Publikationen von Marc Sultan

The 1000 Genome Project Consortium, Hans Lehrach, Vyacheslav Amstislavskiy, Matthias Lienhard, Florian Mertes, Marc Sultan, Bernd Timmermann, Marie-Laure Yaspo, and Ralf Herwig, "A global reference for human genetic variation," Nature 526 (7571), 68-74 (2015).

V. Pandey, M. Sultan, K. Kashofer, M. Ralser, V. Amstislavskiy, J. Starmann, I. Osprian, C. Grimm, H. Hache, M. L. Yaspo, H. Sultmann, M. Trauner, H. Denk, K. Zatloukal, H. Lehrach, and C. Wierling, "Comparative analysis and modeling of the severity of steatohepatitis in DDC-treated mouse strains," PLoS One 9 (10), e111006 (2014).

Marc Sultan, Vyacheslav Amstislavskiy, Thomas Risch, Moritz Schütte, Simon Dökel, Meryem Ralser, Daniela Balzereit, Hans Lehrach, and Marie Laure Yaspo, "Influence of RNA extraction methods and library selection schemes on RNA-seq data," BMC Genomics 15, 15:675 (2014).

V. Hovestadt, D. T. Jones, S. Picelli, W. Wang, M. Kool, P. A. Northcott, M. Sultan, K. Stachurski, M. Ryzhova, H.-J. Warnatz, M. Ralser, S. Brun, J. Bunt, N. Jager, K. Kleinheinz, S. Erkek, U. D. Weber, C. C. Bartholomae, C. von Kalle, C. Lawerenz, J. Eils, J. Koster, R. Versteeg, T. Milde, O. Witt, S. Schmidt, S. Wolf, T. Pietsch, S. Rutkowski, W. Scheurlen, M. D. Taylor, B. Brors, J. Felsberg, G. Reifenberger, A. Borkhardt, H. Lehrach, R. J. Wechsler-Reya, R. Eils, M. L. Yaspo, P. Landgraf, A. Korshunov, M. Zapatka, B. Radlwimmer, S. M. Pfister, and P. Lichter, "Decoding the regulatory landscape of medulloblastoma using DNA methylation sequencing," Nature 510 (7506), 537-541 (2014).

V Hovestadt , D Jones , S Picelli , W Wang , M Kool , P A Northcott , Marc Sultan, K Stachurski , M Ryzhova , Hans Joerg Warnatz, Markus Ralser, S Brun , J Bunt , N Jäger , K Kleinheinz , S Erkek , U D Weber , C C Bartholomae, C von Kalle , C Lawerenz , J Eils , J Koster , R Versteeg , T Milde , O Witt , S Schmidt , S Wolf , T Pietsch , S Rutkowski, W Scheurlen , M B Taylor , B Brors , J Felsberg , G Reifenberger , A Borkhardt , H. Lehrach, R Wechsler-Reya , R Eils , Marie-Laure Yaspo, P Landgraf , A Korshunov , M Zapatka , B Radlwimmer , S M Pfister , and P Lichter , "Decoding the regulatory landscape of medulloblastoma using DNA methylation sequencing," Nature 26 (510), 537-541 (2014).

S. Rashi-Elkeles, H. J. Warnatz, R. Elkon, A. Kupershtein, Y. Chobod, A. Paz, V. Amstislavskiy, M. Sultan, H. Safer, W. Nietfeld, H. Lehrach, R. Shamir, M. L. Yaspo, and Y. Shiloh, "Parallel profiling of the transcriptome, cistrome, and epigenome in the cellular response to ionizing radiation," Science Signaling 7 (325), rs3 (2014).

E. Khurana, Y. Fu, V. Colonna, X. J. Mu, H. M. Kang, T. Lappalainen, A. Sboner, L. Lochovsky, J. Chen, A. Harmanci, J. Das, A. Abyzov, S. Balasubramanian, K. Beal, D. Chakravarty, D. Challis, Y. Chen, D. Clarke, L. Clarke, F. Cunningham, U. S. Evani, P. Flicek, R. Fragoza, E. Garrison, R. Gibbs, Z. H. Gumus, J. Herrero, N. Kitabayashi, Y. Kong, K. Lage, V. Liluashvili, S. M. Lipkin, D. G. MacArthur, G. Marth, D. Muzny, T. H. Pers, G. R. Ritchie, J. A. Rosenfeld, C. Sisu, X. Wei, M. Wilson, Y. Xue, F. Yu, Consortium 1000 Genomes Project, H. Lehrach, R. Sudbrak, M. W. Albrecht, V. Amstislavskiy, T. A. Borodina, M. Lienhard, F. Mertes, M. Sultan, B. Timmermann, M. L. Yaspo, E. T. Dermitzakis, H. Yu, M. A. Rubin, C. Tyler-Smith, and M. Gerstein, "Integrative annotation of variants from 1092 humans: application to cancer genomics," Science 342 (6154), 1235587-1235587 (2013).

