicchini, J.; Perroud, E.; Mehmeti, S.; Dagand, E.; Schrinner, S.; Nurnberger, A.; Schmidt, K.; Metz, K.; Zwingmann, C.; Brieske, N.; Springer, C.; Hernandez, A. M.; Herzog, S.; Grabbe, F.; Sieverding, C.; Fischer, B.; Schrader, K.; Brockmeyer, M.; Dettmer, S.; Helbig, C.; Alunni, V.; Battaini, M. A.; Mura, C.; Henrichsen, C. N.; Garcia-Lopez, R.; Echevarria, D.; Puelles, E.; Garcia-Calero, E.; Kruse, S.; Uhr, M.; Kauck, C.; Feng, G.; Milyaev, N.; Ong, C. K.; Kumar, L.; Lam, M.; Semple, C. A.; Gyenesei, A.; Mundlos, S.; Radelof, U.; Lehrach, H.; Sarmientos, P.; Reymond, A.; Davidson, D. R.; Dolle, P.; Antonarakis, S. E.; Yaspo, M. L.; Martinez, S.; Baldock, R. A.; Eichele, G.; Ballabio, A.: A high-resolution anatomical atlas of the transcriptome in the mouse embryo. PLoS Biol
9 (1), p. e1000582 (2011)
Diez-Roux, G.; Banfi, S.; Sultan, M.; Geffers, L.; Anand, S.; Rozado, D.; Magen, A.; Canidio, E.; Pagani, M.; Peluso, I. et al.; Lin-Marq, N.; Koch, M.; Bilio, M.; Cantiello, I.; Verde, R.; De Masi, C.; Bianchi, S. A.; Cicchini, J.; Perroud, E.; Mehmeti, S.; Dagand, E.; Schrinner, S.; Nurnberger, A.; Schmidt, K.; Metz, K.; Zwingmann, C.; Brieske, N.; Springer, C.; Hernandez, A. M.; Herzog, S.; Grabbe, F.; Sieverding, C.; Fischer, B.; Schrader, K.; Brockmeyer, M.; Dettmer, S.; Helbig, C.; Alunni, V.; Battaini, M. A.; Mura, C.; Henrichsen, C. N.; Garcia-Lopez, R.; Echevarria, D.; Puelles, E.; Garcia-Calero, E.; Kruse, S.; Uhr, M.; Kauck, C.; Feng, G.; Milyaev, N.; Ong, C. K.; Kumar, L.; Lam, M.; Semple, C. A.; Gyenesei, A.; Mundlos, S.; Radelof, U.; Lehrach, H.; Sarmientos, P.; Reymond, A.; Davidson, D. R.; Dolle, P.; Antonarakis, S. E.; Yaspo, M. L.; Martinez, S.; Baldock, R. A.; Eichele, G.; Ballabio, A.: A high-resolution anatomical atlas of the transcriptome in the mouse embryo. PLoS Biology
9 (1), p. e1000582 (2011)
Linser, M.: Biotin-basiertes de-enrichment von low-copy Vektorsequenzen in humanen genomischen Fosmidbanken für die Next Generation Sequenzierung. Bachelor, Humboldt Universität, Berlin (2011)
Stanke, F.; Becker, T.; Kumar, V.; Hedtfeld, S.; Becker, C.; Cuppens, H.; Tamm, S.; Yarden, J.; Laabs, U.; Siebert, B. et al.; Fernandez, L.; Macek, M.; Radojkovic, D.; Ballmann, M.; Greipel, J.; Cassiman, J. J.; Wienker, T. F.; Tummler, B.: Genes that determine immunology and inflammation modify the basic defect of impaired ion conductance in cystic fibrosis epithelia. J Med Genet
48 (1), pp. 24 - 31 (2011)
Warnatz, H. J.; Schmidt, D.; Manke, T.; Piccini, I.; Sultan, M.; Borodina, T.; Balzereit, D.; Wruck, W.; Soldatov, A.; Vingron, M. et al.; Lehrach, H.; Yaspo, M. L.: The BTB and CNC homology 1 (BACH1) target genes are involved in the oxidative stress response and in control of the cell cycle. The Journal of Biological Chemistry
286 (26), pp. 23521 - 32 (2011)
2010
Warnatz, H. J.; Querfurth, R.; Guerasimova, A.; Cheng, X.; Haas, S. A.; Hufton, A. L.; Manke, T.; Vanhecke, D.; Nietfeld, W.; Vingron, M. et al.; Janitz, M.; Lehrach, H.; Yaspo, M. L.: Functional analysis and identification of cis-regulatory elements of human chromosome 21 gene promoters. Nucleic Acids Research
38 (18), pp. 6112 - 6123 (2010)
