Publications

Publications Department Computational Molecular Biology

Journal Article (349)

  1. 1.
    Andrey, G.; Schöpflin, R.; Jerković, I.; Heinrich, V.; Ibrahim, D.; Paliou, C.; Hochradel, M.; Timmermann, B.; Haas, S.; Vingron, M. et al.; Mundlos, S.: Characterization of hundreds of regulatory landscapes in developing limbs reveals two regimes of chromatin folding. Genome Research (2016)
  2. 2.
    Franke, M.; Ibrahim, D.; Andrey, G.; Schwarzer, W.; Heinrich, V.; Schöpflin, R.; Kraft, K.; Kempfer, R.; Jerković, I.; Chan, W.-L. et al.; Spielmann, M.; Timmermann, B.; Wittler, L.; Kurth, I.; Cambiaso, P.; Zuffardi, O.; Houge, G.; Lambie, L.; Brancati, F.; Pombo, A.; Vingron, M.; Spitz, F.; Mundlos, S.: Formation of novel chromatin domains determines pathogenicity of genomic duplications. Nature 538 (7624), pp. 265 - 269 (2016)
  3. 3.
    Hackmann, K.; Rump, A.; Haas, S. A.; Lemke, J. R.; Fryns, J. P.; Tzschach, A.; Wieczorek, D.; Albrecht, B.; Kuechler, A.; Ripperger, T. et al.; Kobelt, A.; Oexle, K.; Tinschert, S.; Schrock, E.; Kalscheuer, V. M.; Di Donato, N.: Tentative clinical diagnosis of Lujan-Fryns syndrome-A conglomeration of different genetic entities? American Journal of Medical Genetics Part A 170 (1), pp. 94 - 102 (2016)
  4. 4.
    Hu, H.; Haas, S. A.; Chelly, J.; Van Esch, H.; Raynaud, M.; de Brouwer, A. P. M.; Weinert, S.; Froyen, G.; Frints, S. G. M.; Laumonnier, F. et al.; Zemojtel, T.; Love, M. I.; Richard, H.; Emde, A.-K.; Bienek, M.; Jensen, C.; Hambrock, M.; Fischer, U.; Langnick, C.; Feldkamp, M.; Wissink-Lindhout, W.; Lebrun, N.; Castelnau, L.; Rucci, J.; Montjean, R.; Dorseuil, O.; Billuart, P.; Stuhlmann, T.; Shaw, M.; Corbett, M. A.; Gardner, A.; Willis-Owen, S.; Tan, C.; Friend, K. L.; Belet, S.; van Roozendaal, K. E. P.; Jimenez-Pocquet, M.; Moizard, M.-P.; Ronce, N.; Sun, R.; O'Keeffe, S.; Chenna, R.; van Bömmel, A.; Göke, J.; Hackett, A.; Field, M.; Christie, L.; Boyle, J.; Haan, E.; Nelson, J.; Turner, G.; Baynam, G.; Gillessen-Kaesbach, G.; Müller, U.; Steinberger, D.; Budny, B.; Badura-Stronka, M.; Latos-Bieleńska, A.; Ousager, L. B.; Wieacker, P.; Rodríguez Criado, G.; Bondeson, M.-L.; Annerén, G.; Dufke, A.; Cohen, M.; Van Maldergem, L.; Vincent-Delorme, C.; Echenne, B.; Simon-Bouy, B.; Kleefstra, T.; Willemsen, M.; Fryns, J.-P.; Devriendt, K.; Ullmann, R.; Vingron, M.; Wrogemann, K.; Wienker, T. F.; Tzschach, A.; van Bokhoven, H.; Gecz, J.; Jentsch, T. J.; Chen, W.; Ropers, H.-H.; Kalscheuer, V. M.: X-exome sequencing of 405 unresolved families identifies seven novel intellectual disability genes. Molecular Psychiatry 21 (1), pp. 133 - 148 (2016)
  5. 5.
    Telorac, J.; Prykhozhij, S.; Schöne, S.; Meierhofer, D.; Sauer, S.; Thomas-Chollier, M.; Meijsing, S. H.: Identification and characterization of DNA sequences that prevent glucocorticoid receptor binding to nearby response elements. Nucleic Acids Research (London) 44 (13), pp. 6142 - 6156 (2016)
  6. 6.
    Eduati, F.; Mangravite, L. M.; Wang, T.; Tang, H.; Bare, J. C.; Huang, R.; Norman, T.; Kellen, M.; Menden, M. P.; Yang, J. et al.; Zhan, X.; Zhong, R.; Xiao, G.; Xia, M.; Abdo, N.; Kosyk, O.; Collaboration, N.-N.-U. D. T.; van Bömmel, A.; Caffrey, B.; Heinig, M.; Huska, M.; Mammana, A.; Perner, J.; Vingron, M.; Friend, S.; Dearry, A.; Simeonov, A.; Tice, R. R.; Rusyn, I.; Wright, F. A.; Stolovitzky, G.; Xie, Y.; Saez-Rodriguez, J.: Prediction of human population responses to toxic compounds by a collaborative competition. Nat Biotechnol 33 (9), pp. 933 - 940 (2015)
  7. 7.
