Publications of Marie-Laure Yaspo-Lehrach

Laurent, A.; Calabrese, M.; Warnatz, H. J.; Yaspo-Lehrach, M.-L.; Tkachuk, V.; Torres, M.; Blasi, F.; Penkov, D.: ChIP-Seq and RNA-Seq Analyses Identify Components of the Wnt and Fgf Signaling Pathways as Prep1 Target Genes in Mouse Embryonic Stem Cells. PLoS One (2015)

Gu, L.; Frommel, S. C.; Oakes, C. C.; Simon, R.; Grupp, K.; Gerig, C. Y.; Bar, D.; Robinson, M. D.; Baer, C.; Weiss, M. et al.; Gu, Z.; Schapira, M.; Kuner, R.; Sultmann, H.; Provenzano, M.; Cancer, I. P. o. E. O. P.; Yaspo, M. L.; Brors, B.; Korbel, J.; Schlomm, T.; Sauter, G.; Eils, R.; Plass, C.; Santoro, R.: BAZ2A (TIP5) is involved in epigenetic alterations in prostate cancer and its overexpression predicts disease recurrence. Nature Genetics 47 (1), pp. 22 - 30 (2015)

Kärst, S.; Arends, D.; Heise, S.; Trost, J.; Yaspo, M. L.; Amstislavskiy, V.; Risch, T.; Lehrach, H.; Brockmann, G. A.: Erratum to: 'The direction of cross affects obesity after puberty in male but not female offspring'. BMC Genomics 16 (1), 16:1018 (2015)

Pandey, V.; Sultan, M.; Kashofer, K.; Ralser, M.; Amstislavskiy, V.; Starmann, J.; Osprian, I.; Grimm, C.; Hache, H.; Yaspo, M. L. et al.; Sultmann, H.; Trauner, M.; Denk, H.; Zatloukal, K.; Lehrach, H.; Wierling, C.: Comparative analysis and modeling of the severity of steatohepatitis in DDC-treated mouse strains. PLoS One 9 (10), e111006 (2014)

Henderson, D.; Ogilvie, L. A.; Hoyle, N.; Keilholz, U.; Lange, B.; Lehrach, H.; OncoTrack, C.; Yaspo, M. L.: Personalized medicine approaches for colon cancer driven by genomics and systems biology: OncoTrack. Biotechnology Journal 9 (9), pp. 1104 - 1114 (2014)

Sultan, M.; Amstislavskiy, V.; Risch, T.; Schütte, M.; Dökel, S.; Ralser, M.; Balzereit, D.; Lehrach, H.; Yaspo, M. L.: Influence of RNA extraction methods and library selection schemes on RNA-seq data. BMC Genomics 15, 15:675 (2014)

Rasche, A.; Lienhard, M.; Yaspo, M.-L.; Lehrach, H.; Herwig, R.: ARH-seq: identification of differential splicing in RNA-seq data. Nucleic Acids Research (London) 42 (14), e110 (2014)

Northcott, P. A.; Lee, C.; Zichner, T.; Stütz, A. M.; Erkek, S.; Kawauchi, D.; Shih, D. J.; Hovestadt, V.; Zapatka, M.; Sturm, D. et al.; Jones, D. T.; Kool, M.; Remke, M.; Cavalli, F. M.; Zuyderduyn, S.; Bader, G. D.; VandenBerg, S.; Esparza, L. A.; Ryzhova, M.; Wang, W.; Wittmann, A.; Stark, S.; Sieber, L.; Seker-Cin, H.; Linke, L.; Kratochwil, F.; Jager, N.; Buchhalter, I.; Imbusch, C. D.; Zipprich, G.; Raeder, B.; Schmidt, S.; Diessl, N.; Wolf, S.; Wiemann, S.; Brors, B.; Lawerenz, C.; Eils, J.; Warnatz, H.-J.; Risch, T.; Yaspo, M. L.; Weber, U. D.; Bartholomae, C. C.; von Kalle, C.; Turanyi, E.; Hauser, P.; Sanden, E.; Darabi, A.; Siesjo, P.; Sterba, J.; Zitterbart, K.; Sumerauer, D.; van Sluis, P.; Versteeg, R.; Volckmann, R.; Koster, J.; Schuhmann, M. U.; Ebinger, M.; Grimes, H. L.; Robinson, G. W.; Gajjar, A.; Mynarek, M.; von Hoff, K.; Rutkowski, S.; Pietsch, T.; Scheurlen, W.; Felsberg, J.; Reifenberger, G.; Kulozik, A. E.; von Deimling, A.; Witt, O.; Eils, R.; Gilbertson, R. J.; Korshunov, A.; Taylor, M. D.; Lichter, P.; Korbel, J. O.; Wechsler-Reya, R. J.; Pfister, S. M.: Enhancer hijacking activates GFI1 family oncogenes in medulloblastoma. Nature 511 (7510), pp. 428 - 434 (2014)

