Publications of Hans-Jörg Warnatz

Bornhauser, B.; Cario, G.; Rinaldi, A.; Risch, T.; Rodriguez Martinez, V.; Schütte, M.; Warnatz, H.-J.; Scheidegger, N.; Mirkowska, P.; Temperli, M. et al.; Möller, C.; Schumich, A.; Dworzak, M.; Attarbaschi, A.; Brüggemann, M.; Ritgen, M.; Mejstrikova, E.; Hofmann, A.; Buldini, B.; Scarparo, P.; Basso, G.; Maglia, O.; Gaipa, G.; Skoblyn, T.-L.; Te Kronnie, G.; Vendramini, E.; Panzer-Grümayer, R.; Barz, M. J.; Marovca, B.; Hauri-Hohl, M.; Niggli, F.; Eckert, C.; Schrappe, M.; Stanulla, M.; Zimmermann, M.; Wollscheid, B.; Yaspo, M.-L.; Bourquin, J.-P.: The hematopoietic stem cell marker VNN2 is associated with chemoresistance in pediatric B-cell precursor ALL. Blood Advances 4 (17), pp. 4052 - 4064 (2020)

Huang, Y.; Mouttet , B.; Warnatz, H.-J.; Risch, T.; Rietmann, F.; Frommelt, F.; Ngo, Q. A.; Dobay, M. P.; Marovca, B.; Jenni, S. et al.; Tsai, Y.-C.; Matzk, S.; Amstislavskiy, V.; Schrappe, M.; Stanulla, M.; Gstaiger, M.; Bornhauser, B.; Yaspo, M.-L.; Bourquin , J.-P.: The Leukemogenic TCF3-HLF Complex Rewires Enhancers Driving Cellular Identity and Self-Renewal Conferring EP300 Vulnerability. Cancer Cell 36 (6), pp. 630 - 644 (2019)

Gerhauser, C.; Favero, F.; Risch, T.; Simon, R.; Feuerbach, L.; Assenov, Y.; Heckmann, D.; Sidiropoulos, N.; Waszak, S. M.; Hübschmann, D. et al.; Urbanucci, A.; Girma, E. G.; Kuryshev, V.; Klimczak, L. J.; Saini, N.; Stütz, A. M.; Weichenhan, D.; Böttcher, L.-M.; Toth, R.; Hendriksen, J. D.; Koop, C.; Lutsik, P.; Matzk, S.; Warnatz, H.-J.; Amstislavskiy, V.; Feuerstein, C.; Raeder, B.; Bogatyrova, O.; Schmitz, E.-M.; Hube-Magg, C.; Kluth, M.; Huland, H.; Graefen, M.; Lawerenz, C.; Henry, G. H.; Yamaguchi, T. N.; Malewska, A.; Meiners, J.; Schilling, D.; Reisinger, E.; Eils, R.; Schlesner, M.; Strand, D. W.; Bristow, R. G.; Boutros, P. C.; von Kalle, C.; Gordenin, D.; Sültmann, H.; Brors, B.; Sauter, G.; Plass, C.; Yaspo, M.-L.; Korbel, J. O.; Schlomm, T.; Weischenfeldt, J.: Molecular Evolution of Early-Onset Prostate Cancer Identifies Molecular Risk Markers and Clinical Trajectories. Cancer Cell 34 (6), pp. 996 - 1011 (2018)

Reddy Devullapally, P.; Bürger, J.; Mielke, T.; Konthur, Z.; Lehrach, H.; Yaspo, M.-L.; Glökler, J.; Warnatz, H.-J.: Simple paired heavy- and light-chain antibody repertoire sequencing using endoplasmic reticulum microsomes. Genome Medicine 10, 10:34 (2018)