    Emmerich, D.; Zemojtel, T.; Hecht, J.; Krawitz, P.; Spielmann, M.; Kühnisch, J.; Kobus, K.; Oßwald, M.; Heinrich, V.; Berlien, P. et al.; Müller, U.; Mautner, V.-F.; Wimmer, K.; Robinson, P. N.; Vingron, M.; Tinschert, S.; Mundlos, S.; Kolanczyk, M.: Somatic neurofibromatosis type 1 (NF1) inactivation events in cutaneous neurofibromas of a single NF1 patient. European journal of human genetics 23 (6), pp. 1870 - 1873 (2015)
  8. 8.
    Fernandez-Cuesta, L.; Sun, R.; Menon, R.; George, J.; Lorenz, S.; Meza-Zepeda, L. A.; Peifer, M.; Plenker, D.; Heuckmann, J. M.; Leenders, F. et al.; Zander, T.; Dahmen, I.; Koker, M.; Schöttle, J.; Ullrich, R. T.; Altmüller, J.; Becker, C.; Nürnberg, P.; Seidel, H.; Böhm, D.; Göke, F.; Ansen, S.; Russell, P. A.; Wright, G. M.; Wainer, Z.; Solomon, B.; Petersen, I.; Clement, J. H.; Sänger, J.; Brustugun, O. T.; Helland, A.; Solberg, S.; Lund-Iversen, M.; Büttner, R.; Wolf, J.; Brambilla, E.; Vingron, M.; Perner, S.; Haas, S. A.; Thomas, R. K.: Identification of novel fusion genes in lung cancer using breakpoint assembly of transcriptome sequencing data. Genome Biology : Biology for the Post-Genomic Era (2015)
  9. 9.
    Francioli, L. C.; Polak, P. P.; Koren, A.; Menelaou, A.; Chun, S.; Renkens, I.; Genome of the Netherlands, C.; van Duijn, C. M.; Swertz, M.; Wijmenga, C. et al.; van Ommen, G.; Slagboom, P. E.; Boomsma, D. I.; Ye, K.; Guryev, V.; Arndt, P. F.; Kloosterman, W. P.; de Bakker, P. I.; Sunyaev, S. R.: Genome-wide patterns and properties of de novo mutations in humans. Nature Genetics 47 (7), pp. 822 - 826 (2015)
  10. 10.
    Ganbari, M.; Lasserre, J.; Vingron, M.: Reconstruction of gene networks using prior knowledge. BMC Systems Biology (2015)
  11. 11.
    George, J.; Lim, J. S.; Jang, S. J.; Cun, Y.; Ozretic, L.; Kong, G.; Leenders, F.; Lu, X.; Fernandez-Cuesta, L.; Bosco, G. et al.; Müller, C.; Dahmen, I.; Jahchan, N. S.; Park, K. S.; Yang, D.; Karnezis, A. N.; Vaka, D.; Torres, A.; Wang, M. S.; Korbel, J. O.; Menon, R.; Chun, S. M.; Kim, D.; Wilkerson, M.; Hayes, N.; Engelmann, D.; Putzer, B.; Bos, M.; Michels, S.; Vlasic, I.; Seidel, D.; Pinther, B.; Schaub, P.; Becker, C.; Altmuller, J.; Yokota, J.; Kohno, T.; Iwakawa, R.; Tsuta, K.; Noguchi, M.; Muley, T.; Hoffmann, H.; Schnabel, P. A.; Petersen, I.; Chen, Y.; Soltermann, A.; Tischler, V.; Choi, C. M.; Kim, Y. H.; Massion, P. P.; Zou, Y.; Jovanovic, D.; Kontic, M.; Wright, G. M.; Russell, P. A.; Solomon, B.; Koch, I.; Lindner, M.; Muscarella, L. A.; la Torre, A.; Field, J. K.; Jakopovic, M.; Knezevic, J.; Castanos-Velez, E.; Roz, L.; Pastorino, U.; Brustugun, O. T.; Lund-Iversen, M.; Thunnissen, E.; Köhler, J.; Schuler, M.; Botling, J.; Sandelin, M.; Sanchez-Cespedes, M.; Salvesen, H. B.; Achter, V.; Lang, U.; Bogus, M.; Schneider, P. M.; Zander, T.; Ansen, S.; Hallek, M.; Wolf, J.; Vingron, M.; Yatabe, Y.; Travis, W. D.; Nurnberg, P.; Reinhardt, C.; Perner, S.; Heukamp, L.; Büttner, R.; Haas, S. A.; Brambilla, E.; Peifer, M.; Sage, J.; Thomas, R. K.: Comprehensive genomic profiles of small cell lung cancer. Nature 524 (7563), pp. 47 - 53 (2015)
  12. 12.
