Publications of M. L. Yaspo

Chen, L.; Ge, B.; Casale, F. P.; Vasquez, L.; Kwan, T.; Garrido-Martin, D.; Watt, S.; Yan, Y.; Kundu, K.; Ecker, S. et al.; Datta, A.; Richardson, D.; Burden, F.; Mead, D.; Mann, A. L.; Fernandez, J. M.; Rowlston, S.; Wilder, S. P.; Farrow, S.; Shao, X.; Lambourne, J. J.; Redensek, A.; Albers, C. A.; Amstislavskiy, V.; Ashford, S.; Berentsen, K.; Bomba, L.; Bourque, G.; Bujold, D.; Busche, S.; Caron, M.; Chen, S. H.; Cheung, W.; Delaneau, O.; Dermitzakis, E. T.; Elding, H.; Colgiu, I.; Bagger, F. O.; Flicek, P.; Habibi, E.; Iotchkova, V.; Janssen-Megens, E.; Kim, B.; Lehrach, H.; Lowy, E.; Mandoli, A.; Matarese, F.; Maurano, M. T.; Morris, J. A.; Pancaldi, V.; Pourfarzad, F.; Rehnstrom, K.; Rendon, A.; Risch, T.; Sharifi, N.; Simon, M. M.; Sultan, M.; Valencia, A.; Walter, K.; Wang, S. Y.; Frontini, M.; Antonarakis, S. E.; Clarke, L.; Yaspo, M. L.; Beck, S.; Guigo, R.; Rico, D.; Martens, J. H. A.; Ouwehand, W. H.; Kuijpers, T. W.; Paul, D. S.; Stunnenberg, H. G.; Stegle, O.; Downes, K.; Pastinen, T.; Soranzo, N.: Genetic Drivers of Epigenetic and Transcriptional Variation in Human Immune Cells. Cell 167 (5), e24, pp. 1398 - 1414 (2016)

Perdomo-Sabogal, A.; Nowick, K.; Piccini, I.; Sudbrak, R.; Lehrach, H.; Yaspo, M. L.; Warnatz, H. J.; Querfurth, R.: Human Lineage-Specific Transcriptional Regulation through GA-Binding Protein Transcription Factor Alpha (GABPa). Molecular Biology and Evolution 33 (5), pp. 1231 - 1244 (2016)

Kärst, S.; Arends, D.; Heise, S.; Trost, J.; Yaspo-Lehrach, M.-L.; Amstislavskiy, V.; Risch, T.; Lehrach, H.; Brockmann, G.: Erratum. BMC Genomics 16, p. 1018 - 1018 (2015)

Kärst, S.; Arends, D.; Heise, S.; Trost, J.; Yaspo-Lehrach, M.-L.; Amstislavskiy, V.; Risch, T.; Lehrach, H.: The direction of cross affects [corrected] obesity after puberty in male but not female offspring. BMC Genomics 16, p. 904 (2015)

The 1000 Genome Project Consortium; Lehrach, H.; Amstislavskiy, V.; Lienhard, M.; Mertes, F.; Sultan, M.; Timmermann, B.; Yaspo, M.-L.; Herwig, R.: A global reference for human genetic variation. Nature 526 (7571), pp. 68 - 74 (2015)

Fischer, U.; Forster, M.; Rinaldi, A.; Risch, T.; Sungalee, S.; Warnatz, H. J.; Bornhauser, B.; Gombert, M.; Kratsch, C.; Stutz, A. M. et al.; Sultan, M.; Tchinda, J.; Worth, C. L.; Amstislavskiy, V.; Badarinarayan, N.; Baruchel, A.; Bartram, T.; Basso, G.; Canpolat, C.; Cario, G.; Cave, H.; Dakaj, D.; Delorenzi, M.; Dobay, M. P.; Eckert, C.; Ellinghaus, E.; Eugster, S.; Frismantas, V.; Ginzel, S.; Haas, O. A.; Heidenreich, O.; Hemmrich-Stanisak, G.; Hezaveh, K.; Holl, J. I.; Hornhardt, S.; Husemann, P.; Kachroo, P.; Kratz, C. P.; Kronnie, G. T.; Marovca, B.; Niggli, F.; McHardy, A. C.; Moorman, A. V.; Panzer-Grumayer, R.; Petersen, B. S.; Raeder, B.; Ralser, M.; Rosenstiel, P.; Schäfer, D.; Schrappe, M.; Schreiber, S.; Schutte, M.; Stade, B.; Thiele, R.; Weid, N.; Vora, A.; Zaliova, M.; Zhang, L.; Zichner, T.; Zimmermann, M.; Lehrach, H.; Borkhardt, A.; Bourquin, J. P.; Franke, A.; Korbel, J. O.; Stanulla, M.; Yaspo, M. L.: Genomics and drug profiling of fatal TCF3-HLF-positive acute lymphoblastic leukemia identifies recurrent mutation patterns and therapeutic options. Nature Genetics 47 (9), pp. 1020 - 1029 (2015)