Northcott, P. A.; Buchhalter, I.; Morrissy, A. S.; Hovestadt, V.; Weischenfeldt, J.; Ehrenberger, T.; Gröbner, S.; Segura-Wang, M.; Zichner, T.; Rudneva, V. A. et al.; Warnatz, H. J.; Sidiropoulos, N.; Phillips, A. H.; Schumacher, S.; Kleinheinz, K.; Waszak, S. M.; Erkek, S.; Jones, D. T. W.; Worst, B. C.; Kool, M.; Zapatka, M.; Jager, N.; Chavez, L.; Hutter, B.; Bieg, M.; Paramasivam, N.; Heinold, M.; Gu, Z.; Ishaque, N.; Jager-Schmidt, C.; Imbusch, C. D.; Jugold, A.; Hubschmann, D.; Risch, T.; Amstislavskiy, V.; Gonzalez, F. G. R.; Weber, U. D.; Wolf, S.; Robinson, G. W.; Zhou, X.; Wu, G.; Finkelstein, D.; Liu, Y.; Cavalli, F. M. G.; Luu, B.; Ramaswamy, V.; Wu, X.; Koster, J.; Ryzhova, M.; Cho, Y. J.; Pomeroy, S. L.; Herold-Mende, C.; Schuhmann, M.; Ebinger, M.; Liau, L. M.; Mora, J.; McLendon, R. E.; Jabado, N.; Kumabe, T.; Chuah, E.; Ma, Y.; Moore, R. A.; Mungall, A. J.; Mungall, K. L.; Thiessen, N.; Tse, K.; Wong, T.; Jones, S. J. M.; Witt, O.; Milde, T.; Von Deimling, A.; Capper, D.; Korshunov, A.; Yaspo, M. L.; Kriwacki, R.; Gajjar, A.; Zhang, J.; Beroukhim, R.; Fraenkel, E.; Korbel, J. O.; Brors, B.; Schlesner, M.; Eils, R.; Marra, M. A.; Pfister, S. M.; Taylor, M. D.; Lichter, P.: The whole-genome landscape of medulloblastoma subtypes. Nature 547 (7663), pp. 311 - 317 (2017)

Schütte, M.; Risch, T.; Abdavi Azar, N.; Boehnke, K.; Schumacher, D.; Keil, M.; Yildiriman, R.; Jandrasits, C.; Borodina, T.; Amstislavskiy, V. et al.; Worth, C. L.; Schweiger, C.; Liebs, S.; Lange, M.; Warnatz, H. J.; Butcher, L. M.; Barrett, J. E.; Sultan, M.; Wierling, C.; Golob-Schwarzl, N.; Lax, S.; Uranitsch, S.; Becker, M.; Welte, Y.; Regan, J. L.; Silvestrov, M.; Kehler, I.; Fusi, A.; Kessler, T.; Herwig, R.; Landegren, U.; Wienke, D.; Nilsson, M.; Velasco, J. A.; Garin-Chesa, P.; Reinhard, C.; Beck, S.; Schafer, R.; Regenbrecht, C. R.; Henderson, D.; Lange, B.; Haybaeck, J.; Keilholz, U.; Hoffmann, J.; Lehrach, H.; Yaspo, M. L.: Molecular dissection of colorectal cancer in pre-clinical models identifies biomarkers predicting sensitivity to EGFR inhibitors. Nature Communications 8, 8:14262 (2017)

Oh, S.; Flynn, R. A.; Floor, S. N.; Purzner, J.; Martin, L.; Do, B. T.; Schubert, S.; Vaka, D.; Morrissy, S.; Li, Y. et al.; Kool, M.; Hovestadt, V.; Jones, D. T.; Northcott, P. A.; Risch, T.; Warnatz, H. J.; Yaspo, M. L.; Adams, C. M.; Leib, R. D.; Breese, M.; Marra, M. A.; Malkin, D.; Lichter, P.; Doudna, J. A.; Pfister, S. M.; Taylor, M. D.; Chang, H. Y.; Cho, Y. J.: Medulloblastoma-associated DDX3 variant selectively alters the translational response to stress. Oncotarget 7 (19), pp. 28169 - 28182 (2016)

