Publications of Michael Kube

Journal Article (51)

21.
Journal Article
Warren, W. C.; Hillier, L. W.; Marshall Graves, J. A.; Birney, E.; Ponting, C. P.; Grützner, F.; Belov, K.; Miller, W.; Clarke, L.; Chinwalla, A. T. et al.; Yang, S.-P.; Heger, A.; Locke, D. P.; Miethke, P.; Waters, P. D.; Veyrunes, F.; Fulton, L.; Fulton, B.; Graves, T.; Wallis, J.; Puente, X. S.; López-Otín, C.; Ordóñez, G. R.; Eichler, E. E.; Chen, L.; Cheng, Z.; Deakin, J. E.; Alsop, A.; Thompson, K.; Kirby, P.; Papenfuss, A. T.; Wakefield, M. J.; Olender, T.; Lancet, D.; Huttley, G. A.; Smit, A. F. A.; Pask, A.; Temple-Smith, P.; Batzer, M. A.; Walker, J. A.; Konkel, M. K.; Harris, R. S.; Whittington, C. M.; Wong, E. S. W.; Gemmell, N. J.; Buschiazzo, E.; Vargas Jentzsch, I. M.; Merkel, A.; Schmitz, J.; Zemann, A.; Churakov, G.; Kriegs, J. O.; Brosius, J.; Murchison, E. P.; Sachidanandam, R.; Smith, C.; Hannon, G. J.; send-Ayush, E. T.; McMillan, D.; Attenborough, R.; Rens, W.; Ferguson-Smith, M.; Lefèvre, C. M.; Sharp, J. A.; Nicholas, K. R.; Ray, D. A.; Kube, M.; Reinhardt, R.; Pringle, T. H.; Taylor, J.; Jones, R. C.; Nixon, B.; Dacheux, J.-L.; Niwa, H.; Sekita, Y.; Huang, X.; Stark, A.; Kheradpour, P.; Kellis, M.; Flicek, P.; Chen, Y.; Webber, C.; Hardison, R.; Nelson, J.; Hallsworth-Pepin, K.; Delehaunty, K.; Markovic, C.; Minx, P.; Feng, Y.; Kremitzki, C.; Mitreva, M.; Glasscock, J.; Wylie, T.; Wohldmann, P.; Thiru, P.; Nhan, M. N.; Pohl, C. S.; Smith, S. M.; Hou, S.; Renfree, M. B.; Mardis, E. R.; Wilson, R. K.: Genome analysis of the platypus reveals unique signatures of evolution. Nature 453 (7192), pp. 175 - 183 (2008)
22.
Journal Article
Kube, M.; Migdoll, A. M.; Müller, I.; Kuhl, H.; Beck, A.; Reinhardt, R.; Geider, K.: The genome of Erwinia tasmaniensis strain Et1/99, a non-pathogenic bacterium in the genus Erwinia. Environmental Microbiology 10 (9), pp. 2211 - 2222 (2008)
23.
Journal Article
Saar, K.; Beck, A.; Bihoreau, M.; Birney, E.; Brocklebank D, D.; Chen, Y.; Cuppen, E.; Demonchy, S.; Dopazo, J.; Flicek, P. et al.; Foglio, M.; Fujiyama, A.; Gut, I.; Gauguier, D.; Guigo, R.; Guryev, V.; Heinig, M.; Hummel, O.; Jahn, N.; Klages, S.; Kren, V.; Kube, M.; Kuhl, H.; Kuramoto, T.; Kuroki, Y.; Lechner, D.; Lee, Y.; Lopez-Bigas, N.; Lathrop, G.; Mashimo, T.; Medina, I.; Mott, R.; Patone, G.; Perrier-Cornet, J.; Platzer, M.; Pravenec, M.; Reinhardt, R.; Sakaki, Y.; Schilhabel, M.; Schulz, H.; Serikawa, T.; Shikhagaie, M.; Tatsumoto, S.; Taudien, S.; Toyoda, A.; Voigt, B.; Zelenika, D.; Zimdahl, H.; Hubner, N.: SNP and haplotype mapping for genetic analysis in the rat. Nature Genetics 40 (5), pp. 560 - 566 (2008)
24.
Journal Article
Choudhurya, K.; Zander, D.; Kube, M.; Reinhardt, R.; Clos, J.: Identification of a Leishmania infantum gene mediating resistance to miltefosine and SbIII. International Journal for Parasitology 38 (12), pp. 1411 - 1423 (2008)
25.