N. Jager, M. Schlesner, D. T. Jones, S. Raffel, J. P. Mallm, K. M. Junge, D. Weichenhan, T. Bauer, N. Ishaque, M. Kool, P. A. Northcott, A. Korshunov, R. M. Drews, J. Koster, R. Versteeg, J. Richter, M. Hummel, S. C. Mack, M. D. Taylor, H. Witt, B. Swartman, D. Schulte-Bockholt, M. Sultan, M. L. Yaspo, H. Lehrach, B. Hutter, B. Brors, S. Wolf, C. Plass, R. Siebert, A. Trumpp, K. Rippe, I. Lehmann, P. Lichter, S. M. Pfister, and R. Eils, "Hypermutation of the inactive X chromosome is a frequent event in cancer," Cell 155 (3), 567-81 (2013).

D. T. Jones, B. Hutter, N. Jager, A. Korshunov, M. Kool, H. J. Warnatz, T. Zichner, S. R. Lambert, M. Ryzhova, D. A. Quang, A. M. Fontebasso, A. M. Stutz, S. Hutter, M. Zuckermann, D. Sturm, J. Gronych, B. Lasitschka, S. Schmidt, H. Seker-Cin, H. Witt, M. Sultan, M. Ralser, P. A. Northcott, V. Hovestadt, S. Bender, E. Pfaff, S. Stark, D. Faury, J. Schwartzentruber, J. Majewski, U. D. Weber, M. Zapatka, B. Raeder, M. Schlesner, C. L. Worth, C. C. Bartholomae, C. von Kalle, C. D. Imbusch, S. Radomski, C. Lawerenz, P. van Sluis, J. Koster, R. Volckmann, R. Versteeg, H. Lehrach, C. Monoranu, B. Winkler, A. Unterberg, C. Herold-Mende, T. Milde, A. E. Kulozik, M. Ebinger, M. U. Schuhmann, Y. J. Cho, S. L. Pomeroy, A. von Deimling, O. Witt, M. D. Taylor, S. Wolf, M. A. Karajannis, C. G. Eberhart, W. Scheurlen, M. Hasselblatt, K. L. Ligon, M. W. Kieran, J. O. Korbel, M. L. Yaspo, B. Brors, J. Felsberg, G. Reifenberger, V. P. Collins, N. Jabado, R. Eils, P. Lichter, and S. M. Pfister, "Recurrent somatic alterations of FGFR1 and NTRK2 in pilocytic astrocytoma," Nature Genetics 45 (8), 927-32 (2013).

T. Lappalainen, M. Sammeth, M. R. Friedlander, P. A. C. 't Hoen, J. Monlong, M. A. Rivas, M. Gonzalez-Porta, N. Kurbatova, T. Griebel, P. G. Ferreira, M. Barann, T. Wieland, L. Greger, M. van Iterson, J. Almlof, P. Ribeca, I. Pulyakhina, D. Esser, T. Giger, A. Tikhonov, M. Sultan, G. Bertier, D. G. MacArthur, M. Lek, E. Lizano, H. P. J. Buermans, I. Padioleau, T. Schwarzmayr, O. Karlberg, H. Ongen, H. Kilpinen, S. Beltran, M. Gut, K. Kahlem, V. Amstislavskiy, O. Stegle, M. Pirinen, S. B. Montgomery, P. Donnelly, M. I. McCarthy, P. Flicek, T. M. Strom, H. Lehrach, S. Schreiber, Ralf Sudbrak, A. Carracedo, S. E. Antonarakis, R. Haesler, A. C. Syvaenen, G. J. Van Ommen, A. Brazma, T. Meitinger, P. Rosenstiel, R. Guigo, I. G. Gut, X. Estivill, E. T. Dermitzakis, and Geuvadis Consortium, "Transcriptome and genome sequencing uncovers functional variation in humans," Nature 501 (7468), 506-511 (2013).