Lin, C. Y.; Erkek, S.; Tong, Y.; Yin, L.; Federation, A. J.; Zapatka, M.; Haldipur, P.; Kawauchi, D.; Risch, T.; Warnatz, H. J. et al.; Worst, B. C.; Ju, B.; Orr, B. A.; Zeid, R.; Polaski, D. R.; Segura-Wang, M.; Waszak, S. M.; Jones, D. T.; Kool, M.; Hovestadt, V.; Buchhalter, I.; Sieber, L.; Johann, P.; Chavez, L.; Groschel, S.; Ryzhova, M.; Korshunov, A.; Chen, W.; Chizhikov, V. V.; Millen, K. J.; Amstislavskiy, V.; Lehrach, H.; Yaspo, M. L.; Eils, R.; Lichter, P.; Korbel, J. O.; Pfister, S. M.; Bradner, J. E.; Northcott, P. A.: Active medulloblastoma enhancers reveal subgroup-specific cellular origins. Nature 530 (7588), pp. 57 - 62 (2016)

Perdomo-Sabogal, A.; Nowick, K.; Piccini, I.; Sudbrak, R.; Lehrach, H.; Yaspo, M. L.; Warnatz, H. J.; Querfurth, R.: Human Lineage-Specific Transcriptional Regulation through GA-Binding Protein Transcription Factor Alpha (GABPa). Molecular Biology and Evolution 33 (5), pp. 1231 - 1244 (2016)

Fischer, U.; Forster, M.; Rinaldi, A.; Risch, T.; Sungalee, S.; Warnatz, H. J.; Bornhauser, B.; Gombert, M.; Kratsch, C.; Stutz, A. M. et al.; Sultan, M.; Tchinda, J.; Worth, C. L.; Amstislavskiy, V.; Badarinarayan, N.; Baruchel, A.; Bartram, T.; Basso, G.; Canpolat, C.; Cario, G.; Cave, H.; Dakaj, D.; Delorenzi, M.; Dobay, M. P.; Eckert, C.; Ellinghaus, E.; Eugster, S.; Frismantas, V.; Ginzel, S.; Haas, O. A.; Heidenreich, O.; Hemmrich-Stanisak, G.; Hezaveh, K.; Holl, J. I.; Hornhardt, S.; Husemann, P.; Kachroo, P.; Kratz, C. P.; Kronnie, G. T.; Marovca, B.; Niggli, F.; McHardy, A. C.; Moorman, A. V.; Panzer-Grumayer, R.; Petersen, B. S.; Raeder, B.; Ralser, M.; Rosenstiel, P.; Schäfer, D.; Schrappe, M.; Schreiber, S.; Schutte, M.; Stade, B.; Thiele, R.; Weid, N.; Vora, A.; Zaliova, M.; Zhang, L.; Zichner, T.; Zimmermann, M.; Lehrach, H.; Borkhardt, A.; Bourquin, J. P.; Franke, A.; Korbel, J. O.; Stanulla, M.; Yaspo, M. L.: Genomics and drug profiling of fatal TCF3-HLF-positive acute lymphoblastic leukemia identifies recurrent mutation patterns and therapeutic options. Nature Genetics 47 (9), pp. 1020 - 1029 (2015)

Pajtler, K. W.; Witt, H.; Sill, M.; Jones, D. T.; Hovestadt, V.; Kratochwil, F.; Wani, K.; Tatevossian, R.; Punchihewa, C.; Johann, P. et al.; Reimand, J.; Warnatz, H.-J.; Ryzhova, M.; Mack, S.; Ramaswamy, V.; Capper, D.; Schweizer, L.; Sieber, L.; Wittmann, A.; Huang, Z.; van Sluis, P.; Volckmann, R.; Koster, J.; Versteeg, R.; Fults, D.; Toledano, H.; Avigad, S.; Hoffman, L. M.; Donson, A. M.; Foreman, N.; Hewer, E.; Zitterbart, K.; Gilbert, M.; Armstrong, T. S.; Gupta, N.; Allen, J. C.; Karajannis, M. A.; Zagzag, D.; Hasselblatt, M.; Kulozik, A. E.; Witt, O.; Collins, V. P.; von Hoff, K.; Rutkowski, S.; Pietsch, T.; Bader, G.; Yaspo, M. L.; von Deimling, A.; Lichter, P.; Taylor, M. D.; Gilbertson, R.; Ellison, D. W.; Aldape, K.; Korshunov, A.; Kool, M.; Pfister, S. M.: Molecular Classification of Ependymal Tumors across All CNS Compartments, Histopathological Grades, and Age Groups. Cancer Cell 27 (5), pp. 728 - 743 (2015)

