1. Ina Koch, Janice Kielbassa. Modellierung und Analyse des humanen U1 snRNP-Reifungsprozesses unter Verwendung der Petrinetz-Theorie Forschungsbericht TFH Berlin, ISBN 978-3-938576-07-3:134-137 (2007)

2. Astrid Speer, Ina Koch, Jörg Ackermann, Stefanie Grunwald. Neue Ansätze für eine molekulare Therapie der Muskeldystrophie Duchenne (DMD): Identifizierung und Expressionsmodifizierung von Proteinen, die den Dystrophindefekt und den damit verbundenen Muskelschwund kompensieren könnten, Forschungsbericht TFH Berlin, (2006).

3. Jörg Ackermann, Ina Koch. Strukturelle Analyse Biologischer Systeme mit der Petrinetz-Theorie, Forschungsbericht TFH Berlin, (2006).

4. Ina Koch. Schlussbericht 2006 der TFH Berlin zum BMBF-Projekt D1205, (2006).

5. Ina Koch. Modellierung biochemischer Netzwerke mit Petrinetzen Forschungsbericht TFH Berlin, ISBN 3-938576-04-9:107-110 (2005).

6. Ina Koch. TFH Bioinformatics Research Report BCB:43-50 (2005).

7. Ina Koch. Qualitative analysis of large metabolic systems using Petri nets. Workshop Integrative Bioinformatics - Aspects of the Virtual Cell, Castle Dagstuhl, Seminar-Report 04281, Wadern, Germany, July 4-9 (2004).

8. Ina Koch. Bioinformatics Group Research Report BCB:31-36 (2003).

9. Ina Koch. An algorithm for finding all connected maximal common substructures and its application to protein structures. Dagstuhl-Seminar-Report 120:18 (1995).

10. Ina Koch. Graph Theoretical Description of Sheet Topologies Dagstuhl-Seminar-Report 46: (1992).