    Glémin, S.; Arndt, P. F.; Messer, P. W.; Petrov, D.; Galtier, N.; Duret, L.: Quantification of GC-biased gene conversion in the human genome. Genome Research 25 (8), pp. 1215 - 1228 (2015)
  13. 13.
    Heinig, M.; Colome-Tatche, M.; Taudt, A.; Rintisch, C.; Schafer, S.; Pravenec, M.; Hubner, N.; Vingron, M.; Johannes, F.: histoneHMM: Differential analysis of histone modifications with broad genomic footprints. BMC Bioinformatics 16, 16:60 (2015)
  14. 14.
    Kumar, R.; Corbett, M. A.; Van Bon, B. W.; Gardner, A.; Woenig, J. A.; Jolly, L. A.; Douglas, E.; Friend, K.; Tan, C.; Van Esch, H. et al.; Holvoet, M.; Raynaud, M.; Field, M.; Leffler, M.; Budny, B.; Wisniewska, M.; Badura-Stronka, M.; Latos-Bielenska, A.; Batanian, J.; Rosenfeld, J. A.; Basel-Vanagaite, L.; Jensen, C.; Bienek, M.; Froyen, G.; Ullmann, R.; Hu, H.; Love, M. I.; Haas, S. A.; Stankiewicz, P.; Cheung, S. W.; Baxendale, A.; Nicholl, J.; Thompson, E. M.; Haan, E.; Kalscheuer, V. M.; Gecz, J.: Increased STAG2 dosage defines a novel cohesinopathy with intellectual disability and behavioral problems. Human Molecular Genetics 24 (25), pp. 7171 - 7181 (2015)
  15. 15.
    Kumar, R.; Corbett, M. A.; van Bon, B. W.; Woenig, J. A.; Weir, L.; Douglas, E.; Friend, K. L.; Gardner, A.; Shaw, M.; Jolly, L. A. et al.; Tan, C.; Hunter, M. F.; Hackett, A.; Field, M.; Palmer, E. E.; Leffler, M.; Rogers, C.; Boyle, J.; Bienek, M.; Jensen, C.; Van Buggenhout, G.; Van Esch, H.; Hoffmann, K.; Raynaud, M.; Zhao, H.; Reed, R.; Hu, H.; Haas, S. A.; Haan, E.; Kalscheuer, V. M.; Gecz, J.: THOC2 Mutations Implicate mRNA-Export Pathway in X-Linked Intellectual Disability. The American Journal of Human Genetics 97 (2), pp. 302 - 310 (2015)
  16. 16.
    Lupiáñez, D. G.; Kraft, K.; Heinrich, V.; Krawitz, P.; Brancati, F.; Klopocki, E.; Horn, D.; Kayserili, H.; Opitz, J. M.; Laxova, R. et al.; Santos-Simarro, F.; Gilbert-Dussardier, B.; Wittler, L.; Borschiwer, M.; Haas, S. A.; Osterwalder, M.; Franke, M.; Timmermann, B.; Hecht, J.; Spielmann, M.; Visel, A.; Mundlos, S.: Disruptions of Topological Chromatin Domains Cause Pathogenic Rewiring of Gene-Enhancer Interactions. Cell 161 (5), pp. 1012 - 1025 (2015)
  17. 17.
    Massip, F.; Sheinman, M.; Schbath, S.; Arndt, P. F.: How evolution of genomes is reflected in exact DNA sequence match statistics. Mol Biol Evol 32 (2), pp. 524 - 535 (2015)
  18. 18.
    Mugal, C. F.; Arndt, P. F.; Holm, L.; Ellegren, H.: Evolutionary consequences of DNA methylation on the GC content in vertebrate genomes. G3: Genes, Genomes, Genetics (2015)
  19. 19.
    Schafer, S.; Adami, E.; Heinig, M.; Rodrigues, K. E.; Kreuchwig, F.; Silhavy, J.; van Heesch, S.; Simaite, D.; Rajewsky, N.; Cuppen, E. et al.; Pravenec, M.; Vingron, M.; Cook, S. A.; Hubner, N.: Translational regulation shapes the molecular landscape of complex disease phenotypes. Nat Commun (2015)
  20. 20.
    Sheinman, M.; Massip, F.; Arndt, P. F.: Statistical properties of pairwise distances between leaves on a random Yule tree. PLoS One (2015)
 
loading content