Journal Article
Tanguy, A.; Bierne, N.; Saavedra, C.; Pina, B.; Bachère, E.; Kube, M.; Bazin, E.; Bonhomme, F.; Boudry, P.; Boulo, V. et al.; Boutet, I.; Cancela, L.; Dossat, C.; Favrel, P.; Huvet, A.; Jarque, S.; Jollivet, D.; Klages, S.; Lapègue, S.; Leite, R.; Moal, J.; Moraga, D.; Reinhardt, R.; Samain, J.-F.; Zouros, E.; Canario, A.: Increasing genomic information in bivalves through new EST collections in four species: development of new genetic markers for environmental studies and genome evolution. Gene 408 (1-2), pp. 27 - 36 (2008)
26.
Journal Article
Reusch, T. B. H.; Veron, A. S.; Preuss, C.; Weiner, J.; Wissler, L.; Beck, A.; Klages, S.; Kube, M.; Reinhardt, R.; Bornberg-Bauer, E.: Comparative analysis of expressed sequence tag (EST) libraries in the seagrass Zostera marina subjected to temperature stress. Marine Biotechnology 10 (3), pp. 297 - 309 (2008)
27.
Journal Article
Clark, M. S. ..; Thorne, M. A. S.; Purać, J.; Grubor-Lajšić, G.; Kube, M.; Reinhardt, R.; Worland, M. R.: Surviving extreme polar winters by desiccation: clues from Arctic springtail (Onychiurus arcticus) EST libraries. BMC Genomics 8, p. e475 - e475 (2007)
28.
Journal Article
Roeding, F.; Hagner-Holler, S.; Ruhberg, H.; Ebersberger, I.; von Haeseler, A.; Kube, M.; Reinhardt, R.; Burmester, T.: EST sequencing of Onychophora and phylogenomic analysis of Metazoa. Molecular Phylogenetics and Evolution 45 (3), pp. 942 - 951 (2007)
29.
Journal Article
Richter, M.; Kube, M.; Bazylinski, D. A.; Lombardot, T.; Glöckner, F. O.; Reinhardt, R.; Schüler, D.: Comparative Genome Analysis of Four Magnetotactic Bacteria Reveals a Complex Set of Group-Specific Genes Implicated in Magnetosome Biomineralization and Function. Journal of Bacteriology: JB 189 (13), pp. 4899 - 4910 (2007)
30.
Journal Article
Knaust, F.; Kube, M.; Reinhardt, R.; Rabus, R.: Analyses of the vrl Gene Cluster in Desulfococcus multivorans: Homologous to the Virulence-Associated Locus of the Ovine Footrot Pathogen Dichelobacter nodosus Strain A198. Journal of Molecular Microbiology and Biotechnology: JMMB 13 (1 - 3), pp. 156 - 164 (2007)
31.
Journal Article
Bauer, M.; Kube, M.; Teeling, H.; Richter,, M.; Lombardot, T.; Allers, E.; Wuerdemann, C. A.; Quast, C.; Kuhl, H.; Knaus, F. et al.; Woebken, D.; Kerstin Bischof, K.; Mussmann, M.; Choudhur, J. V.; Meyer, F.; Reinhardt, R.; Amann, R. I.; Gloeckner, F. O.: Whole genome analysis of the marine Bacteroidetes 'Gramella forsetii' reveals adaptations to degradation of polymeric organic matter. Environmental Microbiology 8 (12), pp. 2201 - 2213 (2006)
32.
Journal Article
Erkel, C.; Kube, M.; Reinhard, R.; Liesack, W.: Genome of Rice Cluster I Archaea—the Key Methane Producers in the Rice Rhizosphere. Science 313 (5785), pp. 370 - 372 (2006)
33.