Richard, H.; Schulz, M. H.; Sultan, M.; Nurnberger, A.; Schrinner, S.; Balzereit, D.; Dagand, E.; Rasche, A.; Lehrach, H.; Vingron, M. et al.; Haas, S. A.; Yaspo, M. L.: Prediction of alternative isoforms from exon expression levels in RNA-Seq experiments. Nucleic Acids Research
38 (10), p. e112 - e112 (2010)
Warren, W. C.; Clayton, D. F.; Ellegren, H.; Arnold, A. P.; Hillier, L. W.; Kunstner, A.; Searle, S.; White, S.; Vilella, A. J.; Fairley, S. et al.; Heger, A.; Kong, L.; Ponting, C. P.; Jarvis, E. D.; Mello, C. V.; Minx, P.; Lovell, P.; Velho, T. A.; Ferris, M.; Balakrishnan, C. N.; Sinha, S.; Blatti, C.; London, S. E.; Li, Y.; Lin, Y. C.; George, J.; Sweedler, J.; Southey, B.; Gunaratne, P.; Watson, M.; Nam, K.; Backstrom, N.; Smeds, L.; Nabholz, B.; Itoh, Y.; Whitney, O.; Pfenning, A. R.; Howard, J.; Volker, M.; Skinner, B. M.; Griffin, D. K.; Ye, L.; McLaren, W. M.; Flicek, P.; Quesada, V.; Velasco, G.; Lopez-Otin, C.; Puente, X. S.; Olender, T.; Lancet, D.; Smit, A. F.; Hubley, R.; Konkel, M. K.; Walker, J. A.; Batzer, M. A.; Gu, W.; Pollock, D. D.; Chen, L.; Cheng, Z.; Eichler, E. E.; Stapley, J.; Slate, J.; Ekblom, R.; Birkhead, T.; Burke, T.; Burt, D.; Scharff, C.; Adam, I.; Richard, H.; Sultan, M.; Soldatov, A.; Lehrach, H.; Edwards, S. V.; Yang, S. P.; Li, X.; Graves, T.; Fulton, L.; Nelson, J.; Chinwalla, A.; Hou, S.; Mardis, E. R.; Wilson, R. K.: The genome of a songbird. Nature
464 (7289), pp. 757 - 762 (2010)
Cheng, X.; Guerasimova, A.; Manke, T.; Rosenstiel, P.; Haas, S.; Warnatz, H. J.; Querfurth, R.; Nietfeld, W.; Vanhecke, D.; Lehrach, H. et al.; Yaspo, M. L.; Janitz, M.: Screening of human gene promoter activities using transfected-cell arrays. Gene
450 (1-2), pp. 48 - 54 (2010)
Warnatz, H.-J.: Systematic cloning and functional analysis of the proteins encoded on human chromosome 21. Dissertation, Freie Universität Berlin, Berlin (2009)
2008
Sultan, M.; Schulz, M. H.; Hugues, R.; Magen, A.; Klingenhoff, A.; Scherf, M.; Seifert, M.; Borodina, T.; Soldatov, A.; i Parkhomchuk, D. et al.; Schmidt, D.; O'Keeffe, S.; Haas, S.; Vingron, M.; Lehrach, H.; Yaspo, M.-L.: A Global View of Gene Activity and Alternative Splicing by Deep Sequencing of the Human Transcriptome. Science
321 (5891), pp. 956 - 960 (2008)
Fiebitz, A.; Nyarsik, L.; Haendler, B.; Hu, Y.-H.; Wagner, F.; Thamm, S.; Lehrach, H.; Janitz, M.; Vanhecke, D.: High-throughput mammalian two-hybrid screening for protein-protein interactions using transfected cell arrays. BMC Genomics
9, p. 68 - 68 (2008)
2007
Dahl, A.; Sultan, M.; Jung, A.; Schwartz, R.; Lange, M.; Steinwand, M.; Livak, K. J.; Lehrach, H.; Nyarsik, L.: Quantitative PCR based expression analysis on a nanoliter scale using polymer nano-well chips. Biomedical Microdevices
9 (3), pp. 307 - 314 (2007)
Sultan, M.: Taking a functional genomic approach to the study of down syndrome pathogenesos. Dissertation, Freie Universität, Berlin (2007)
Hu, Y.-H.; Warnatz, H.-J.; Vanhecke, D.; Wagner, F.; Fiebitz, A.; Thamm, S.; Kahlem, P.; Lehrach, H.; Yaspo, M.-L.; Janitz, M.: Cell array-based intracellular localization screening reveals novel functional features of human chromosome 21 proteins. BMC Genomics
7, p. 155 - 155 (2006)
2005