Laurent, A.; Calabrese, M.; Warnatz, H. J.; Yaspo, M. L.; Tkachuk, V.; Torres, M.; Blasi, F.; Penkov, D.: ChIP-Seq and RNA-Seq analyses identify components of the Wnt and Fgf signaling pathways as Prep1 target genes in mouse embryonic stem cells. PLoS One 10 (4), e0122518 (2015)

Northcott, P. A.; Lee, C.; Zichner, T.; Stütz, A. M.; Erkek, S.; Kawauchi, D.; Shih, D. J.; Hovestadt, V.; Zapatka, M.; Sturm, D. et al.; Jones, D. T.; Kool, M.; Remke, M.; Cavalli, F. M.; Zuyderduyn, S.; Bader, G. D.; VandenBerg, S.; Esparza, L. A.; Ryzhova, M.; Wang, W.; Wittmann, A.; Stark, S.; Sieber, L.; Seker-Cin, H.; Linke, L.; Kratochwil, F.; Jager, N.; Buchhalter, I.; Imbusch, C. D.; Zipprich, G.; Raeder, B.; Schmidt, S.; Diessl, N.; Wolf, S.; Wiemann, S.; Brors, B.; Lawerenz, C.; Eils, J.; Warnatz, H.-J.; Risch, T.; Yaspo, M. L.; Weber, U. D.; Bartholomae, C. C.; von Kalle, C.; Turanyi, E.; Hauser, P.; Sanden, E.; Darabi, A.; Siesjo, P.; Sterba, J.; Zitterbart, K.; Sumerauer, D.; van Sluis, P.; Versteeg, R.; Volckmann, R.; Koster, J.; Schuhmann, M. U.; Ebinger, M.; Grimes, H. L.; Robinson, G. W.; Gajjar, A.; Mynarek, M.; von Hoff, K.; Rutkowski, S.; Pietsch, T.; Scheurlen, W.; Felsberg, J.; Reifenberger, G.; Kulozik, A. E.; von Deimling, A.; Witt, O.; Eils, R.; Gilbertson, R. J.; Korshunov, A.; Taylor, M. D.; Lichter, P.; Korbel, J. O.; Wechsler-Reya, R. J.; Pfister, S. M.: Enhancer hijacking activates GFI1 family oncogenes in medulloblastoma. Nature 511 (7510), pp. 428 - 434 (2014)

Hovestadt, V.; Jones, D. T.; Picelli, S.; Wang, W.; Kool, M.; Northcott, P. A.; Sultan, M.; Stachurski, K.; Ryzhova, M.; Warnatz, H.-J. et al.; Ralser, M.; Brun, S.; Bunt, J.; Jager, N.; Kleinheinz, K.; Erkek, S.; Weber, U. D.; Bartholomae, C. C.; von Kalle, C.; Lawerenz, C.; Eils, J.; Koster, J.; Versteeg, R.; Milde, T.; Witt, O.; Schmidt, S.; Wolf, S.; Pietsch, T.; Rutkowski, S.; Scheurlen, W.; Taylor, M. D.; Brors, B.; Felsberg, J.; Reifenberger, G.; Borkhardt, A.; Lehrach, H.; Wechsler-Reya, R. J.; Eils, R.; Yaspo, M. L.; Landgraf, P.; Korshunov, A.; Zapatka, M.; Radlwimmer, B.; Pfister, S. M.; Lichter, P.: Decoding the regulatory landscape of medulloblastoma using DNA methylation sequencing. Nature 510 (7506), pp. 537 - 541 (2014)