Colonna, V.; Ayub, Q.; Chen, Y.; Pagani, L.; Luisi, P.; Pybus, M.; Garrison, E.; Xue, Y.; Tyler-Smith, C.; 1000 Genomes Project, C. et al.; Sudbrak, R.; Albrecht, M.; Amstislavskiy, V.; Borodina, T. A.; Dahl, A.; Davydov, A.; Herwig, R.; Marquardt, P.; Mertes, F.; Nietfeld, W.; Parkhomchuk, D.; Soldatov, A. V.; Timmermann, B.; Tolzmann, M.; Lehrach, H.; Yaspo, M. L.: Human genomic regions with exceptionally high levels of population differentiation identified from 911 whole-genome sequences. Genome Biology: Biology for the Post-Genomic Era 15 (6), R88 (2014)

Hovestadt, V.; Jones, D. T.; Picelli, S.; Wang, W.; Kool, M.; Northcott, P. A.; Sultan, M.; Stachurski, K.; Ryzhova, M.; Warnatz, H.-J. et al.; Ralser, M.; Brun, S.; Bunt, J.; Jager, N.; Kleinheinz, K.; Erkek, S.; Weber, U. D.; Bartholomae, C. C.; von Kalle, C.; Lawerenz, C.; Eils, J.; Koster, J.; Versteeg, R.; Milde, T.; Witt, O.; Schmidt, S.; Wolf, S.; Pietsch, T.; Rutkowski, S.; Scheurlen, W.; Taylor, M. D.; Brors, B.; Felsberg, J.; Reifenberger, G.; Borkhardt, A.; Lehrach, H.; Wechsler-Reya, R. J.; Eils, R.; Yaspo, M. L.; Landgraf, P.; Korshunov, A.; Zapatka, M.; Radlwimmer, B.; Pfister, S. M.; Lichter, P.: Decoding the regulatory landscape of medulloblastoma using DNA methylation sequencing. Nature 510 (7506), pp. 537 - 541 (2014)

Delaneau, O.; Marchini, J.; 1000 Genomes Project, C.; Lehrach, H.; Sudbrak, R.; Amstislavskiy, V. S.; Lienhard, M.; Mertes, F.; Sultan, M.; Timmermann, B. et al.; Yaspo, M. L.; Herwig, R.: Integrating sequence and array data to create an improved 1000 Genomes Project haplotype reference panel. Nature Communications 5, 5:3934 (2014)

Hovestadt , V.; Jones , D.; Picelli , S.; Wang , W.; Kool , M.; Northcott , P. A.; Sultan, M.; Stachurski , K.; Ryzhova , M.; Warnatz, H. J. et al.; Ralser, M.; Brun , S.; Bunt , J.; Jäger , N.; Kleinheinz , K.; Erkek , S.; Weber , U. D.; Bartholomae, C. C.; von Kalle , C.; Lawerenz , C.; Eils , J.; Koster , J.; Versteeg , R.; Milde , T.; Witt , O.; Schmidt , S.; Wolf , S.; Pietsch , T.; Rutkowski, S.; Scheurlen , W.; Taylor , M. B.; Brors , B.; Felsberg , J.; Reifenberger , G.; Borkhardt , A.; Lehrach, H.; Wechsler-Reya , R.; Eils , R.; Yaspo, M.-L.; Landgraf , P.; Korshunov , A.; Zapatka , M.; Radlwimmer , B.; Pfister , S. M.; Lichter , P.: Decoding the regulatory landscape of medulloblastoma using DNA methylation sequencing. Nature 26 (510), pp. 537 - 541 (2014)