D. Penkov, D. Mateos San Martin, L. C. Fernandez-Diaz, C. A. Rossello, C. Torroja, F. Sanchez-Cabo, H.J. Warnatz, M. Sultan, M. L. Yaspo Lehrach, A. Gabrieli, V. Tkachuk, A. Brendolan, F. Blasi, and M. Torres, "Analysis of the DNA-binding profile and function of TALE homeoproteins reveals their specialization and specific interactions with Hox genes/proteins," Cell Reports 3 (4), 1321-33 (2013).

J. Weischenfeldt, R. Simon, L. Feuerbach, K. Schlangen, D. Weichenhan, S. Minner, D. Wuttig, H. J. Warnatz, H. Stehr, T. Rausch, N. Jager, L. Gu, O. Bogatyrova, A. M. Stutz, R. Claus, J. Eils, R. Eils, C. Gerhauser, P. H. Huang, B. Hutter, R. Kabbe, C. Lawerenz, S. Radomski, C. C. Bartholomae, M. Falth, S. Gade, M. Schmidt, N. Amschler, T. Hass, R. Galal, J. Gjoni, R. Kuner, C. Baer, S. Masser, C. von Kalle, T. Zichner, V. Benes, B. Raeder, M. Mader, V. Amstislavskiy, M. Avci, H. Lehrach, D. Parkhomchuk, M. Sultan, L. Burkhardt, M. Graefen, H. Huland, M. Kluth, A. Krohn, H. Sirma, L. Stumm, S. Steurer, K. Grupp, H. Sultmann, G. Sauter, C. Plass, B. Brors, Marie L. Yaspo Lehrach, J. O. Korbel, and T. Schlomm, "Integrative genomic analyses reveal an androgen-driven somatic alteration landscape in early-onset prostate cancer," Cancer Cell 23 (2), 159-70 (2013).

Goncalo R. Abecasis, Adam Auton, Lisa D. Brooks, Mark A. DePristo, Richard M. Durbin, Robert E. Handsaker, Hyun Min Kang, Gabor T. Marth, Gil A. McVean, The 1000 Genomes Project Consortium, Ralf Sudbrak, Marcus Albrecht, Vyacheslav Amstislavskiy, Tatiana A. Borodina, Alexey Davydov, Ralf Herwig, Matthias Lienhard, Florian Mertes, Marc Sultan, Bernd Timmermann, Marie L. Yaspo, and Hans Lehrach, "An integrated map of genetic variation from 1,092 human genomes," Nature 491 (7422), 56-65 (2012).

M. Sultan, S. Dokel, V. Amstislavskiy, D. Wuttig, H. Sultmann, H. Lehrach, and M. L. Yaspo, "A simple strand-specific RNA-Seq library preparation protocol combining the Illumina TruSeq RNA and the dUTP methods," Biochemical and Biophysical Research Communications 422 (4), 643-646 (2012).

D. T. Jones, M. Kool, N. Jäger, T. Zichner, B. Hutter, Marc Sultan, Y. J. Cho, T. J. Pugh, V. Hovestadt, A. M. Stütz, T. Rausch, Hans Jörg Warnatz, M. Ryzhova, S. Bender, D. Sturm, S. Pleier, H. Cin, E. Pfaff, L. Sieber, A. Wittmann, M. Remke, H. Witt, S. Hutter, T. Tzaridis, J. Weischenfeldt, B. Raeder, M. Avci, V. Amstislavskiy, M. Zapatka, U. D. Weber, Q. Wang, B. Lasitschka, C. C. Bartholomae, M. Schmidt, C. von Kalle, V. Ast, C. Lawerenz, J. Eils, R. Kabbe, V. Benes, P. van Sluis, J. Koster, R. Volckmann, D. Shih, M. J. Betts, R. B. Russell, S. Coco, G. P. Tonini, U. Schuller, V. Hans, N. Graf, Y. J. Kim, C. Monoranu, W. Roggendorf, A. Unterberg, C. Herold-Mende, T. Milde, A. E. Kulozik, A. von Deimling, O. Witt, E. Maass, J. Rossler, M. Ebinger, M. U. Schuhmann, M. C. Fruhwald, M. Hasselblatt, N. Jabado, S. Rutkowski, von Bueren, D. Williamson, S. C. Clifford, M. G. McCabe, V. P. Collins, S. Wolf, S. Wiemann, H. Lehrach, B. Brors, W. Scheurlen, J. Felsberg, G. Reifenberger, P. A. Northcott, M. D. Taylor, M. Meyerson, S. L. Pomeroy, M. L. Yaspo, J. O. Korbel, A. Korshunov, R. Eils, S. M. Pfister, and P. Lichter, "Dissecting the genomic complexity underlying medulloblastoma," Nature 488 (7409), 100-105 (2012).

