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Wissenschaftler wollen Grenze zwischen Theorie und Praxis in der Systembiologie überwinden
Europäische Union fördert Exzellenznetzwerk ENFIN über fünf Jahre mit insgesamt 9 Millionen Euro
Noch immer trennt eine scharfe Linie die im Labor tätigen "nassen" Biologen von den theoretisch
arbeitenden Biologen und Bioinformatikern. Dies zu ändern ist Ziel des "Experimentellen Netzwerkes
für Funktionelle Integration" (ENFIN). Das europäische Exzellenznetzwerk vereint eine Reihe der
besten theoretischen und experimentell tätigen Wissenschaftler Europas. In nur fünf Jahren wollen sie
ein virtuelles Institut errichten, das die Methoden der Computational Systems Biology (rechnergestützten
Systembiologie) für Forscher und Experimentatoren aus Europa und der ganzen Welt zugänglich macht.
Insgesamt 20 Arbeitsgruppen aus 17 Einrichtungen in 13 Ländern, darunter auch Wissenschaftler des
Max-Planck-Instituts für molekulare Genetik in Berlin, bilden das ENFIN-Netzwerk. Die europäische Union
unterstützt das Projekt fünf Jahre lang mit insgesamt neun Millionen Euro.
Sequenzierungstechniken und andere Hochdurchsatz-Methoden haben einen ungeheuren Aufschwung der
Bioinformatik eingeleitet: Für fast jede Art biologischer Information existieren heute große, öffentlich
zugängliche Datenbanken. Der Forscher im Labor nutzt jedoch oft nur einen Bruchteil der verfügbaren
Informationen, die für seine spezifischen Fragestellungen von Bedeutung sind. Ewan Birney,
Wissenschaftler am EMBL - Europäischen Bioinformatik-Institut und Koordinator des ENFIN-Netzwerkes,
erklärt dies folgendermaßen: "Für experimentell tätige Wissenschaftler ist die Bioinformatik wie
Autofahren in einer fremden Stadt. Vielleicht sehen die Forscher bereits das Hotel, zu dem sie möchten,
das Gewirr der Einbahnstraßen macht es ihnen aber fast unmöglich, den Weg zum Parkhaus zu finden. ENFIN
will daher die Straßenführung so überarbeiten, dass die Einbahnstraßen aufgelöst werden. Wissenschaftler
sollen künftig direkt an die Informationen gelangen, die sie für ihre Forschung benötigen. So können sie
bereits vorhandenes Wissen leichter mit ihren eigenen, noch unpublizierten Ergebnissen kombinieren und
unter Berücksichtigung von Daten unterschiedlichster Experimente echte integrierte Analysen
durchführen."
Mit dieser Idee haben sich Wissenschaftler mit sehr unterschiedlichen Kenntnissen und
Interessensgebieten zusammengeschlossen. Das ENFIN-Netzwerk umfasst unter anderem Experten für die
Architektur von Datenbanken (z.B. Henning Hermjakob, EMBL-EBI; Geoff Barton, Universität Dundee) und die
Entwicklung von Werkzeugen zur Datenanalyse (z.B. Søren Brunak, Technische Universität Dänemark; Eran
Segal, Weizmann Institut, Rehovot), Spezialisten im Bereich der experimentellen Molekularbiologie (z.B.
Carl-Henrick Heldin, Ludwig Institut für Krebsforschung, Uppsala; Erich Nigg, Max-Planck-Institut für
Biochemie, Martinsried) und Fachleute für die Modellierung zellulärer Prozesse (z.B. Edda Klipp,
Max-Planck-Institut für molekulare Genetik, Berlin). Gemeinsam arbeiten sie daran, eine neue Generation
von Informationsquellen für die Systembiologie zu entwickeln. Ihre Erkenntnisse sollen jedem Bereich der
biologischen Forschung zugute kommen. Das Hauptinteresse des Netzwerkes gilt jedoch der Regulation der
Zellteilung. Die diesem Prozeß zugrunde liegenden Mechnismen sind bei vielen Erkrankungen gestört,
besonders deutlich ist dies bei Krebserkrankungen. Mit ihrer Arbeit wollen die ENFIN-Wissenschaftler
einen direkten Beitrag zum Verständnis dieser Art von Krankheiten leisten. Durch die Bereitstellung
einer geeigneten Infrastruktur sollen zusätzlich Wissenschaftler auf der ganzen Welt bei ihrer Forschung
unterstützt werden.