Rashi-Elkeles, S.; Warnatz, H. J.; Elkon, R.; Kupershtein, A.; Chobod, Y.; Paz, A.; Amstislavskiy, V.; Sultan, M.; Safer, H.; Nietfeld, W. et al.; Lehrach, H.; Shamir, R.; Yaspo, M. L.; Shiloh, Y.: Parallel profiling of the transcriptome, cistrome, and epigenome in the cellular response to ionizing radiation. Science Signaling 7 (325), rs3 (2014)

Khurana, E.; Fu, Y.; Colonna, V.; Mu, X. J.; Kang, H. M.; Lappalainen, T.; Sboner, A.; Lochovsky, L.; Chen, J.; Harmanci, A. et al.; Das, J.; Abyzov, A.; Balasubramanian, S.; Beal, K.; Chakravarty, D.; Challis, D.; Chen, Y.; Clarke, D.; Clarke, L.; Cunningham, F.; Evani, U. S.; Flicek, P.; Fragoza, R.; Garrison, E.; Gibbs, R.; Gumus, Z. H.; Herrero, J.; Kitabayashi, N.; Kong, Y.; Lage, K.; Liluashvili, V.; Lipkin, S. M.; MacArthur, D. G.; Marth, G.; Muzny, D.; Pers, T. H.; Ritchie, G. R.; Rosenfeld, J. A.; Sisu, C.; Wei, X.; Wilson, M.; Xue, Y.; Yu, F.; 1000 Genomes Project, C.; Lehrach, H.; Sudbrak, R.; Albrecht, M. W.; Amstislavskiy, V.; Borodina, T. A.; Lienhard, M.; Mertes, F.; Sultan, M.; Timmermann, B.; Yaspo, M. L.; Dermitzakis, E. T.; Yu, H.; Rubin, M. A.; Tyler-Smith, C.; Gerstein, M.: Integrative annotation of variants from 1092 humans: application to cancer genomics. Science 342 (6154), p. 1235587 - 1235587 (2013)

Jager, N.; Schlesner, M.; Jones, D. T.; Raffel, S.; Mallm, J. P.; Junge, K. M.; Weichenhan, D.; Bauer, T.; Ishaque, N.; Kool, M. et al.; Northcott, P. A.; Korshunov, A.; Drews, R. M.; Koster, J.; Versteeg, R.; Richter, J.; Hummel, M.; Mack, S. C.; Taylor, M. D.; Witt, H.; Swartman, B.; Schulte-Bockholt, D.; Sultan, M.; Yaspo, M. L.; Lehrach, H.; Hutter, B.; Brors, B.; Wolf, S.; Plass, C.; Siebert, R.; Trumpp, A.; Rippe, K.; Lehmann, I.; Lichter, P.; Pfister, S. M.; Eils, R.: Hypermutation of the inactive X chromosome is a frequent event in cancer. Cell 155 (3), pp. 567 - 81 (2013)

