Durbin, Eddy, Krogh, Graeme: Biological sequence analysis - Probabilistic models of proteins and nucleic acids. Cambridge University Press Die Standardreferenz, umfasst die Sequenzbioinformatik, ist aber knapp gehalten. Es existiert ein empfehlenswertes Übungsbuch.
Haubold, Wiehe: Introduction to Computational Biology - An evolutionary approach. Birkhäuser. Eine Einführung mit Fokus auf Phylogenie. Mehr Erklärungen als bei Durbin et al.
Deonier, Tavare, Waterman: Computational Genome Analysis. Springer Science and Business Media, Inc. Ein umfassendes Lehrbuch für die Sequenzbioinformatik mit Beispielen und einer Einführung in R. Wendet sich eher an Informatiker und Physiker.
Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Garland Science Ein ausführliches Lehrbuch, bebildert und mit vielen Beispielen. Umfasst den gesamten Vorlesungsstoff, teilweise aber nicht in der nötigen Tiefe.
Mount: Bioinformatics. Sequence and Genome Analysis. Cold Spring Harbor Press. Ein Lehrbuch, das sich vornehmlich an Biologen wendet. Umfasst die Sequenzbiologie und die Strukturbiologie.
Merkl, Waack: Bioinformatik Interaktiv. Wiley-VCH. Ein Lehrbuch mit detaillierten Erklärungen. Die 2., erweiterte Auflage ist zu empfehlen.