Adjaye, J.; Huntriss, J.; Herwig, R.; BenKahla, A.; Brink, T. C.; Wierling, C.; Hultschig, C.; Groth, D.; Yaspo, M.-L.; Picton, H. M. et al.; Gosden, R. G.; Lehrach, H.: Primary differentiation in the human blastocyst: comparative molecular portraits of inner cell mass and trophectoderm cells. Stem Cells
23 (10), pp. 1514 - 1525 (2005)
2004
Kittler, R.; Putz, G.; Pelletier, L.; Poser, I.; Heninger, A.-K.; Drechsel, D.; Fischer, S.; Konstantinova, I.; Habermann, B.; Grabner, H. et al.; Yaspo, M.-L.; Himmelbauer, H.; Korn, B.; Neugebauer, K.; Pisabarro, M. T.; Buchholz, F.: An endoribonuclease-prepared siRNA screen in human cells identifies genes essential for cell division. Nature
432 (7020), pp. 1036 - 1040 (2004)
Bauer, O.; Guerasimova, A.; Sauer, S.; Thamm, S.; Steinfath, M.; Herwig, R.; Janitz, M.; Lehrach, H.; Radelof, U.: Multiplexed hybridizations of positively charge-tagged peptide nucleic acids detected by matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry. Rapid Communications in Mass Spectrometry
18 (16), pp. 1821 - 1829 (2004)
Kahlem, P.; Sultan, M.; Herwig, R.; Steinfath, M.; Balzereit, D.; Eppens, B.; Saran, N. G.; Pletcher, M. T.; South, S. T.; Stetten, G. et al.; Lehrach, H.; Reeves, R. H.; Yaspo, M.-L.: Transcript level alterations reflect gene dosage effects across multiple tissues in a mouse model of Down Syndrome. Genome Research
14 (7), pp. 1258 - 1267 (2004)
Winter, J.; Lehmann, T.; Krauß, S.; Trockenbacher, A.; Kijas, Z.; Foerster, J.; Suckow, V.; Yaspo, M.-L.; Kulozik, A.; Kalscheuer, V. M. et al.; Schneider, R.; Schweiger, S.: Regulation of the MID1 protein function is fine-tuned by a complex pattern of alternative splicing. Human Genetics
114 (6), pp. 541 - 552 (2004)
Winter, J.; Lehmann, T.; Krauß, S.; Trockenbacher, A.; Kijas, Z.; Foerster, J.; Suckow, V.; Yaspo, M.-L.; Kulozik, A.; Kalscheuer, V. M. et al.; Schneider, R.; Schweiger, S.: Regulation of the MID1 protein function is fine-tuned by a complex pattern of alternative splicing. Human Genetics
114 (6), pp. 541 - 552 (2004)
2003
Poustka, A. J.; Groth, D.; Hennig, S.; Thamm, S.; Cameron, A.; Beck, A.; Reinhardt, R.; Herwig, R.; Panopoulou, G.; Lehrach, H.: Generation, annotation, evolutionary analysis, and database integration of 20,000 unique sea urchin EST clusters. Genome Research
13 (12), pp. 2736 - 2746 (2003)
Cheon, M. S.; Kim, S. H.; Yaspo, M.-L.; Blasi, F.; Aoki, Y.; Melen, K.; Lubec, G.: Protein levels of genes encoded on chromosome 21 in fetal Down syndrome brain: Challenging the gene dosage effect hypothesis (Part I). Amino Acids
24 (1-2), pp. 111 - 117 (2003)
2002
Gitton, Y.; Dahmane, N.; Baik, S.; i Altaba, A. R.; Neidhardt, L.; Scholze, M.; Herrmann, B. G.; Kahlem, P.; Benkhala, A.; Schrinner, S. et al.; Yildirimman, R.; Herwig, R.; Lehrach, H.; Yaspo, M.-L.: A gene expression map of human chromosome 21 orthologues in the mouse. Nature
420 (6917), pp. 586 - 590 (2002)
Fujiyama, A.; Watanabe, H.; Toyoda, A.; Taylor, T. D.; Itoh, T.; Tsai, S.-F.; Park, H.-S.; Yaspo, M.-L.; Lehrach, H.; Chen, Z. et al.; Fu, G.; Saitou, N.; Osoegawa, K.; de Jong, P. J.; Suto, Y.; Hattori, M.; Sakaki, Y.: Construction and Analysis of a Human-Chimpanzee Comparative Clone Map. Science
295 (5552), pp. 131 - 134 (2002)