Ravid Lustig, L.; Sampath Kumar, A.; Schwämmle, T.; Dunkel, I.; Noviello, G.; Limberg, E.; Weigert, R.; Pacini, G.; Buschow, R.; Ghauri, A. et al.; Stötzel, M.; Wittler, L.; Meissner, A.; Schulz, E. G.: GATA transcription factors drive initial Xist upregulation after fertilization through direct activation of long-range enhancers. Nature Cell Biology 25 (11), S. 1704 - 1715 (2023)

Häfner, S. J.; Jansson, M. D.; Altinel, K.; Andersen, K. L.; Abay-Nørgaard, Z.; Ménard, P.; Fontenas, M.; Sørensen, D. M.; Gay, D. M.; Arendrup, F. S. et al.; Tehler, D.; Krogh, N.; Nielsen, H.; Kraushar, M. L.; Kirkeby, A.; Lund, A. H.: Ribosomal RNA 2′-O-methylation dynamics impact cell fate decisions. Developmental Cell 58 (17), S. 1593 - 1609 (2023)

Duss, O.; Nikolay, R.; Kraushar, M. L.: Decoding a ribosome uncertainty. Trends in Genetics 39 (9), S. 639 - 641 (2023)

Bressin, A.; Jasnovidova, O.; Arnold, M.; Altendorfer, E.; Trajkovski , F.; Kratz, T. A.; Handzlik, J. E.; Hnisz, D.; Mayer, A.: High-sensitive nascent transcript sequencing reveals BRD4-specific control of widespread enhancer and target gene transcription. Nature Communications 14 (1), Article 4971 (2023)

Hoetker, M. S.; Yagi, M.; Di Stefano, B.; Langerman, J.; Cristea, S.; Ping Wong, L.; Huebner, A. J.; Charlton, J.; Deng, W.; Haggerty, C. et al.; Sadreyev, R. I.; Meissner, A.; Michor, F.; Plath, K.; Hochedlinger, K.: H3K36 methylation maintains cell identity by regulating opposing lineage programmes. Nature Cell Biology 25, S. 1121 - 1134 (2023)

Christou-Kent, M.; Cuartero, S.; Garcia-Cabau, C.; Ruehle, J.; Naderi, J.; Erber, J.; Neguembor, M. V.; Plana-Carmona, M.; Alcoverro-Bertran, M.; De Andres-Aguayo, L. et al.; Klonizakis, A.; Julià-Vilella, E.; Lynch, C.; Serrano, M.; Hnisz, D.; Salvatella, X.; Graf, T.; Stik, G.: CEBPA phase separation links transcriptional activity and 3D chromatin hubs. Cell Reports 42 (8), 112897 (2023)

Garcia-Ojalvo, J.; Bulut-Karslioglu, A.: On time: developmental timing within and across species. Development 150 (14), dev201045 (2023)

Sampath Kumar, A.; Tian, L.; Bolondi, A.; Aragonés Hernández, A.; Stickels, R.; Kretzmer, H.; Murray, E.; Wittler, L.; Walther, M.; Barakat, G. et al.; Haut, L.; Elkabetz, Y.; Macosko, E. Z.; Guignard, L.; Chen, F.; Meissner, A.: Spatiotemporal transcriptomic maps of whole mouse embryos at the onset of organogenesis. Nature Genetics 55 (7), S. 1176 - 1185 (2023)

Guo, H.; Vuille, J. A.; Wittner, B. S.; Lachtara, E. M.; Hou, Y.; Lin, M.; Zhao, T.; Raman, A. T.; Russell, H. C.; Reeves, B. A. et al.; Pleskow, H. M.; Wu, C.-L.; Gnirke, A.; Meissner, A.; Efstathiou, J. A.; Lee, R. J.; Toner, M.; Aryee, M. J.; Lawrence, M. S.; Miyamoto, D. T.; Maheswaran, S.; Haber, D. A.: DNA hypomethylation silences anti-tumor immune genes in early prostate cancer and CTCs. Cell 186 (13), S. 2765 - 2782 (2023)

Dejosez, M.; Dall’Agnese, A.; Ramamoorthy, M.; Platt, J.; Yin, X.; Hogan, M.; Brosh, R.; Weintraub, A. S.; Hnisz, D.; Abraham, B. J. et al.; Young, R. A.; Zwaka, T. P.: Regulatory architecture of housekeeping genes is driven by promoter assemblies. Cell Reports 42 (5), 112505 (2023)

Weigert, R.; Hetzel, S.; Bailly, N.; Haggerty, C.; Ilik, I. A.; Kwong Yung, P. Y.; Navarro, C.; Bolondi, A.; Sampath Kumar, A.; Anania, C. et al.; Brändl, B.; Meierhofer, D.; Lupiáñez, D. G.; Müller, F.-J.; Aktas, T.; Elsässer, S. J.; Kretzmer, H.; Smith, Z. D.; Meissner, A.: Dynamic antagonism between key repressive pathways maintains the placental epigenome. Nature Cell Biology 25 (4), S. 579 - 591 (2023)

Qin, B.; Lauer, S. M.; Balke, A.; Vieira-Vieira, C. H.; Bürger, J.; Mielke, T.; Selbach, M.; Scheerer, P.; Spahn, C. M. T.; Nikolay, R.: Cryo-EM captures early ribosome assembly in action. Nature Communications 14 (1), Article 898 (2023)

