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Zeitschriftenartikel (7)

  1. 1.
    Zeitschriftenartikel
    Thomas-Chollier, M.; Hufton, A.; Heinig, M.; O'Keeffe, S.; Masri, N. E.; Roider, H. G.; Manke, T.; Vingron, M.: Transcription factor binding predictions using TRAP for the analysis of ChIP-seq data and regulatory SNPs. Nat Protoc 6 (12), S. 1860 - 9 (2011)
  2. 2.
    Zeitschriftenartikel
    Heinig, M.; Petretto, E.; Wallace, C.; Bottolo, L.; Rotival, M.; Lu, H.; Li, Y.; Sarwar, R.; Langley, S. R.; Bauerfeind, A. et al.; Hummel, O.; Lee, Y. A.; Paskas, S.; Rintisch, C.; Saar, K.; Cooper, J.; Buchan, R.; Gray, E. E.; Cyster, J. G.; Erdmann, J.; Hengstenberg, C.; Maouche, S.; Ouwehand, W. H.; Rice, C. M.; Samani, N. J.; Schunkert, H.; Goodall, A. H.; Schulz, H.; Roider, H. G.; Vingron, M.; Blankenberg, S.; Munzel, T.; Zeller, T.; Szymczak, S.; Ziegler, A.; Tiret, L.; Smyth, D. J.; Pravenec, M.; Aitman, T. J.; Cambien, F.; Clayton, D.; Todd, J. A.; Hubner, N.; Cook, S. A.: A trans-acting locus regulates an anti-viral expression network and type 1 diabetes risk. Nature 467 (7314), S. 460 - 464 (2010)
  3. 3.
    Zeitschriftenartikel
    Kielbasa, S. M.; Klein, H.; Roider, H. G.; Vingron, M.; Blüthgen, N.: TransFind--predicting transcriptional regulators for gene sets. Nucleic Acids Research 38 Suppl, S. W275 - W280 (2010)
  4. 4.
    Zeitschriftenartikel
    Roider, H. G.; Lenhard, B.; Kanhere, A.; Haas, S. A.; Vingron, M.: CpG-depleted promoters harbor tissue-specific transcription factor binding signals—implications for motif overrepresentation analyses. Nucleic Acids Research 37 (19), S. 6305 - 6315 (2009)
  5. 5.
    Zeitschriftenartikel
    Roider, H. G.; Manke, T.; O'Keeffe, S.; Vingron, M.; Haas, S. A.: PASTAA: identifying transcription factors associated with sets of co-regulated genes. Bioinformatics 25 (4), S. 435 - 442 (2009)
  6. 6.
    Zeitschriftenartikel
    Manke, T.; Roider, H. G.; Vingron, M.: Statistical Modeling of Transcription Factor Binding Affinities Predicts Regulatory Interactions. PLoS Computational Biology 4 (3), S. e1000039 - e1000039 (2008)
  7. 7.
    Zeitschriftenartikel
    Roider, H. G.; Kanhere, A.; Manke, T.; Vingron, M.: Predicting transcription factor affinities to DNA from a biophysical model. Bioinformatics 23 (2), S. 134 - 141 (2007)

Buchkapitel (1)

  1. 8.
    Buchkapitel
    Manke, T.; Roider, H. G.; Vingron, M.: A biophysical approach to large-scale protein-DNA binding data. In: Modern Genome Annotation: The Biosapiens Network, S. 91 - 102 (Hg. Frishman, D.; Valencia, A.). Springer, New York (2008)
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