Förderung für Forschung im Bereich der Bioinformatik
Fellow des Max-Planck-Instituts für molekulare Genetik wird Leiter eines neuen Intel®-Parallel-Computer-Centers
Der Bioinformatiker Knut Reinert ist Leiter eines neu eingerichteten Intel® Parallel Computing Centers (IPCC) an der Freien Universität. Das US-amerikanische Unternehmen Intel fördert mit diesem Programm Universitäten und Arbeitsgruppen, die in ihrem Forschungsbereich führend sind. Das Programm konzentriert sich auf die Modernisierung bestehender Anwendungen oder Software-Bibliotheken mit dem Ziel, sie an die Mikro- und Coprozessoren von Intel anzupassen und zu parallelisieren. Die Förderung beläuft sich auf bis zu rund 200.000 Euro für den Zeitraum von bis zu 2 Jahren.
Im Rahmen des Intel® Parallel Computing Centers an der Freien Universität werden die Forscher sich auf die Entwicklung effizienter Programme zur Analyse genomischer Hochdurchsatzdaten konzentrieren. Bei diesen Daten handelt es sich um eine Technik, die es erlaubt, sehr günstig Terabytes genomischer Sequenzen zu erzeugen. Die Arbeitsgruppe von Knut Reinert führt diese Entwicklungen auf Basis der von ihr entwickelten C++-Software-Bibliothek SeqAn durch. Die SeqAn-Bibliothek wird seit einigen Jahren unter Reinerts Leitung entwickelt und weltweit in verschiedenen Software-Werkzeugen zur Analyse von „Next Generation Sequencing“-Daten (NGS) verwendet. Seit diesem Jahr wird sie auch im CIBI-Center als Teil des deutschen Bioinformatik-Infrastrukturnetzwerks de.NBI gefördert.
„Die Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler des Zentrums werden daran arbeiten, grundlegende Befehlsätze in SeqAn zu abstrahieren und eine einheitliche Schnittstelle für Mehrkern- und Vektoreinheiten moderner Prozessoren zu implementierten, etwa die des Intel® Xeon und Intel® Xeon Phi™“, erklärt Knut Reinert, Projektleiter und Professor für Bioinformatik am Fachbereich Mathematik und Informatik der Freien Universität Berlin sowie Fellow am Max-Planck-Institut für molekulare Genetik. Anschließend werde man Kernroutinen wie Alignment-Algorithmen oder datenparallele Container beschleunigen. Damit könnten Vergleiche genomischer Sequenzen wesentlich schneller durchgeführt werden und im Speicher befindliche, komprimierte Daten gleichzeitig verarbeitet werden. Diese Strategie wird bestehende und neue Anwendungen, welche auf der freien SeqAn-Bibliothek (BSD Lizenz) basieren, beschleunigen und die Vorteile moderner Rechnerarchitekturen für Anwendungsentwickler leicht zugänglich machen. Die Ergebnisse der Forschung im Rahmen des Intel® Parallel Computing Centers werden in Tutorien und Kursen an der Freien Universität Berlin integriert sowie auf internationalen Supercomputing-Konferenzen und den Intel® Xeon Phi™-User-Group-Treffen vorgestellt werden.
