Zeitplan

Bitte die Slides vor der Vorlesung ausdrucken um dort Notizen machen zu können!

17.10.2016

Vorlesung (Martin Vingron): Einführung, Komplexität von Algorithmen, Phylogenie, Bäume

Wichtig: Pairwise Sequence Alignment und Multiple Alignment vorher wiederholen!

Wiederholung AlDaBi

18.10.2016

Einführung in Python (Thomas Krannich)

19.10.2016

Vorlesung (Martin Vingron): Phylogenie, Maximum-Parsimonie, Branch&bound, Markovketten

Slides
24.10.2016

Vorlesung (Martin Vingron) : Phylogenie, Metriken, Clustering, Maximum-Likelihood;

Ausgabe 2.Übungsblatt
25.10.2016

Beginn der Übungen

26.10.2016

Vorlesung (Martin Vingron): Phylogenie, Maximum-Likelihood Schä tzung

31.10.2016

Multiples Alignment: Wiederholung aus AlDaBi und Erweiterung,

Slides Multiples Alignemnt

Material1:mitoDNA Material2NEU:test88NEW

02.11.2016 Hidden Markov Models: Einführung Slides HMM
07.11.2016 Hidden Markov Models; Profile HMMs; PhyloHMM

Material1:guidetree1 Material2:guidetree2

Material3:randomDNA Material4:Multiples Alignment

Material5:casino

09.11.2016 Alignment Statistik The Statistics of Sequence Similarity Scores
14.11.2016 Promotoren und Gen-Regulation

Slides Motifs und Gibbs Sampling Videos Sequence Logo bei Wikipedia

Material1:dist_100.txt Material2: dist_5000.txt Material3:outtree

16.11.2016 Splicing, Genstruktur; Genidentifikation

Slides, Staden & McLachlan (NAR 1982), Krogh, A: Gene finding

21.11.2016 Sequenzierung; Read mapping

Material1 Material2 Material3

23.11.2016 Sequenzierung; Genome Assembly Slides Genome Assembly Sequencing Burrows Wheeler Transformation

28.11.2016

Sequenzierung; Physikalische Kartierung; Lander-Waterman-Formel

30.11.2016

RNA Struktur Einfuehrung; Nussinov Algorithmus

Slides RNA Faltung Eddy 2004

05.12.2016

Zuker Algorithmus; Mutual Information

Slides RNA Faltung 2

07.12.2016

microRNA Bioinformatik

Slides MicroRNA miRanda

12.12.2016

 1. Zwischenklausur

 Material1

14.12.2016

Genexpression, Quantile Normalisierung

Slides Genexpression Quantile normalisation

 Material1 Material2 Material3

04.01.2017

Genexpression, t-Test, RNA-seq

Slides Differentielle Genexpression

09.01.2017

Genexpression, PCA, Clustering

 Material1 Slides PCA

11.01.2017

Functional enrichment, GO, chi-square test

Slides Fisher-chi-square

16.01.2017

Computational proteomics I

 Material 1 Material 2

Slides Proteomics Intro

18.01.2017

Computational proteomics II

Slides Proteomics Quantification Peptide Identification

23.01.2017

2. Zwischenklausur

 Material 1 

25.01.2017

Proteinstrukturen: Einführung

Slides Proteinstrukturen

30.01.2017

Proteinstrukturen: Faltung, Vergleich und Vorhersage

Material 1 Material 2

01.02.2017

Proteinfaltung

06.02.2017

Protein-DNA Interaktionen, ChIP-seq Datenanalyse

Slides ChIP-seq 

08.02.2017

SNP Calling (Stefan Haas)

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13.02.2017

Questions & Answers

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15.02.2017

Hauptklausur

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