Journal Article
Muzny, D. M.; Scherer, S. E.; Kaul, R.; Wang, J.; Yu, J.; Sudbrak, R.; Buhay, C. J.; Chen, R.; Cree, A.; Ding, Y. et al.; Dugan-Rocha, S.; Gill, R.; Gunaratne, P.; Harris, R. A.; Hawes, A. C.; Hernandez, J.; Hodgson, A. V.; Hume, J.; Jackson, A.; Khan, Z. M.; Kovar-Smith, C.; Lewis, L. R.; Lozado, R. J.; Metzker, M. L.; Milosavljevic, A.; Miner, G. R.; Morgan, M. B.; Nazareth, L. V.; Scott, G.; Sodergren, E.; Song, X.-Z.; Steffen, D.; Wei, S.; Wheeler, D. A.; Wright, M. W.; Worley, K. C.; Yuan, Y.; Zhang, Z.; Adams, C. Q.; Ansari-Lari, A.; Ayele, M.; Brown, M. J.; Chen, G.; Chen, Z.; Clendenning, J.; Clerc-Blankenburg, K. P.; Chen, R.; Chen, Z.; Davis, C.; Delgado, O.; Dinh, H. H.; Dong, W.; Draper, H.; Ernst, S.; Fu, G.; Gonzalez-Garay, M. L.; Garcia, D. K.; Gillett, W.; Gu, J.; Hao, B.; Haugen, E.; Havlak, P.; He, X.; Hennig, S.; Hu, S.; Huang, W.; ackson, L. R. J.; Jacob, L. S.; Kelly, S. H.; Kube, M.; Levy, R.; Li, Z.; Liu, B.; Liu, J.; Liu, W.; Maheshwari, M.; Nguyen, B.-V.; Okwuonu, G. O.; Palmeiri, A.; Pasternak, S.; Perez, L. M.; Phelps, K. A.; Plopper, F. J. H.; Qiang, B.; Raymond, C.; Rodriguez, R.; Saenphimmachak, C.; Santibanez, J.; Shen, H.; Shen, Y.; Subramanian, S.; Tabor, P. E.; Verduzco, D.; Waldron, L.; Wang, J.; Wang, J.; Wang, Q.; Williams, G. A.; Wong, G. K.-S.; Yao, Z.; Zhang, J.; Zhang, X.; Zhao, G.; Zhou, J.; Zhou, Y.; Nelson, D.; Lehrach, H.; Reinhardt, R.; Naylor, S. L.; Yang, H.; Olson, M.; Weinstock, G.; Gibbs, R. A.: The DNA sequence, annotation and analysis of human chromosome 3. Nature 440 (7088), pp. 1194 - 1198 (2006)
34.
Journal Article
Muzny, D. M.; Scherer, S. E.; Kaul, R.; Wang, J.; Yu, J.; Sudbrak, R.; Buhay, C. J.; Chen, R.; Cree, A.; Ding, Y. et al.; Dugan-Rocha, S.; Gill, R.; Gunaratne, P.; Harris, R. A.; Hawes, A. C.; Hernandez, J.; Hodgson, A. V.; Hume, J.; Jackson, A.; Khan, Z. M.; Kovar-Smith, C.; Lewis, L. R.; Lozado, R. J.; Metzker, M. L.; Milosavljevic, A.; Miner, G. R.; Morgan, M. B.; Nazareth, L. V.; Scott, G.; Sodergren, E.; Song, X.-Z.; Steffen, D.; Wei, S.; Wheeler, D. A.; Wright, M. W.; Worley, K. C.; Yuan, Y.; Zhang, Z.; Adams, C. Q.; Ansari-Lari, A.; Ayele, M.; Brown, M. J.; Chen, G.; Chen, Z.; Clendenning, J.; Clerc-Blankenburg, K. P.; Chen, R.; Chen, Z.; Davis, C.; Delgado, O.; Dinh, H. H.; Dong, W.; Draper, H.; Ernst, S.; Fu, G.; Gonzalez-Garay, M. L.; Garcia, D. K.; Gillett, W.; Gu, J.; Hao, B.; Haugen, E.; Havlak, P.; He, X.; Hennig, S.; Hu, S.; Huang, W.; ackson, L. R. J.; Jacob, L. S.; Kelly, S. H.; Kube, M.; Levy, R.; Li, Z.; Liu, B.; Liu, J.; Liu, W.; Maheshwari, M.; Nguyen, B.-V.; Okwuonu, G. O.; Palmeiri, A.; Pasternak, S.; Perez, L. M.; Phelps, K. A.; Plopper, F. J. H.; Qiang, B.; Raymond, C.; Rodriguez, R.; Saenphimmachak, C.; Santibanez, J.; Shen, H.; Shen, Y.; Subramanian, S.; Tabor, P. E.; Verduzco, D.; Waldron, L.; Wang, J.; Wang, J.; Wang, Q.; Williams, G. A.; Wong, G. K.-S.; Yao, Z.; Zhang, J.; Zhang, X.; Zhao, G.; Zhou, J.; Zhou, Y.; Nelson, D.; Lehrach, H.; Reinhardt, R.; Naylor, S. L.; Yang, H.; Olson, M.; Weinstock, G.; Gibbs, R. A.: The DNA sequence, annotation and analysis of human chromosome 3. Nature 440 (7088), pp. 1194 - 1198 (2006)
35.