"Durch die kombinierte Expertise von "nassen" und "trockenen" Biologen will ENFIN einen Wandel
wissenschaftlicher Arbeitsmethoden katalysieren. Rechnergestützte Ansätze müssen in das Methodenspektrum
der Molekularbiologen integriert werden, anstatt eine Domäne der Bioinformatiker zu bleiben. Nur wenn
Datenbanken und Algorithmen genauso gebräuchlich werden wie Pipetten und Zellkulturen, können wir das
gesamte Potential der modernen Molekularbiologie nutzen," fasst Birney die Vision der
ENFIN-Wissenschaftler zusammen.
Kontakt MPI für molekulare Genetik:
Dr. Edda Klipp
Max-Planck-Institut für molekulare Genetik
Ihnestrasse 63-73
D-14195 Berlin
Tel.: 030- 8040 9316
Fax: 030- 8040 9322
Email: klipp@molgen.mpg.de
Über das Max Planck Institut für molekulare Genetik
Das Max Planck Institut für molekulare Genetik (MPIMG) arbeitet an der Analyse des Genoms des Menschen
und anderer Organismen. Damit leistet es einen Beitrag zu einem umfassenden Verständnis biologischer
Abläufe im Organismus und zur Aufklärung der molekularen Ursachen vieler menschlicher Erkrankungen. Ziel
der gemeinsamen Anstrengung aller Arbeitsgruppen des MPIMG ist es, auf molekularem Niveau neue Einblicke
in die Entstehung von Krankheiten zu gewinnen, um so zu einer Entwicklung neuer Behandlungsmethoden
beizutragen.
In vier Abteilungen und einer Forschungsgruppe werden am Institut in Berlin-Dahlem chemische,
biologische, mathematische und medizinische Grundlagenforschung miteinander verknüpft. Das Institut
steht mit an der Spitze der internationalen Forschung und arbeitet in vielen Projekten eng mit anderen
Forschungseinrichtungen zusammen. Ergänzt wird die wissenschaftliche Arbeit durch die Ausbildung
zahlreicher Doktoranden und Nachwuchswissenschaftler aus der ganzen Welt.
Partnereinrichtungen von ENFIN:
European Molecular Biology Laboratory
Ewan Birney (coordinator), EMBL-European Bioinformatics Institute, Hinxton, UK
Jan Ellenberg, EMBL-Heidelberg, Germany
Henning Hermjakob, EMBL-European Bioinformatics Institute, Hinxton, UK
Universität Dundee, Schottland, Großbritannien
Geoffrey J. Barton
Technische Universität Dänemark
Søren Brunak
Universität Rom Tor Vergata, Italien
Gianni Cesareni
Medical Research Council Mammalian Genetics Unit, Harwell, UK
John Hancock
Ludwig Institut für Krebsforschung, Uppsala, Schweden
Carl-Henrik Heldin
Max-Planck-Institut für molekulare Genetik, Berlin
Edda Klipp
Max-Planck-Institut für Biochemie, Martinsried
Erich Nigg
Universität Helsinki, Finnland
Tomi Mäkelä
University College London, Großbritannien
Christine Orengo
National Center for Research and Technology, Griechenland
Christos Ouzounis
National Consortium for Genomics Research, Frankreich
Vincent Schachter
Universität Köln
Dietmar Schomburg
Weizmann Institute, Rehovot, Israel
Eran Segal
Egeen, Estland
Jaak Vilo
Serono Pharmaceutical Research Institute, Schweiz
Ioannis Xenarios
Consejo Superior de Investigaciones Científicas, Madrid, Spanien
Alfonso Valencia
Centre for Integrative Bioinformatics VU, Amsterdam, Niederlande
Jaap Heringa
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