Zeitplan

Bitte die Slides vor der Vorlesung ausdrucken um dort Notizen machen zu können!

17.10.2016	Vorlesung (Martin Vingron): Einführung, Komplexität von Algorithmen, Phylogenie, Bäume Wichtig: Pairwise Sequence Alignment und Multiple Alignment vorher wiederholen!	Wiederholung AlDaBi
18.10.2016	Einführung in Python (Thomas Krannich)
19.10.2016	Vorlesung (Martin Vingron): Phylogenie, Maximum-Parsimonie, Branch&bound, Markovketten	Slides
24.10.2016	Vorlesung (Martin Vingron) : Phylogenie, Metriken, Clustering, Maximum-Likelihood;	Ausgabe 2.Übungsblatt
25.10.2016	Beginn der Übungen
26.10.2016	Vorlesung (Martin Vingron): Phylogenie, Maximum-Likelihood Schä tzung
31.10.2016	Multiples Alignment: Wiederholung aus AlDaBi und Erweiterung,	Slides Multiples Alignemnt Material1:mitoDNA Material2NEU:test88NEW
02.11.2016	Hidden Markov Models: Einführung	Slides HMM
07.11.2016	Hidden Markov Models; Profile HMMs; PhyloHMM	Material1:guidetree1 Material2:guidetree2 Material3:randomDNA Material4:Multiples Alignment Material5:casino
09.11.2016	Alignment Statistik	The Statistics of Sequence Similarity Scores
14.11.2016	Promotoren und Gen-Regulation	Slides Motifs und Gibbs Sampling Videos Sequence Logo bei Wikipedia Material1:dist_100.txt Material2: dist_5000.txt Material3:outtree
16.11.2016	Splicing, Genstruktur; Genidentifikation	Slides, Staden & McLachlan (NAR 1982), Krogh, A: Gene finding
21.11.2016	Sequenzierung; Read mapping	Material1 Material2 Material3
23.11.2016	Sequenzierung; Genome Assembly	Slides Genome Assembly Sequencing Burrows Wheeler Transformation
28.11.2016	Sequenzierung; Physikalische Kartierung; Lander-Waterman-Formel
30.11.2016	RNA Struktur Einfuehrung; Nussinov Algorithmus	Slides RNA Faltung Eddy 2004
05.12.2016	Zuker Algorithmus; Mutual Information	Slides RNA Faltung 2
07.12.2016	microRNA Bioinformatik	Slides MicroRNA miRanda
12.12.2016	1. Zwischenklausur	Material1
14.12.2016	Genexpression, Quantile Normalisierung	Slides Genexpression Quantile normalisation Material1 Material2 Material3
04.01.2017	Genexpression, t-Test, RNA-seq	Slides Differentielle Genexpression
09.01.2017	Genexpression, PCA, Clustering	Material1 Slides PCA
11.01.2017	Functional enrichment, GO, chi-square test	Slides Fisher-chi-square
16.01.2017	Computational proteomics I	Material 1 Material 2 Slides Proteomics Intro
18.01.2017	Computational proteomics II	Slides Proteomics Quantification Peptide Identification
23.01.2017	2. Zwischenklausur	Material 1
25.01.2017	Proteinstrukturen: Einführung	Slides Proteinstrukturen
30.01.2017	Proteinstrukturen: Faltung, Vergleich und Vorhersage	Material 1 Material 2
01.02.2017	Proteinfaltung
06.02.2017	Protein-DNA Interaktionen, ChIP-seq Datenanalyse	Slides ChIP-seq
08.02.2017	SNP Calling (Stefan Haas)	x
13.02.2017	Questions & Answers	x
15.02.2017	Hauptklausur	x
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