Publikationen von Martin Vingron

Zeitschriftenartikel (217)

21.
Zeitschriftenartikel
Benner, P.; Vingron, M.: Quantifying the tissue-specific regulatory information within enhancer DNA sequences. NAR: genomics and bioinformatics 3 (4), lqab095 (2021)
22.
Zeitschriftenartikel
Socha, M.; Sowińska-Seidler, A.; Melo, U. S.; Kragesteen, B. K.; Franke, M.; Heinrich, V.; Schöpflin, R.; Nagel, I.; Gruchy, N.; Mundlos, S. et al.; Sreenivasan, V. K. A.; López, C.; Vingron, M.; Bukowska-Olech, E.; Spielmann, M.; Jamsheer, A.: Position effects at the FGF8 locus are associated with femoral hypoplasia. The American Journal of Human Genetics 108 (9), S. 1725 - 1734 (2021)
23.
Zeitschriftenartikel
Belicova , L.; Repnik , U.; Delpierre , J.; Gralinska, E.; Seifert , S.; Valenzuela , J. I.; Morales-Navarrete , H. A.; Franke , C.; Räägel , H.; Shcherbinina , E. et al.; Prikazchikova , T.; Koteliansky , V.; Vingron, M.; Kalaidzidis , Y. L.; Zatsepin , T.; Zerial , M.: Anisotropic expansion of hepatocyte lumina enforced by apical bulkheads. The Journal of Cell Biology: JCB 220 (10), e202103003 (2021)
24.
Zeitschriftenartikel
Witte, F.; Ruiz-Orera, J.; Ciolli Mattioli, C.; Blachut, S.; Adami, E.; Schulz, J. F.; Schneider-Lunitz, V.; Hummel, O.; Patone, G.; Mücke, M. B. et al.; Šilhavý, J.; Heinig, M.; Bottolo, L.; Sanchis, D.; Vingron, M.; Chekulaeva, M.; Pravenec, M.; Hubner, N.; van Heesch, S.: A trans locus causes a ribosomopathy in hypertrophic hearts that affects mRNA translation in a protein length-dependent fashion. Genome Biology 22, 191 (2021)
25.
Zeitschriftenartikel
Gajos, M.; Jasnovidova, O.; van Bömmel, A.; Freier, S.; Vingron, M.; Mayer, A.: Conserved DNA sequence features underlie pervasive RNA polymerase pausing. Nucleic Acids Research (London) 49 (8), S. 4402 - 4420 (2021)
26.
Zeitschriftenartikel
Heller, D.; Vingron, M.: SVIM-asm: structural variant detection from haploid and diploid genome assemblies. Bioinformatics 36 (22-23), S. 5519 - 5521 (2020)
27.
Zeitschriftenartikel
Real, F. M.; Haas, S. A.; Franchini, P.; Xiong, P.; Simakov, O.; Kuhl, H.; Schöpflin, R.; Heller, D.; Moeinzadeh, M. H.; Heinrich, V. et al.; Krannich , T.; Bressin, A.; Hartmann, M. F.; Wudy, S. A.; Dechmann, D. K. N.; Hurtado, A.; Barrionuevo, F. J.; Schindler, M.; Harabula, I.; Osterwalder, M.; Hiller, M.; Wittler, L.; Visel, A.; Timmermann, B.; Meyer, A.; Vingron, M.; Jiménez, R.; Mundlos, S.; Lupiáñez, D. G.: The mole genome reveals regulatory rearrangements associated with adaptive intersexuality. Science 370 (6513), S. 208 - 214 (2020)
28.
Zeitschriftenartikel
Melo, U. S.; Schöpflin, R.; Acuna-Hidalgo, R.; Mensah, M. A.; Fischer-Zirnsak, B.; Holtgrewe, M.; Klever, M.-K.; Türkmen, S.; Heinrich, V.; Datkhaeva Pluym, I. et al.; Matoso, E.; de Sousa, S. B.; Louro, P.; Hülsemann, W.; Cohen, M.; Dufke, A.; Latos-Bieleńska, A.; Vingron, M.; Kalscheuer, V.; Quintero-Rivera, F.; Spielmann, M.; Mundlos, S.: Hi-C Identifies Complex Genomic Rearrangements and TAD-Shuffling in Developmental Diseases. The American Journal of Human Genetics 106 (6), S. 872 - 884 (2020)
29.
Zeitschriftenartikel
Benner, P.; Vingron, M.: ModHMM: A Modular Supra-Bayesian Genome Segmentation Method. Journal of Computational Biology 27 (4), S. 442 - 457 (2020)
30.
Zeitschriftenartikel
Kupke, S. Y.; Ly, L.-H.; Börno, S. T.; Ruff, A.; Timmermann, B.; Vingron, M.; Haas, S.: Single-Cell Analysis Uncovers a Vast Diversity in Intracellular Viral Defective Interfering RNA Content Affecting the Large Cell-to-Cell Heterogeneity in Influenza A Virus Replication. Viruses 12 (1), pii: E71 (2020)
31.