Mensah, M. A.; Niskanen, H.; Magalhães, A. P.; Basu, S.; Kircher, M.; Sczakiel, H. L.; Reiter, A. M. V.; Elsner, J.; Meinecke, P.; Biskup, S. et al.; Chung, B. H. Y.; Dombrowsky, G.; Eckmann-Scholz, C.; Hitz, M. P.; Hoischen, A.; Holterhus, P.-M.; Hülsemann, W.; Kahrizi, K.; Kalscheuer, V. M.; Kan, A.; Krumbiegel, M.; Kurth, I.; Leubner, J.; Longardt, A. C.; Moritz, J. D.; Najmabadi, H.; Skipalova, K.; Snijders Blok, L.; Tzschach, A.; Wiedersberg, E.; Zenker, M.; Garcia-Cabau, C.; Buschow, R.; Salvatella, X.; Kraushar, M. L.; Mundlos, S.; Caliebe, A.; Spielmann, M.; Horn, D.; Hnisz, D.: Aberrant phase separation and nucleolar dysfunction in rare genetic diseases. Nature 614 (7948), S. 564 - 571 (2023)

Landshammer, A.; Bolondi, A.; Kretzmer, H.; Much, C.; Buschow, R.; Rose, A.; Wu, H.-J.; Mackowiak, S. D.; Braendl, B.; Gießelmann, P. et al.; Tornisiello, R.; Mohan Parsi, K.; Huey, J.; Mielke, T.; Meierhofer, D.; Maehr, R.; Hnisz, D.; Michor, F.; Rinn, J. L.; Meissner, A.: T-REX17 is a transiently expressed non-coding RNA essential for human endoderm formation. eLife 12, Article e83077 (2023)

Stevens , L. E.; Peluffo, G.; Qiu, X.; Temko , D.; Fassl , A.; Li , Z.; Trinh , A.; Seehawer, M.; Jovanovic, B.; Aleckovic , M. et al.; Wilde , C. M.; Geck, R. C.; Shu, S.; Kingston, N. L.; Harper, N. W.; Almendro, V.; Pyke, A. L.; Egri , S. B.; Papanastasiou, M.; Clement , K.; Zhou , N.; Walker, S.; Salas, J.; Park, S. Y.; Frank, D. A.; Meissner, A.; Jaffe , J. D.; Sicinski , P.; Toker, A.; Michor , F.; Long , H. W.; Overmoyer , B. A.; Polyak, K.: JAK-STAT signaling in inflammatory breast cancer enables chemotherapy-resistant cell states. Cancer research: an official organ of the American Association for Cancer Research 83 (2), S. 264 - 284 (2023)

Harnett, D.; Ambrozkiewicz, M. C.; Zinnall, U.; Rusanova, A.; Borisova, E.; Drescher, A.; Couce Iglesias, M.; Dannenberg, R.; Imami, K.; Münster-Wandowski,, A. et al.; Fauler, B.; Mielke, T.; Selbach, M.; Landthaler, M.; Spahn, C. M. T.; Tarabykin, V.; Ohler, U.; Kraushar, M. L.: A critical period of translational control during brain development at codon resolution. Nature Structural Molecular Biology 29 (12), S. 1277 - 1290 (2022)

Knisbacher, B. A.; Lin, Z.; Hahn, C. K.; Nadeu, F.; Duran-Ferrer, M.; Stevenson, K. E.; Tausch, E.; Delgado, J.; Barbera-Mourelle, A.; Taylor-Weiner, A. et al.; Bousquets-Muñoz, P.; Diaz-Navarro, A.; Dunford, A.; Anand, S.; Kretzmer, H.; Gutierrez-Abril, J.; López-Tamargo, S.; Fernandes, S. M.; Sun, C.; Sivina, M.; Rassenti, L. Z.; Schneider, C.; Li, S.; Parida, L.; Meissner, A.; Aguet , F.; Burger, J. A.; Wiestner, A.; Kipps, T. J.; Brown, J. R.; Hallek, M.; Stewart, C.; Neuberg, D. S.; Martín-Subero , J. I.; Puente, X. S.; Stilgenbauer, S.; Wu, C. J.; Campo, E.; Getz, G.: Molecular map of chronic lymphocytic leukemia and its impact on outcome. Nature Genetics 54, S. 1664 - 1674 (2022)

López-Anguita, N.; Gassaloglu, S. I.; Stötzel, M.; Bolondi, A.; Conkar , D.; Typou, M.; Buschow, R.; Veenvliet, J. V.; Bulut-Karslioglu, A.: Hypoxia induces an early primitive streak signature, enhancing spontaneous elongation and lineage representation in gastruloids. Development 149 (20), dev200679 (2022)

Ringel, A.; Szabo, Q.; Chiariello, A. M.; Chudzik, K.; Schöpflin, R.; Rothe, P.; Mattei, A. L.; Zehnder, T.; Harnett, D.; Laupert, V. et al.; Bianco, S.; Hetzel, S.; Glaser, J.; Phan, M. H. Q.; Schindler, M.; Ibrahim, D. M.; Paliou, C.; Esposito, A.; Prada-Medina, C. A.; Haas, S. A.; Giere, P.; Vingron, M.; Wittler, L.; Meissner, A.; Nicodemi, M.; Cavalli, G.; Bantignies, F.; Mundlos, S.; Robson, M. I.: Repression and 3D-restructuring resolves regulatory conflicts in evolutionarily rearranged genomes. Cell 185 (20), S. 3689 - 3704 (2022)

Wilder , A. P.; Dudchenko , O.; Curry , C.; Korody , M.; Turbek , S. P.; Daly, M.; Misuraca , A.; Wang, G.; Khan , R.; Weisz, D. et al.; Fronczek, J.; Lieberman Aiden , E.; Houck , M. L.; Shier , D. M.; Ryder , O. A.; Steiner , C. C.: A Chromosome-Length Reference Genome for the Endangered Pacific Pocket Mouse Reveals Recent Inbreeding in a Historically Large Population. Genome Biology and Evolution 14 (8), evac122 (2022)