Journal Article
Muzny, D. M.; Scherer, S. E.; Kaul, R.; Wang, J.; Yu, J.; Sudbrak, R.; Buhay, C. J.; Chen, R.; Cree, A.; Ding, Y. et al.; Dugan-Rocha, S.; Gill, R.; Gunaratne, P.; Harris, R. A.; Hawes, A. C.; Hernandez, J.; Hodgson, A. V.; Hume, J.; Jackson, A.; Khan, Z. M.; Kovar-Smith, C.; Lewis, L. R.; Lozado, R. J.; Metzker, M. L.; Milosavljevic, A.; Miner, G. R.; Morgan, M. B.; Nazareth, L. V.; Scott, G.; Sodergren, E.; Song, X.-Z.; Steffen, D.; Wei, S.; Wheeler, D. A.; Wright, M. W.; Worley, K. C.; Yuan, Y.; Zhang, Z.; Adams, C. Q.; Ansari-Lari, A.; Ayele, M.; Brown, M. J.; Chen, G.; Chen, Z.; Clendenning, J.; Clerc-Blankenburg, K. P.; Chen, R.; Chen, Z.; Davis, C.; Delgado, O.; Dinh, H. H.; Dong, W.; Draper, H.; Ernst, S.; Fu, G.; Gonzalez-Garay, M. L.; Garcia, D. K.; Gillett, W.; Gu, J.; Hao, B.; Haugen, E.; Havlak, P.; He, X.; Hennig, S.; Hu, S.; Huang, W.; ackson, L. R. J.; Jacob, L. S.; Kelly, S. H.; Kube, M.; Levy, R.; Li, Z.; Liu, B.; Liu, J.; Liu, W.; Maheshwari, M.; Nguyen, B.-V.; Okwuonu, G. O.; Palmeiri, A.; Pasternak, S.; Perez, L. M.; Phelps, K. A.; Plopper, F. J. H.; Qiang, B.; Raymond, C.; Rodriguez, R.; Saenphimmachak, C.; Santibanez, J.; Shen, H.; Shen, Y.; Subramanian, S.; Tabor, P. E.; Verduzco, D.; Waldron, L.; Wang, J.; Wang, J.; Wang, Q.; Williams, G. A.; Wong, G. K.-S.; Yao, Z.; Zhang, J.; Zhang, X.; Zhao, G.; Zhou, J.; Zhou, Y.; Nelson, D.; Lehrach, H.; Reinhardt, R.; Naylor, S. L.; Yang, H.; Olson, M.; Weinstock, G.; Gibbs, R. A.: The DNA sequence, annotation and analysis of human chromosome 3. Nature 440 (7088), pp. 1194 - 1198 (2006)
36.
Journal Article
Meyerdierks, A.; Kube, M.; Lombardot, T.; Knittel, K.; Bauer, M.; Gloeckner, F. O.; Reinhardt, R.; Amann, R.: Insights into the genomes of archaea mediating the anaerobic oxidation of methane. Environmental Microbiology 7 (12), pp. 1937 - 1951 (2005)
37.
Journal Article
Ricke, P.; Kube, M.; Nakagawa, S.; Erkel, C.; Reinhardt, R.; Liesack, W.: First genome data from uncultured upland soil cluster alpha methanotrophs provide further evidence for a close phylogenetic relationship to Methylocapsa acidiphila B2 and for high-affinity methanotrophy involving particulate methane monooxygena. Applied and Environmental Microbiology 71 (11), pp. 7472 - 7482 (2005)
38.
Journal Article
Ullrich, S.; Kube, M.; Schuebbe, S.; Reinhardt, R.; Schueler, D.: A hypervariable 130-kilobase genomic region of Magnetospirillum gryphiswaldense comprises a magnetosome island which undergoes frequent rearrangements during stationary growth. Journal of Bacteriology 187 (2), pp. 7176 - 7144 (2005)
39.
Journal Article
Gade, D.; Theiss, D.; Lange, D.; Mirgorodskaya, E.; Lombardot, T.; Glöckner, F. O.; Kube, M.; Reinhardt, R.; Amann, R.; Lehrach, H. et al.; Rabus, R.; Gobom, J.: Towards the proteome of the marine bacterium Rhodopirellula baltica: mapping the soluble proteins. PROTEOMICS 5 (14), pp. 3654 - 3671 (2005)
40.
Journal Article
Gade, D.; Theiss, D.; Lange, D.; Mirgorodskaya, E.; Lombardot, T.; Glöckner, F. O.; Kube, M.; Reinhardt, R.; Amann, R.; Lehrach, H. et al.; Rabus, R.; Gobom, J.: Towards the proteome of the marine bacterium Rhodopirellula baltica: mapping the soluble proteins. PROTEOMICS 5 (14), pp. 3654 - 3671 (2005)
Go to Editor View