Zeitschriftenartikel
Ramisch, A.; Heinrich, V.; Glaser, L. V.; Fuchs, A.; Yang, X.; Benner, P.; Schöpflin, R.; Li, N.; Kinkley, S.; Römer-Hillmann, A. et al.; Longinotto, J.; Heyne, S.; Czepukojc, B.; Kessler, S. M.; Kiemer, A. K.; Cadenas, C.; Arrigoni, L.; Gasparoni, N.; Manke, T.; Pap, T.; Pospisilik, A.; Hengstler, J.; Walter, J.; Meijsing, S.; Chung, H.-R.; Vingron, M.: CRUP: a comprehensive framework to predict condition-specific regulatory units. Genome Biology: Biology for the Post-Genomic Era 20, 20:227 (2019)
32.
Zeitschriftenartikel
Heller, D.; Vingron, M.: SVIM: Structural Variant Identification using Mapped Long Reads. Bioinformatics 35 (17), S. 2907 - 2915 (2019)
33.
Zeitschriftenartikel
Kopp, W.; Vingron, M.: DNA Motif Match Statistics Without Poisson Approximation. Journal of Computational Biology 26 (8), S. 846 - 865 (2019)
34.
Zeitschriftenartikel
Despang, A.; Schöpflin, R.; Franke, M.; Ali, S.; Jerković, I.; Paliou, C.; Chan, W.-L.; Timmermann, B.; Wittler, L.; Vingron, M. et al.; Mundlos, S.; Ibrahim, D. M.: Functional dissection of the Sox9-Kcnj2 locus identifies nonessential and instructive roles of TAD architecture. Nature Genetics 51 (8), S. 1263 - 1271 (2019)
35.
Zeitschriftenartikel
van Heesch, S.; Witte, F.; Schneider-Lunitz, V.; Schulz, J. F.; Adami, E.; Faber, A. B.; Kirchner, M.; Maatz, H.; Blachut, S.; Sandmann, C. L. et al.; Kanda, M.; Worth, C. L.; Schafer, S.; Calviello, L.; Merriott, R.; Patone, G.; Hummel, O.; Wyler, E.; Obermayer, B.; Mucke, M. B.; Lindberg, E. L.; Trnka, F.; Memczak, S.; Schilling, M.; Felkin, L. E.; Barton, P. J. R.; Quaife, N. M.; Vanezis, K.; Diecke, S.; Mukai, M.; Mah, N.; Oh, S. J.; Kurtz, A.; Schramm, C.; Schwinge, D.; Sebode, M.; Harakalova, M.; Asselbergs, F. W.; Vink, A.; de Weger, R. A.; Viswanathan, S.; Widjaja, A. A.; Gartner-Rommel, A.; Milting, H.; Dos Remedios, C.; Knosalla, C.; Mertins, P.; Landthaler, M.; Vingron, M.; Linke, W. A.; Seidman, J. G.; Seidman, C. E.; Rajewsky, N.; Ohler, U.; Cook, S. A.; Hubner, N.: The Translational Landscape of the Human Heart. Cell 178 (1), e29, S. 242 - 260 (2019)
36.
Zeitschriftenartikel
Paliou, C.; Guckelberger, P.; Schöpflin, R.; Heinrich, V.; Esposito, A.; Chiariello, A. M.; Bianco, S.; Annunziatella, C.; Helmuth, J.; Haas, S. et al.; Jerković, I.; Brieske, N.; Wittler, L.; Timmermann, B.; Nicodemi, M.; Vingron, M.; Mundlos, S.; Andrey, G.: Preformed Chromatin Topology Assists Transcriptional Robustness of Shh during Limb Development. bioRxiv (Preprint Server) 2019, 528877 (2019)
37.
Zeitschriftenartikel
Mallm, J. P.; Iskar, M.; Ishaque, N.; Klett, L. C.; Kugler, S. J.; Muino, J. M.; Teif, V. B.; Poos, A. M.; Grossmann, S.; Erdel, F. et al.; Tavernari, D.; Koser, S. D.; Schumacher, S.; Brors, B.; Konig, R.; Remondini, D.; Vingron, M.; Stilgenbauer, S.; Lichter, P.; Zapatka, M.; Mertens, D.; Rippe, K.: Linking aberrant chromatin features in chronic lymphocytic leukemia to transcription factor networks. Molecular Systems Biology 15 (5), e8339 (2019)
38.
Zeitschriftenartikel
Zehnder, T.; Benner, P.; Vingron, M.: Predicting enhancers in mammalian genomes using supervised hidden Markov models. BMC Bioinformatics 20, 157 (2019)
39.
Zeitschriftenartikel
Ghanbari, M.; Lasserre, J.; Vingron, M.: The Distance Precision Matrix: computing networks from non-linear relationships. Bioinformatics 35 (6), S. 1009 - 1017 (2019)
40.
Zeitschriftenartikel
Kraft, K.; Magg, A.; Heinrich, V.; Riemenschneider, C.; Schöpflin, R.; Markowski, J.; Ibrahim, D.; Acuna-Hidalgo, R.; Despang, A.; Andrey, G. et al.; Wittler, L.; Timmermann, B.; Vingron, M.; Mundlos, S.: Serial genomic inversions induce tissue-specific architectural stripes, gene misexpression and congenital malformations. Nature Cell Biology 21 (3), S. 305 - 310 (2019)
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