T. Borodina, J. Adjaye, and M. Sultan, "A strand-specific library preparation protocol for RNA sequencing," Methods in Enzymology 500, 79-98 (2011).

G. Diez-Roux, S. Banfi, M. Sultan, L. Geffers, S. Anand, D. Rozado, A. Magen, E. Canidio, M. Pagani, I. Peluso, N. Lin-Marq, M. Koch, M. Bilio, I. Cantiello, R. Verde, C. De Masi, S. A. Bianchi, J. Cicchini, E. Perroud, S. Mehmeti, E. Dagand, S. Schrinner, A. Nurnberger, K. Schmidt, K. Metz, C. Zwingmann, N. Brieske, C. Springer, A. M. Hernandez, S. Herzog, F. Grabbe, C. Sieverding, B. Fischer, K. Schrader, M. Brockmeyer, S. Dettmer, C. Helbig, V. Alunni, M. A. Battaini, C. Mura, C. N. Henrichsen, R. Garcia-Lopez, D. Echevarria, E. Puelles, E. Garcia-Calero, S. Kruse, M. Uhr, C. Kauck, G. Feng, N. Milyaev, C. K. Ong, L. Kumar, M. Lam, C. A. Semple, A. Gyenesei, S. Mundlos, U. Radelof, H. Lehrach, P. Sarmientos, A. Reymond, D. R. Davidson, P. Dolle, S. E. Antonarakis, M. L. Yaspo, S. Martinez, R. A. Baldock, G. Eichele, and A. Ballabio, "A high-resolution anatomical atlas of the transcriptome in the mouse embryo," PLoS Biol 9 (1), e1000582 (2011).

G. Diez-Roux, S. Banfi, M. Sultan, L. Geffers, S. Anand, D. Rozado, A. Magen, E. Canidio, M. Pagani, I. Peluso, N. Lin-Marq, M. Koch, M. Bilio, I. Cantiello, R. Verde, C. De Masi, S. A. Bianchi, J. Cicchini, E. Perroud, S. Mehmeti, E. Dagand, S. Schrinner, A. Nurnberger, K. Schmidt, K. Metz, C. Zwingmann, N. Brieske, C. Springer, A. M. Hernandez, S. Herzog, F. Grabbe, C. Sieverding, B. Fischer, K. Schrader, M. Brockmeyer, S. Dettmer, C. Helbig, V. Alunni, M. A. Battaini, C. Mura, C. N. Henrichsen, R. Garcia-Lopez, D. Echevarria, E. Puelles, E. Garcia-Calero, S. Kruse, M. Uhr, C. Kauck, G. Feng, N. Milyaev, C. K. Ong, L. Kumar, M. Lam, C. A. Semple, A. Gyenesei, S. Mundlos, U. Radelof, H. Lehrach, P. Sarmientos, A. Reymond, D. R. Davidson, P. Dolle, S. E. Antonarakis, M. L. Yaspo, S. Martinez, R. A. Baldock, G. Eichele, and A. Ballabio, "A high-resolution anatomical atlas of the transcriptome in the mouse embryo," PLoS Biology 9 (1), e1000582 (2011).

H. J. Warnatz, D. Schmidt, T. Manke, I. Piccini, M. Sultan, T. Borodina, D. Balzereit, W. Wruck, A. Soldatov, M. Vingron, H. Lehrach, and M. L. Yaspo, "The BTB and CNC homology 1 (BACH1) target genes are involved in the oxidative stress response and in control of the cell cycle," The Journal of Biological Chemistry 286 (26), 23521-32 (2011).

H. Richard, M. H. Schulz, M. Sultan, A. Nurnberger, S. Schrinner, D. Balzereit, E. Dagand, A. Rasche, H. Lehrach, M. Vingron, S. A. Haas, and M. L. Yaspo, "Prediction of alternative isoforms from exon expression levels in RNA-Seq experiments," Nucleic Acids Research 38 (10), e112-e112 (2010).