Wierling, C. K.; Kessler, T.; Ogilvie, L. A.; Lange, B.; Yaspo, M.-L.; Lehrach, H.: Network and systems biology: essential steps in virtualising drug discovery and development. Drug Discovery Today: Technology 15, pp. 33 - 40 (2015)

Pajtler, K. W.; Witt, H.; Sill, M.; Jones, D. T.; Hovestadt, V.; Kratochwil, F.; Wani, K.; Tatevossian, R.; Punchihewa, C.; Johann, P. et al.; Reimand, J.; Warnatz, H.-J.; Ryzhova, M.; Mack, S.; Ramaswamy, V.; Capper, D.; Schweizer, L.; Sieber, L.; Wittmann, A.; Huang, Z.; van Sluis, P.; Volckmann, R.; Koster, J.; Versteeg, R.; Fults, D.; Toledano, H.; Avigad, S.; Hoffman, L. M.; Donson, A. M.; Foreman, N.; Hewer, E.; Zitterbart, K.; Gilbert, M.; Armstrong, T. S.; Gupta, N.; Allen, J. C.; Karajannis, M. A.; Zagzag, D.; Hasselblatt, M.; Kulozik, A. E.; Witt, O.; Collins, V. P.; von Hoff, K.; Rutkowski, S.; Pietsch, T.; Bader, G.; Yaspo, M. L.; von Deimling, A.; Lichter, P.; Taylor, M. D.; Gilbertson, R.; Ellison, D. W.; Aldape, K.; Korshunov, A.; Kool, M.; Pfister, S. M.: Molecular Classification of Ependymal Tumors across All CNS Compartments, Histopathological Grades, and Age Groups. Cancer Cell 27 (5), pp. 728 - 743 (2015)

Redmer, T.; Welte, Y.; Behrens, D.; Fichtner, I.; Przybilla, D.; Wruck, W.; Yaspo, M. L.; Lehrach, H.; Schäfer, R.; Regenbrecht, C. R.: The nerve growth factor receptor CD271 is crucial to maintain tumorigenicity and stem-like properties of melanoma cells. PLoS One 9 (5), e92596 (2015)

Laurent, A.; Calabrese, M.; Warnatz, H. J.; Yaspo, M. L.; Tkachuk, V.; Torres, M.; Blasi, F.; Penkov, D.: ChIP-Seq and RNA-Seq analyses identify components of the Wnt and Fgf signaling pathways as Prep1 target genes in mouse embryonic stem cells. PLoS One 10 (4), e0122518 (2015)

Laurent, A.; Calabrese, M.; Warnatz, H. J.; Yaspo-Lehrach, M.-L.; Tkachuk, V.; Torres, M.; Blasi, F.; Penkov, D.: ChIP-Seq and RNA-Seq Analyses Identify Components of the Wnt and Fgf Signaling Pathways as Prep1 Target Genes in Mouse Embryonic Stem Cells. PLoS One (2015)

Gu, L.; Frommel, S. C.; Oakes, C. C.; Simon, R.; Grupp, K.; Gerig, C. Y.; Bar, D.; Robinson, M. D.; Baer, C.; Weiss, M. et al.; Gu, Z.; Schapira, M.; Kuner, R.; Sultmann, H.; Provenzano, M.; Cancer, I. P. o. E. O. P.; Yaspo, M. L.; Brors, B.; Korbel, J.; Schlomm, T.; Sauter, G.; Eils, R.; Plass, C.; Santoro, R.: BAZ2A (TIP5) is involved in epigenetic alterations in prostate cancer and its overexpression predicts disease recurrence. Nature Genetics 47 (1), pp. 22 - 30 (2015)

Kärst, S.; Arends, D.; Heise, S.; Trost, J.; Yaspo, M. L.; Amstislavskiy, V.; Risch, T.; Lehrach, H.; Brockmann, G. A.: Erratum to: 'The direction of cross affects obesity after puberty in male but not female offspring'. BMC Genomics 16 (1), 16:1018 (2015)

Pandey, V.; Sultan, M.; Kashofer, K.; Ralser, M.; Amstislavskiy, V.; Starmann, J.; Osprian, I.; Grimm, C.; Hache, H.; Yaspo, M. L. et al.; Sultmann, H.; Trauner, M.; Denk, H.; Zatloukal, K.; Lehrach, H.; Wierling, C.: Comparative analysis and modeling of the severity of steatohepatitis in DDC-treated mouse strains. PLoS One 9 (10), e111006 (2014)