Jones, D. T.; Hutter, B.; Jager, N.; Korshunov, A.; Kool, M.; Warnatz, H. J.; Zichner, T.; Lambert, S. R.; Ryzhova, M.; Quang, D. A. et al.; Fontebasso, A. M.; Stutz, A. M.; Hutter, S.; Zuckermann, M.; Sturm, D.; Gronych, J.; Lasitschka, B.; Schmidt, S.; Seker-Cin, H.; Witt, H.; Sultan, M.; Ralser, M.; Northcott, P. A.; Hovestadt, V.; Bender, S.; Pfaff, E.; Stark, S.; Faury, D.; Schwartzentruber, J.; Majewski, J.; Weber, U. D.; Zapatka, M.; Raeder, B.; Schlesner, M.; Worth, C. L.; Bartholomae, C. C.; von Kalle, C.; Imbusch, C. D.; Radomski, S.; Lawerenz, C.; van Sluis, P.; Koster, J.; Volckmann, R.; Versteeg, R.; Lehrach, H.; Monoranu, C.; Winkler, B.; Unterberg, A.; Herold-Mende, C.; Milde, T.; Kulozik, A. E.; Ebinger, M.; Schuhmann, M. U.; Cho, Y. J.; Pomeroy, S. L.; von Deimling, A.; Witt, O.; Taylor, M. D.; Wolf, S.; Karajannis, M. A.; Eberhart, C. G.; Scheurlen, W.; Hasselblatt, M.; Ligon, K. L.; Kieran, M. W.; Korbel, J. O.; Yaspo, M. L.; Brors, B.; Felsberg, J.; Reifenberger, G.; Collins, V. P.; Jabado, N.; Eils, R.; Lichter, P.; Pfister, S. M.: Recurrent somatic alterations of FGFR1 and NTRK2 in pilocytic astrocytoma. Nature Genetics 45 (8), pp. 927 - 32 (2013)

Penkov, D.; Mateos San Martin, D.; Fernandez-Diaz, L. C.; Rossello, C. A.; Torroja, C.; Sanchez-Cabo, F.; Warnatz, H.J.; Sultan, M.; Yaspo Lehrach, M. L.; Gabrieli, A. et al.; Tkachuk, V.; Brendolan, A.; Blasi, F.; Torres, M.: Analysis of the DNA-binding profile and function of TALE homeoproteins reveals their specialization and specific interactions with Hox genes/proteins. Cell Reports 3 (4), pp. 1321 - 33 (2013)

Weischenfeldt, J.; Simon, R.; Feuerbach, L.; Schlangen, K.; Weichenhan, D.; Minner, S.; Wuttig, D.; Warnatz, H. J.; Stehr, H.; Rausch, T. et al.; Jager, N.; Gu, L.; Bogatyrova, O.; Stutz, A. M.; Claus, R.; Eils, J.; Eils, R.; Gerhauser, C.; Huang, P. H.; Hutter, B.; Kabbe, R.; Lawerenz, C.; Radomski, S.; Bartholomae, C. C.; Falth, M.; Gade, S.; Schmidt, M.; Amschler, N.; Hass, T.; Galal, R.; Gjoni, J.; Kuner, R.; Baer, C.; Masser, S.; von Kalle, C.; Zichner, T.; Benes, V.; Raeder, B.; Mader, M.; Amstislavskiy, V.; Avci, M.; Lehrach, H.; Parkhomchuk, D.; Sultan, M.; Burkhardt, L.; Graefen, M.; Huland, H.; Kluth, M.; Krohn, A.; Sirma, H.; Stumm, L.; Steurer, S.; Grupp, K.; Sultmann, H.; Sauter, G.; Plass, C.; Brors, B.; Yaspo Lehrach, M. L.; Korbel, J. O.; Schlomm, T.: Integrative genomic analyses reveal an androgen-driven somatic alteration landscape in early-onset prostate cancer. Cancer Cell 23 (2), pp. 159 - 70 (2013)

Abecasis, G. R.; Auton, A.; Brooks, L. D.; DePristo, M. A.; Durbin, R. M.; Handsaker, R. E.; Kang, H. M.; Marth, G. T.; McVean, G. A.; The 1000 Genomes Project Consortium et al.; Sudbrak, R.; Albrecht, M.; Amstislavskiy, V.; Borodina, T. A.; Davydov, A.; Herwig, R.; Lienhard, M.; Mertes, F.; Sultan, M.; Timmermann, B.; Yaspo, M. L.; Lehrach, H.: An integrated map of genetic variation from 1,092 human genomes. Nature 491 (7422), pp. 56 - 65 (2012)

Sultan, M.; Dokel, S.; Amstislavskiy, V.; Wuttig, D.; Sultmann, H.; Lehrach, H.; Yaspo, M. L.: A simple strand-specific RNA-Seq library preparation protocol combining the Illumina TruSeq RNA and the dUTP methods. Biochemical and Biophysical Research Communications 422 (4), pp. 643 - 646 (2012)