Projektgruppenleiter

Dr. Annalisa Marsico
Dr. Annalisa Marsico
RNA Bioinformatik
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Neue Publikationen

1.
Evgenia Ntini, Annita Louloupi, Julia Liz, Jose Muino, Annalisa Marsico & Ulf Andersson Vang Ørom
Long ncRNA A-ROD activates its target gene DKK1 at its release from chromatin.

RNA Bioinformatik

RNA Bioinformatik

In jüngster Zeit haben viele Hochdurchsatz-Sequenzierungen gezeigt, dass es Tausende lange nicht-kodierende Transkripte gibt, die aktiv im menschlichen und anderen Genomen transkribiert werden. Unser Ziel ist es, neue nicht-kodierende RNA(ncRNA)-Gene zu identifizieren und ihre Rolle in den Regulationsnetzwerken von Eukaryoten und Bakterien zu untersuchen. Obwohl über die Funktion von z.B. miRNAs schon viel bekannt ist, gibt es viele andere Arten von RNA deren Funktion noch weitgehend unbekannt ist.

Wir entwickeln computer-basierte Methoden, um verschiedene ncRNA-Klassen zu entdecken und ihre Funktionen zu analysieren, von kleinen bakteriellen RNAS, über menschliche miRNAs bis hin zu langen ncRNAs. Dies beinhaltet sowohl die Konstruktion von Algorithmen für die Vorhersage von kleinen RNA Promotoren, als auch das Erstellen von Pipelines, die Hochdurchsatzdaten gemeinsam mit bereits existierender Genomannotation und RNA Interaktionsvorhersagedaten prozessieren können.

Wir arbeiten eng mit experimentellen Gruppen innerhalb und außerhalb des MPIMG zusammen, die versuchen unsere Hypothesen zu validieren und Experimente als Teil der funktionalen ncRNA Analyse durchführen. Der Fokus liegt dabei auf der Rolle der ncRNAs in Entzündungskrankheiten.

Weiterführende Informationen finden Sie auf den englischen Seiten.

 
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