Henderson, D.; Ogilvie, L. A.; Hoyle, N.; Keilholz, U.; Lange, B.; Lehrach, H.; OncoTrack, C.; Yaspo, M. L.: Personalized medicine approaches for colon cancer driven by genomics and systems biology: OncoTrack. Biotechnology Journal 9 (9), pp. 1104 - 1114 (2014)

Sultan, M.; Amstislavskiy, V.; Risch, T.; Schütte, M.; Dökel, S.; Ralser, M.; Balzereit, D.; Lehrach, H.; Yaspo, M. L.: Influence of RNA extraction methods and library selection schemes on RNA-seq data. BMC Genomics 15, 15:675 (2014)

Rasche, A.; Lienhard, M.; Yaspo, M.-L.; Lehrach, H.; Herwig, R.: ARH-seq: identification of differential splicing in RNA-seq data. Nucleic Acids Research (London) 42 (14), e110 (2014)

Northcott, P. A.; Lee, C.; Zichner, T.; Stütz, A. M.; Erkek, S.; Kawauchi, D.; Shih, D. J.; Hovestadt, V.; Zapatka, M.; Sturm, D. et al.; Jones, D. T.; Kool, M.; Remke, M.; Cavalli, F. M.; Zuyderduyn, S.; Bader, G. D.; VandenBerg, S.; Esparza, L. A.; Ryzhova, M.; Wang, W.; Wittmann, A.; Stark, S.; Sieber, L.; Seker-Cin, H.; Linke, L.; Kratochwil, F.; Jager, N.; Buchhalter, I.; Imbusch, C. D.; Zipprich, G.; Raeder, B.; Schmidt, S.; Diessl, N.; Wolf, S.; Wiemann, S.; Brors, B.; Lawerenz, C.; Eils, J.; Warnatz, H.-J.; Risch, T.; Yaspo, M. L.; Weber, U. D.; Bartholomae, C. C.; von Kalle, C.; Turanyi, E.; Hauser, P.; Sanden, E.; Darabi, A.; Siesjo, P.; Sterba, J.; Zitterbart, K.; Sumerauer, D.; van Sluis, P.; Versteeg, R.; Volckmann, R.; Koster, J.; Schuhmann, M. U.; Ebinger, M.; Grimes, H. L.; Robinson, G. W.; Gajjar, A.; Mynarek, M.; von Hoff, K.; Rutkowski, S.; Pietsch, T.; Scheurlen, W.; Felsberg, J.; Reifenberger, G.; Kulozik, A. E.; von Deimling, A.; Witt, O.; Eils, R.; Gilbertson, R. J.; Korshunov, A.; Taylor, M. D.; Lichter, P.; Korbel, J. O.; Wechsler-Reya, R. J.; Pfister, S. M.: Enhancer hijacking activates GFI1 family oncogenes in medulloblastoma. Nature 511 (7510), pp. 428 - 434 (2014)

Colonna, V.; Ayub, Q.; Chen, Y.; Pagani, L.; Luisi, P.; Pybus, M.; Garrison, E.; Xue, Y.; Tyler-Smith, C.; 1000 Genomes Project, C. et al.; Sudbrak, R.; Albrecht, M.; Amstislavskiy, V.; Borodina, T. A.; Dahl, A.; Davydov, A.; Herwig, R.; Marquardt, P.; Mertes, F.; Nietfeld, W.; Parkhomchuk, D.; Soldatov, A. V.; Timmermann, B.; Tolzmann, M.; Lehrach, H.; Yaspo, M. L.: Human genomic regions with exceptionally high levels of population differentiation identified from 911 whole-genome sequences. Genome Biology: Biology for the Post-Genomic Era 15 (6), R88 (2014)

Hovestadt, V.; Jones, D. T.; Picelli, S.; Wang, W.; Kool, M.; Northcott, P. A.; Sultan, M.; Stachurski, K.; Ryzhova, M.; Warnatz, H.-J. et al.; Ralser, M.; Brun, S.; Bunt, J.; Jager, N.; Kleinheinz, K.; Erkek, S.; Weber, U. D.; Bartholomae, C. C.; von Kalle, C.; Lawerenz, C.; Eils, J.; Koster, J.; Versteeg, R.; Milde, T.; Witt, O.; Schmidt, S.; Wolf, S.; Pietsch, T.; Rutkowski, S.; Scheurlen, W.; Taylor, M. D.; Brors, B.; Felsberg, J.; Reifenberger, G.; Borkhardt, A.; Lehrach, H.; Wechsler-Reya, R. J.; Eils, R.; Yaspo, M. L.; Landgraf, P.; Korshunov, A.; Zapatka, M.; Radlwimmer, B.; Pfister, S. M.; Lichter, P.: Decoding the regulatory landscape of medulloblastoma using DNA methylation sequencing. Nature 510 (7506), pp. 537 - 541 (2014)