Rashi-Elkeles, S.; Warnatz, H. J.; Elkon, R.; Kupershtein, A.; Chobod, Y.; Paz, A.; Amstislavskiy, V.; Sultan, M.; Safer, H.; Nietfeld, W. et al.; Lehrach, H.; Shamir, R.; Yaspo, M. L.; Shiloh, Y.: Parallel profiling of the transcriptome, cistrome, and epigenome in the cellular response to ionizing radiation. Science Signaling 7 (325), rs3 (2014)

Jones, D. T.; Kool, M.; Jäger, N.; Zichner, T.; Hutter, B.; Sultan, M.; Cho, Y. J.; Pugh, T. J.; Hovestadt, V.; Stütz, A. M. et al.; Rausch, T.; Warnatz, H. J.; Ryzhova, M.; Bender, S.; Sturm, D.; Pleier, S.; Cin, H.; Pfaff, E.; Sieber, L.; Wittmann, A.; Remke, M.; Witt, H.; Hutter, S.; Tzaridis, T.; Weischenfeldt, J.; Raeder, B.; Avci, M.; Amstislavskiy, V.; Zapatka, M.; Weber, U. D.; Wang, Q.; Lasitschka, B.; Bartholomae, C. C.; Schmidt, M.; von Kalle, C.; Ast, V.; Lawerenz, C.; Eils, J.; Kabbe, R.; Benes, V.; van Sluis, P.; Koster, J.; Volckmann, R.; Shih, D.; Betts, M. J.; Russell, R. B.; Coco, S.; Tonini, G. P.; Schuller, U.; Hans, V.; Graf, N.; Kim, Y. J.; Monoranu, C.; Roggendorf, W.; Unterberg, A.; Herold-Mende, C.; Milde, T.; Kulozik, A. E.; von Deimling, A.; Witt, O.; Maass, E.; Rossler, J.; Ebinger, M.; Schuhmann, M. U.; Fruhwald, M. C.; Hasselblatt, M.; Jabado, N.; Rutkowski, S.; von Bueren; Williamson, D.; Clifford, S. C.; McCabe, M. G.; Collins, V. P.; Wolf, S.; Wiemann, S.; Lehrach, H.; Brors, B.; Scheurlen, W.; Felsberg, J.; Reifenberger, G.; Northcott, P. A.; Taylor, M. D.; Meyerson, M.; Pomeroy, S. L.; Yaspo, M. L.; Korbel, J. O.; Korshunov, A.; Eils, R.; Pfister, S. M.; Lichter, P.: Dissecting the genomic complexity underlying medulloblastoma. Nature 488 (7409), pp. 100 - 105 (2012)

Warnatz, H. J.; Schmidt, D.; Manke, T.; Piccini, I.; Sultan, M.; Borodina, T.; Balzereit, D.; Wruck, W.; Soldatov, A.; Vingron, M. et al.; Lehrach, H.; Yaspo, M. L.: The BTB and CNC homology 1 (BACH1) target genes are involved in the oxidative stress response and in control of the cell cycle. The Journal of Biological Chemistry 286 (26), pp. 23521 - 32 (2011)

Warnatz, H. J.; Querfurth, R.; Guerasimova, A.; Cheng, X.; Haas, S. A.; Hufton, A. L.; Manke, T.; Vanhecke, D.; Nietfeld, W.; Vingron, M. et al.; Janitz, M.; Lehrach, H.; Yaspo, M. L.: Functional analysis and identification of cis-regulatory elements of human chromosome 21 gene promoters. Nucleic Acids Research 38 (18), pp. 6112 - 6123 (2010)

Cheng, X.; Guerasimova, A.; Manke, T.; Rosenstiel, P.; Haas, S.; Warnatz, H. J.; Querfurth, R.; Nietfeld, W.; Vanhecke, D.; Lehrach, H. et al.; Yaspo, M. L.; Janitz, M.: Screening of human gene promoter activities using transfected-cell arrays. Gene 450 (1-2), pp. 48 - 54 (2010)

Ralser, M.; Querfurth, R.; Warnatz, H.-J.; Lehrach, H.; Yaspo, M.-L.; Krobitsch, S.: An efficient and economic enhancer mix for PCR. Biochemical and Biophysical Research Communications (Orlando, FL) 347 (3), pp. 747 - 751 (2006)